Variations in KIR Genes: A Study in HIV-1 Serodiscordant Couples
Table 7
Linkage-disequilibrium (LD) analysis of 16 KIR genes between HSPs and HSNs.
2DL1
2DL2
2DL3
2DL4
2DL5
2DS1
2DS2
2DS3
2DS4
2DS5
3DL1
3DL2
3DL3
3DS1
2DP1
3DP1
2DL1
0.153 0.021
0.386 0.092
0.47 0.163
0.072 0.005
0.13 0.007
0.117 0.01
0.078 0.001
0.773 0.136
0.13 0.001
0.153 0.021
1.0 0.011
0.175 0.009
0.598 0.032
0.175 0.009
0.072 0.005
2DL2
0.139 0.017
0.277 0.008
0.274 0.049
0.524 0.208
0.724 0.08
0.274 0.049
0.217 0.022
0.217 0.013
0.608 0.034
0.53 0.021
0.365 0.022
0.577 0.084
0.171 0.021
0.153 0.006
0.412 0.009
2DL3
0.627 0.225
0.466 0.014
0.013 0.0
0.096 0.001
0.149 0.005
0.484 0.016
0.575 0.072
0.057 0.001
0.078 0.006
0.309 0.067
1.0 0.017
0.539 0.052
0.444 0.029
0.539 0.052
0.548 0.024
2DL4
0.295 0.059
0.036 0.001
0.478 0.089
0.139 0.017
0.21 0.004
0.161 0.026
0.329 0.033
0.416 0.029
0.44 0.012
0.093 0.006
1.0 0.008
0.217 0.018
0.408 0.076
1.0 0.012
0.161 0.001
2DL5
0.311 0.083
0.397 0.158
0.021 0.0
0.036 0.001
0.217 0.017
0.161 0.001
0.608 0.134
0.51 0.056
0.161 0.015
0.412 0.009
0.397 0.034
1.0 0.332
0.654 0.23
0.598 0.119
0.266 0.003
2DS1
0.552 0.025
0.217 0.005
0.43 0.027
0.119 0.004
0.449 0.088
0.105 0.003
0.078 0.006
0.078 0.004
0.608 0.224
0.06 0.002
0.217 0.004
0.078 0.0
0.156 0.017
0.478 0.027
0.217 0.017
2DS2
0.484 0.016
0.309 0.051
0.671 0.053
1.0 0.046
0.482 0.124
0.322 0.085
0.329 0.033
0.161 0.005
0.041 0.001
0.093 0.006
1.0 0.008
1.0 0.012
0.484 0.016
1.0 0.012
0.161 0.001
2DS3
0.416 0.029
0.266 0.015
0.628 0.116
0.183 0.004
0.51 0.056
0.046 0.001
0.397 0.063
0.194 0.022
0.086 0.004
0.171 0.004
1.0 0.025
0.078 0.0
0.397 0.107
0.478 0.027
0.309 0.011
2DS4
0.39 0.023
0.06 0.001
0.145 0.007
0.573 0.034
0.295 0.02
0.288 0.034
0.277 0.033
0.199 0.036
0.021 0.0
0.217 0.013
0.021 0.0
0.247 0.024
0.319 0.007
0.489 0.047
0.608 0.034
2DS5
0.067 0.003
0.347 0.081
0.169 0.029
0.145 0.001
0.347 0.081
0.199 0.026
0.12 0.012
0.288 0.026
0.029 0.0
0.608 0.034
1.0 0.015
0.105 0.002
0.309 0.086
0.552 0.061
0.021 0.0
3DL1
0.161 0.001
0.096 0.009
0.021 0.0
1.0 0.024
0.266 0.003
1.0 0.096
0.548 0.024
0.234 0.011
0.53 0.065
1.0 0.063
0.365 0.022
0.153 0.006
1.0 0.103
0.153 0.006
0.206 0.032
3DL2
0.413 0.043
0.397 0.034
1.0 0.014
1.0 0.005
0.397 0.034
0.266 0.007
1.0 0.017
1.0 0.043
1.0 0.039
1.0 0.014
0.397 0.034
0.466 0.141
0.309 0.011
0.466 0.141
0.397 0.034
3DL3
1.0 0.004
1.0 0.106
1.0 0.007
1.0 0.003
1.0 0.006
1.0 0.046
1.0 0.057
1.0 0.023
1.0 0.025
1.0 0.007
1.0 0.004
1.0 0.001
0.539 0.052
0.644 0.415
0.197 0.013
3DS1
0.02 0.0
0.021 0.0
0.288 0.004
0.312 0.079
0.397 0.113
0.266 0.022
0.309 0.037
0.674 0.069
0.687 0.078
0.13 0.008
0.021 0.0
1.0 0.007
1.0 0.003
0.539 0.052
0.136 0.01
2DP1
0.412 0.09
1.0 0.019
0.674 0.138
0.161 0.02
1.0 0.019
1.0 0.044
0.096 0.0
0.489 0.021
0.53 0.03
1.0 0.028
0.096 0.004
1.0 0.004
1.0 0.002
0.14 0.013
0.598 0.119
3DP1
0.021 0.0
1.0 0.03
0.288 0.004
0.083 0.006
1.0 0.03
1.0 0.069
0.397 0.009
0.021 0.0
0.687 0.078
1.0 0.045
0.598 0.255
1.0 0.007
1.0 0.003
0.236 0.056
0.427 0.116
The upper triangle represents HSPs and the lower triangle represents HSNs. HSPs: HIV seropositive spouses; HSNs: HIV seronegative spouses; LD plot with first line : linkage disequilibrium value; second line : relative linkage disequilibrium value; bold numbers representing genes in significant LD.
