Variations in the Regulatory Region of Alpha S1-Casein Milk Protein Gene among Tropically Adapted Indian Native (Bos Indicus) Cattle

Table 1

Frequency of variations within the αS1-CN5' among Indian zebu cattle breeds in comparison with B. taurus (BTAU 4.0:6).

Sr. number	Region	Position	Variation	Allele	AMC	DEC	GAC	GIC	HAC	KJC	KYC	MEC	RAC	RKC	RSC	SAC	THC	Overall frequency (= n/N)	Potential TFBS	Novel
1	Promoter	−1408	A/G	G:	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1	—	—	0.11	—	Yes
2	′′	−1399	A/G	G:	—	—	—	—	—	—	—	—	0.5	—	1	—	—	0.16	NF-kappaE1/c-Myc	Yes
3	′′	−1338	G/C	C:	1	—	—	1	—	—	1	—	—	—	—	0.5	—	0.21	—	Yes
4	′′	−1307	T/G	G:	1	—	—	1	—	—	1	—	—	—	—	0.5	—	0.21	—	Yes
5	′′	−1288	G/A	A:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	GATA-1	Yes
6	′′	−1259	T/C	C:	1	1	—	1	—	1	1	1	0.5	1	0.5	0.5	0.5	0.63	GATA-1/NF-E	Yes
7	′′	−1188	C/G	G:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
8	′′	−1158	T/C	C:	1	1	—	—	0.5	1	1	—	—	0.5	0.5	0.5	0.5	0.47	Oct-1/POU3F2	Yes
9	′′	−1111	C/T	T:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
10	′′	−1034	T/C	C:	1	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.11	—	Yes
11	′′	−1016	A/T	T:	1	—	—	1	—	1	1	—	—	0.5	—	0.5	—	0.32	MEF-2/YY1	—
12	′′	−941	T/G	G:	1	—	—	—	—	1	1	—	—	—	—	—	—	0.16	GATA-1	Yes
13	′′	−876	C/T	T:	1	—	—	1	—	1	1	1	0.5	1	0.5	0.5	—	0.53	—	—
14	′′	−796	T/C	C:	1	—	—	1	—	1	1	—	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.47	—	—
15	′′	−788	G/A	A:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
16	′′	−778	C/T	T:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	AP-1	Yes
17	′′	−741	C/T	T:	1	—	—	—	—	1	1	—	—	—	—	—	—	0.16	—	—
18	′′	−722	T/A	A:	—	—	1	—	1	—	—	1	0.5	1	1	1	1	0.68	—	—
19	′′	−621	C/T	T:	—	1	1	—	1	—	—	—	—	1	1	1	1	0.63	—	—
20	′′	−610	G/A	A:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	POU1F1a/GR	Yes
21	′′	−565	C/T	T:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
22	′′	−536	A/G	G:	—	—	—	1	—	—	1	1	—	0.5	—	0.5	0.5	0.32	TMF	—
23	′′	−521	A/G	G:	—	—	—	—	—	1	1	—	—	0.5	0.5	—	—	0.21	GAL4	—
24	′′	−330	A/C	C:	—	1	—	1	—	1	1	1	0.5	0.5	0.5	0.5	0.5	0.53	YY1/Oct-1	—
25	′′	−241	T/G	G:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
26	′′	−230	T/G	G:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	—
27	′′	−224	T/(-)	(-):	—	—	—	—	—	—	1	—	0.5	—	—	0.5	0.5	0.21	—	Yes
28	′′	−223	T/(-)	(-):	—	—	—	—	—	—	1	—	0.5	—	—	0.5	0.5	0.21	—	Yes
29	′′	−222	G/(-)	(-):	—	—	—	—	—	—	—	—	0.5	—	—	—	—	0.05	—	Yes
30	′′	−221	T/(-)	(-):	—	—	—	—	—	—	—	—	0.5	—	—	—	—	0.05		Yes
31	′′	−214	A/G	G:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	HNF-1	Yes
32	′′	−207	A/T	T:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	GRalpha/AR	Yes
33	′′	−206	C/A	A:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	GRalpha/AR	Yes
34	′′	−202	G/T	T:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	—	Yes
35	′′	−175	A/G	G:	—	—	—	—	—	—	1	—	—	—	—	1	—	0.16	AP-1	—
36	′′	−76	G/A	A:	1	—	—	1	—	—	1	—	—	—	—	0.5	—	0.21	—	—
37	Exon-I	28	T/C	C:	1	—	—	—	—	—	1	—	—	—	—	0.5	—	0.16	—	—
38	Intron-I	82	T/A	A:	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.05	Gfi-1	Yes
39	′′	122	C/T	T:	—	1	1	—	1	—	—	1	—	0.5	0.5	—	0.5	0.42	—	Yes
Breed wise frequency:					0.31	0.13	0.08	0.62	0.1	0.23	0.44	0.15	0.26	0.28	0.28	0.41	0.26
A	Promoter	−820^∗	G/A	—																—
B	′′	−774^∗	C/T	—																—
C	′′	−733^∗	(-)/C	—																—
D	′′	−728^∗	(-)/T	—																—

AMC: Amritmahal, DEC: Deoni, GAC: Gaolao, GIC: Gir, HAC: Haryana, KJC: Kankrej, KYC: Kangyam, MEC: Mewati, RAC: Rathi, RKC: Red Kandhari, RSC: Red Sindhi, SAC: Sahiwal, THC: Tharparkar, n: number of individuals with the variation, N: total number of animals studied.
*Variations reported in B. taurus [19] but not observed in the present study.