Journal of Theoretical Chemistry

Research Article

DFT Description of Intermolecular Forces between 9-Aminoacridines and DNA Base Pairs

Table 3

9-AA 1(a–e)atomic charges* and respective complexes with AT and GC.
Atom no.1(a)1(a) AT1(a) GC1(b)1(b) AT1(b) GCAtom no.1(c)1(c) AT1(c) GCAtom no.1(d)1(d) AT1(d) GC1(e)1(e) AT1(e) GC
N14−0,610−0,196 0,095−0,611−0,559−0,114N14−0,243−0,071 0,106N14−0,611−0,127 0,101−0,6220,540−0,120
C13 0,225−0,222−0,095 0,226 0,500−0,751C13−0,353−0,208 0,176C13 0,215−0,776−0,148 0,239−4,274 0,022
C6 0,223−0,658−0,278 0,223 0,196−0,521C6−0,190 0,086 0,046C6 0,213−0,355 0,167 0,2472,024−0,432
C23−0,085−0,187−0,426−0,086 0,499−0,341C23−0,414−0,513−0,717C23−0,087−0,293−0,801−0,093−0,892−0,368
H24 0,100 0,229 0,184 0,100 0,028 0,198H24 0,197 0,199 0,197H24 0,101 0,219 0,199 0,101 0,301 0,206
C21−0,092−0,586−0,016−0,092−0,571−0,017C21−0,116−0,199−0,345C21−0,092−0,023 0,004−0,092 0,458−0,215
H22 0,090 0,190 0,178 0,090 0,159 0,184H22 0,184 0,183 0,177H22 0,092 0,183 0,175 0,088 0,218 0,188
C3−0,087−0,388−0,407−0,090 0,421−0,681C3−0,742−0,785 0,176C3−0,097−0,413−0,621−0,084 0,357−0,679
H10 0,099 0,236 0,187 0,098−0,038 0,191H10 0,199 0,194 0,188H10 0,097 0,184 0,197 0,097 0,307 0,201
C7−0,091−0,084−0,226−0,094−0,281−0,163C7−0,033−0,246−0,314C7−0,091−0,254−0,063−0,091 0,446−0,010
H9 0,089 0,176 0,179 0,089 0,200 0,179H9 0,183 0,182 0,171H9 0,092 0,184 0,174 0,087 0,244 0,201
N15−0,578−0,520 0,015−0,582−0,555−0,473C11 0,584−0,377 0,074N15−0,577−0,528−0,349−0,576−0,065−0,686
C25−0,063 0,300 0,148−0,062−0,352−0,425N15−0,706−0,063−0,092C25−0,081−0,314−0,056−0,065−1,204−0,852
C28−0,071−0,447−0,149−0,048−0,262−0,140C25−0,382 0,167 0,107N31−0,542−0,629−0,323−0,524−0,046 0,486
N31−0,503−0,471−0,527−0,534−0,527−0,406N31−0,452−0,387−0,337C34−0,017−0,071−0,631−0,041−0,232−0,412
C35 0,548 0,3520,636 0,560 0,198 1,249C34 0,006−0,168−0,398O36−0,521−0,327−0,217−0,513 0,185−0,024
O36−0,503−0,504−0,175−0,524−0,456−0,253O35−0,485−0,411−0,220C35 0,586 0,232 0,293 0,581−0,507−0,136
C34−0,136−0,238−0,861 0,006−0,084−1,540C33−0,063−0,150−0,249N33−0,539−0,476−0,349−0,542 1,592−0,175
N33−0,604−0,810−0,936−0,627−0,884−0,803N32−0,308−0,254−0,257O55−0,537−0,346−0,272−0,541−0,384−0,235
           N52−0,638−0,825−0,929— 0,754−0,412
Mulliken charges calculated at the B3LYP/6-31G* basis set.