Birth of Archaeal Cells: Molecular Phylogenetic Analyses of G1P Dehydrogenase, G3P Dehydrogenases, and Glycerol Kinase Suggest Derived Features of Archaeal Membranes Having G1P Polar Lipids
Table 1
Distribution of genes of G1PDH, G3PDH, and GK among archaea and bacteria.
Domain
Superphylum
Phylum
Class (order for Crenarchaeota)
G1PDH
G3PDH
GK
EgsA/AraM
GpsA
GlpA/GlpD
GlpK
Archaea
DPANN
Diapherotrites
Parvarchaeota
y
Micrarchaeota
Woesearchaeota
y
Pacearchaeota
Aenigmarchaeota
Nanoarchaeota
Nanohaloarchaeota
Archaea
Euryarchaeota
Archaeoglobi
Y
Y
Y
Y
Halobacteria
Y
Y
Y
Methanobacteria
Y
Y
Methanococci
Y
Methanomicrobia
Y
Y
Y
Methanopyri
Y
Thermococci
Y
y
Y
Thermoplasmata
Y
Y
Y
Archaea
TACK
Crenarchaeota
Acidilobales
Y
y
Desulfurococcales
Y
y
Y
Fervidicoccales
Y
Sulfolobales
Y
Y
Y
Thermoproteales
Y
Y
Y
Korarchaeota
Y
y
Y
Thaumarchaeota
Y
Aigarchaeota
y
y
Lokiarchaeota
Y
y
Bacteria
Acetothermia
y
Y
Acidobacteria
Y
Y
Y
Actinobacteria
Y
Y
Y
Y
Aerophobetes
y
y
Aminicenantes
y
Aquificae
Y
Y
Armatimonadetes
Y
Y
Atribacteria
y
y
y
Bacteroidetes
Y
Y
Y
Y
“Caldithrix”
y
y
Caldiserica
y
Y
Calescamantes
y
y
Candidate division BRC1
y
y
Candidate division NC10
Y
Chlamydiae
Y
Y
Y
Chlorobi
Y
Y
Chloroflexi
Y
Y
Y
Y
Chrysiogenetes
Y
Y
Cloacimonetes
y
Cyanobacteria
Y
Y
Y
Deferribacteres
Y
Y
Y
Deinococcus-Thermus
Y
Y
Y
Dictyoglomi
Y
Y
Y
Elusimicrobia
Y
Y
Fibrobacteres
y
Y
Firmicutes
Y
Y
Y
Y
Fusobacteria
Y
y
Y
Gemmatimonadetes
Y
Y
Y
Haloplasmatales
y
y
y
Ignavibacteriae
Y
Y
Latescibacteria
y
Lentisphaerae
y
y
y
Nitrospinae
Y
Parcubacteria
y
y
y
Planctomycetes
Y
Y
Y
Y
Poribacteria
y
y
Proteobacteria
Alphaproteobacteria
Y
Y
Y
Y
Betaproteobacteria
Y
Y
Y
Y
Deltaproteobacteria
Y
Y
Y
Y
Epsilonproteobacteria
Y
Y
Y
Gammaproteobacteria
Y
Y
Y
Y
Zetaproteobacteria
y
Spirochaetes
Y
Y
Y
Y
Synergistetes
Y
y
Y
Tenericutes
Y
y
Y
“Thermobaculum”
Y
Y
Y
Thermodesulfobacteria
Y
Thermotogae
Y
Y
y
Y
Verrucomicrobia
y
Y
Y
Y
y: at least one protein sequence of interest was found by our BLAST search. y: at least one protein sequence of interest is listed in the taxonomy in genes of KEGG (release 76.0) Orthology (K00096 for EgsA/AraM, K00057 for GpsA, K00111 for GlpA/D, and K00864 for GlpK) [37]. Y: at least one protein sequence of interest is found by our BLAST search and listed in the taxonomy in genes of KEGG Orthology. When no culturable species are known, but some genome sequences are available, from the phylum, the phylum was marked with an asterisk (). Taxonomy in this table is based on NCBI Taxonomy. Exceptions are as follows: Micrarchaeota is shown as a separate phylum of Parvarchaeota. Woesearchaeota and Pacearchaeota [38] are shown. For BLAST search targeting Woesearchaeota and Pacearchaeota, the sequences (archaeon GW20011_AR3, 4, 9, 11, 15–18, and 20) and the sequences (archaeon GW20011_AR1, 6, 13, and 19) were used as Woesearchaeota and Pacearchaota sequences. Aigarchaeota is shown as a separate phylum of Thaumarchaeota.
