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| Forward primer | LCRed-640 | 6-FAM | Reverse primer |
| TAGTGACAAGAAATAACAATACGGGGC- -TT | GTCTTGTAATTGGAATGATGGGAATT | AAACCTCTTCCAGAGTATCAATTGG | AGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTCTGCTG |
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T. orientalis | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. buffeli | ...........................- -.C | .......................... | ......................... | ............................... |
T. annulata | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. sergenti | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. luwenshuni | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. velifera | ...........................- -.. | .C........................ | ......................... | ..............................A |
T. ovis | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. parva | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. uilenbergi | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | .............................C. |
T. lestoquardi | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. equi | ......................A....- -.. | .......................... | .....C................... | ............................... |
T. separata | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ......................C........ |
T. capreoli | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. bicornis | ...........................- -.. | .....C.................... | ......................... | ............................... |
T. taurotragi | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
T. mutans | ...........................- -.C | .C.......................C | .....C................... | ............................... |
Theileria sp. OT3 | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
Theileria sp. NG | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
Theileria sp. YW | ...........................- -.. | .......................... | ......................... | ............................... |
Theileria sp. B15 | ...........................- -.C | .C......................CC | .....C................... | .............................C. |
B. vulpes | ......................A....- -.. | .........................C | .....CT.C................ | ......G......................CT |
B. hongkongensis | ......................A....- -AA | .....................TG.C. | .....CTCA........G....... | ....................T....T...GT |
B. divergens | ......................A....- -AA | .....................TG.CC | .....CTCA........A....... | .........................T...GT |
B. bovis | ...............C...........- -.A | .CTC.........C...GG..CG.CC | TC...CTCG..C.....C.C..... | ........................C.A-.GT |
B. bigemina | ......................A....- -.. | .....................TG..G | .C.A.CTCA........C....... | ....G...............T.....A..CT |
B. gibsoni | ......................A....- -AA | .....................TG.CG | ...ATCTCA........A....... | .A...........................GT |
B. microti | ......................A....- -.. | .........................C | .....CT.C................ | ......G......................CT |
B. felis | ......................A....- -.. | ......................G.CC | .....CT.C................ | ......G......................CT |
B. canis | ......................A....- -.A | .....................TG.C. | .....CTCA........G....... | .........................TA..GT |
C. felis | .......................A...- -.. | ..................C..A.... | ..G.TCT....G............. | ............................... |
H. americanum | ......................AA...AA.. | .CT................A.A.... | ....ACT..TT.A............ | ............................T.A |
T. gondii | ...................C..T..AAAT.. | T...A..G...........A.....C | .....C...T.......A....... | ....................G.......... |
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