Table 1: The estimated model parameters from mouse ES data with 8 clusters. The row shows the estimated cluster sizes. The rest of the table shows , the probability of occurrence of protein binding in different clusters.

Cluster 1 2 3 4 5 6 7 8

0.23 0.23 0.18 0.12 0.08 0.07 0.07 0.03

Nanog 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 1.00 0.13 0.85
Oct4 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.20 0.53
Sox2 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.17 0.07 0.69
Smad1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25
Stat3 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.02 0.10 0.31
Cmyc 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.43 0.06
Nmyc 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.71 0.16
Klf4 0.01 0.04 0.05 0.20 0.11 0.06 0.60 0.53
Esrrb 0.00 1.00 0.19 0.01 0.21 0.20 0.71 0.78
Tcfcp2I1 0.00 0.00 1.00 0.00 0.19 0.16 0.60 0.73
Zfx 0.01 0.04 0.04 0.34 0.21 0.03 0.73 0.31
E2f1 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 0.02 0.86 0.56
Suz12 0.00 0.03 0.03 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02
Ctcf 1.00 0.06 0.08 0.02 0.10 0.03 0.25 0.11
p300 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06