A Pentaplex PCR Assay for the Detection and Differentiation of Shigella Species

Table 2

Bacterial species and strains used in this study and results of pentaplex PCR.

Bacterial strains	No. of strains; tested	inv 𝐶^a	rfc	wbgZ	rfpB	IC (ompA)
S. flexneri (ATCC 12022)^b	1	+	+	−	−	+
S. sonnei (SH031)^c	1	+	−	+	−	+
S. boydii (ATCC 9207)^b	1	+	−	−	−	+
S. dysenteriae (SD375)^d	1	+	−	−	+	+
Salmonella spp.	2	−	−	−	−	+
S. Typhi^c	3	−	−	−	−	+
S. Paratyphi A^c	1	−	−	−	−	+
S. Paratyphi B^c	1	−	−	−	−	+
Klebsiella spp.^c	2	−	−	−	−	+
K. 𝑝𝑛𝑒𝑢𝑚𝑜𝑛𝑖𝑎𝑒^c	2	−	−	−	−	+
E. coli (EPEC)^c	1	−	−	−	−	+
E. coli (EHEC)^c	1	−	−	−	−	+
E. coli (ETEC)^c	1	−	−	−	−	+
E. 𝑐𝑜𝑙𝑖^c	4	−	−	−	−	+
V. 𝑐ℎ𝑜𝑙𝑒𝑟𝑎𝑒^c	3	−	−	−	−	+
V. 𝑝𝑎𝑟𝑎ℎ𝑒𝑚𝑜𝑙𝑦𝑡𝑖𝑐𝑢𝑠^c	1	−	−	−	−	+
V. 𝑓𝑢𝑙𝑣𝑎𝑙𝑖𝑠^c	1	−	−	−	−	+
V. cholera (wild type)^c	1	−	−	−	−	+
V. 𝑓𝑢𝑟𝑛𝑖𝑠𝑠𝑖𝑖^c	1	−	−	−	−	+
P. 𝑎𝑒𝑟𝑢𝑔𝑖𝑛𝑜𝑠𝑎^c	3	−	−	−	−	+
P. 𝑚𝑖𝑟𝑎𝑏𝑖𝑙𝑖𝑠^c	1	−	−	−	−	+
P. 𝑣𝑢𝑙𝑔𝑎𝑟𝑖𝑠^c	1	−	−	−	−	+
C. 𝑓𝑟𝑒𝑢𝑑𝑖𝑖^𝑐	1	−	−	−	−	+
E. 𝑐𝑙𝑜𝑎𝑐𝑎𝑒^c	1	−	−	−	−	+
Y. 𝑒𝑛𝑡𝑒𝑟𝑜𝑐𝑜𝑙𝑖𝑡𝑖𝑐𝑎^c	1	−	−	−	−	+
Acinetobacter spp.^c	1	−	−	−	−	+
A. 𝑏𝑎𝑢𝑚𝑎𝑛𝑛𝑖𝑖^c	1	−	−	−	−	+
S. 𝑚𝑎𝑟𝑐𝑒𝑠𝑐𝑒𝑛𝑠^c	1	−	−	−	−	+
Campylobacter spp.^c	1	−	−	−	−	+
A. ℎ𝑦𝑑𝑟𝑜𝑝ℎ𝑖𝑙𝑎^c	1	−	−	−	−	+
M. 𝑚𝑜𝑟𝑔𝑎𝑛𝑖𝑖^c	1	−	−	−	−	+
B. 𝑐𝑒𝑟𝑒𝑢𝑠^c	1	−	−	−	−	+
S. 𝑎𝑢𝑟𝑒𝑢𝑠^c	2	−	−	−	−	+
Methylene resistant S. 𝑎𝑢𝑟𝑒𝑢𝑠^c	1	−	−	−	−	+
Streptococcus spp. Group A^c	1	−	−	−	−	+
Streptococcus spp. Group B^c	1	−	−	−	−	+
Streptococcus spp. Group G^c	1	−	−	−	−	+
Corynebacterium spp.^c	1	−	−	−	−	+
Listeria spp.^c	1	−	−	−	−	+
Lactobacillus spp.^c	1	−	−	−	−	+
Gardnerella spp.^c	1	−	−	−	−	+

aShigella genus.
^bReference strains from American Type Culture Collection (ATCC), Reston, VA, USA.
^cDepartment of Medical Microbiology and Parasitology, School of Medical Sciences, Universiti Sains Malaysia.
^dObtained from Institute for Medical Research, Malaysia.
“+” is positive; “–” is negative by pentaplex PCR.