Genetic Variation and Population Genetics of Taenia saginata in North and Northeast Thailand in relation to Taenia asiatica

Table 2

Haplotype, nucleotide variation sites of partial cox1 gene (924 bp length), and frequency of 73 Taenia saginata samples in this study (THA*, haplotype A–N) and 33 from 11 different geographical countries** (Haplotype O–W).

Number	Haplotype	Position of nucleotide change																							Number of individuals per population
		0	0	1	1	2	2	2	3	3	4	5	6	6	6	7	7	7	7	8	8	9	9	9	NL	NH	UB	KK	Subtotal; THA*	THA	CHN	KOR	JPN	IND	CAM	NEP	ECU	BRA	ETH	BEL	Total
		3	6	7	8	1	3	3	0	8	9	7	2	3	8	1	2	6	9	0	9	0	1	2
		9	3	4	6	9	1	7	0	1	2	0	1	9	7	1	3	9	8	6	0	1	2	4
1	A	C	G	G	A	C	A	C	T	A	A	A	G	A	C	T	T	A	T	C	A	C	G	T	10	17	5	6	38	7	2	1	1	2	—	1	1	2	1	1	57
2	B	.	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	T	·	·	1	6	3	6	16	3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19
3	C	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	⋅	·	·	·	·	·	T	·	·	1	2	—	—	3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3
4	D	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	1	2	—	—	3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3
5	E	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	1	1	—	—	2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2
6	F	·	·	·	·	·	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	—	2	—	—	2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2
7	G	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	T	·	·	—	1	—	1	2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2
8	H	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	C	·	·	·	·	·	·	·	·	—	—	—	1	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
9	I	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	—	—	1	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
10	J	·	·	·	·	·	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	C	·	·	·	·	·	1	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
11	K	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	C	·	·	·	1	—	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
12	L	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	·	·	·	—	—	—	1	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
13	M	·	·	·	·	·	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	C	T	·	·	—	1	—	—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
14	N	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	T	·	·	·	A	·	C	T	·	·	—	—	—	1	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
15	O	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	T	·	C						1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
16	P	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	T	·	A						1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
17	Q	·	·	·	·	·	·	·	·	·	G	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·						1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
18	R	·	A	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·						—	1	—	—	—	1	—	—	—	—	—	2
19	S	·	·	A	·	·	G	·	·	·	·	·	A	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·						—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
20	T	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·						—	1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1
21	U	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·						—	—	—	—	—	—	—	1	—	—	—	1
22	V	T	·	·	·	·	·	T	·	·	·	·	·	·	·	·	C	·	·	·	·	T	·	·						—	—	—	—	—	—	—	—	1	—	—	1
23	W	·	·	·	·	·	·	·	C	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	·	A	·						—	—	—	—	—	—	—	—	—	2	—	2

Dots reprepresent homology with haplotype A sequence.
NL: Nan lowland, NH: Nan highland, UB: Ubon Ratchathani, KK: Khon Kaen.
∗∗11 countries including THA: Thailand, CHN: China, KOR: Korea, JPN: Japan, IND: Indonesia, CAM: Cambodia, NEP: Nepal, ECU: Ecuador, BRA: Brazil, ETH: Ethiopia, and BEL: Belgium.
The numbering of nucleotide position of 1–924 referred to position 400–1324 of the complete mtDNA sequence (1620 bp) of T. saginata (GenBank acc.  no.  AB066495).