Estimating Network Kinetics of the MAPK/ERK Pathway Using Biochemical Data

Table 8

Posterior means (μ), standard deviations (σ), and acceptance ratios (𝑝) for the estimated rate constants 𝑐_𝑖 for Model 2 from the western blotting data when Δ𝑡=5 and Δ𝑡=10 are time units, respectively. The estimates are based on 15,000 MCMC runs after 85,000 burn-in runs.

Reaction		Δ𝑡=5 unit			Δ𝑡=10 unit
	μ	σ	𝑝	μ	σ	𝑝
𝑐1	1.228×10^−2	1.246×10^−3	0.064	9.575×10^−3	1.589×10^−3	0.028
𝑐2	2.015×10^−3	2.131×10^−4	0.064	6.589×10^−4	1.036×10^−4	0.028
𝑐3	5.250×10^−3	7.264×10^−4	0.064	3.804×10^−3	6.289×10^−4	0.028
𝑐4	1.251×10^−2	1.151×10^−2	0.159	4.674×10^−2	2.835×10^−2	0.125
𝑐5	4.588×10^−3	4.039×10^−3	0.159	2.363×10^−3	2.087×10^−3	0.125
𝑐6	1.024×10^−2	3.350×10^−3	0.159	2.825×10^−3	2.120×10^−3	0.125
𝑐7	9.500×10^−3	6.363×10^−4	0.119	6.488×10^−3	4.798×10^−4	0.136
𝑐8	2.775×10^−2	1.612×10^−2	0.119	3.552×10^−2	9.800×10^−3	0.136
𝑐9	8.103×10^−2	1.749×10^−2	0.119	1.430×10^−2	9.956×10^−3	0.136
𝑐10	1.814×10^−2	3.106×10^−3	0.086	4.775×10^−2	4.988×10^−3	0.075
𝑐11	1.756×10^−4	2.908×10^−5	0.086	1.837×10^−4	2.674×10^−5	0.075
𝑐12	1.951×10^−1	3.997×10^−3	0.085	1.192×10^−1	4.119×10^−3	0.075
𝑐13	8.965×10^−2	2.181×10^−3	0.083	8.328×10^−2	2.475×10^−3	0.110
𝑐14	8.266×10^−2	1.329×10^−2	0.083	1.696×10^−1	2.793×10^−2	0.110
𝑐15	3.546	1.096×10^−1	0.082	2.837	1.250×10^−1	0.110
𝑐16	5.263×10^−4	6.079×10^−5	0.098	1.197×10^−3	6.928×10^−5	0.071
𝑐17	4.428×10^−1	1.440×10^−3	0.097	6.341×10^−1	6.820×10^−4	0.070
𝑐18	1.536×10^−4	7.442×10^−6	0.098	8.151×10^−5	4.562×10^−6	0.071
𝑐19	2.526×10^−3	1.375×10^−4	0.056	2.330×10^−4	9.969×10^−6	0.033
𝑐20	7.068×10^−4	8.094×10^−5	0.056	8.367×10^−4	1.139×10^−4	0.033
𝑐21	7.988×10^−3	3.053×10^−4	0.056	6.698×10^−3	6.198×10^−4	0.033
𝑐22	2.948×10^−3	3.035×10^−4	0.075	1.318×10^−3	1.973×10^−4	0.067
𝑐23	2.803×10^−4	4.000×10^−5	0.075	2.004×10^−4	3.455×10^−5	0.067
𝑐24	5.324×10^−1	5.017×10^−3	0.074	2.570×10^−1	4.554×10^−3	0.067
𝑐25	1.632×10^−1	9.574×10^−3	0.058	2.024×10^−1	1.598×10^−2	0.122
𝑐26	3.513×10^−4	7.545×10^−5	0.058	2.492×10^−4	9.149×10^−5	0.122
𝑐27	5.338×10^−3	2.018×10^−3	0.058	3.546×10^−3	2.618×10^−3	0.122
𝑐28	3.300×10^−5	2.190×10^−5	0.044	4.668×10^−5	1.335×10^−5	0.080
𝑐29	5.371×10^−2	3.414×10^−3	0.044	4.370×10^−2	4.481×10^−3	0.080
𝑐30	3.244×10^−1	1.549×10^−2	0.044	2.038×10^−2	1.001×10^−3	0.080
𝑐31	7.509×10^−2	3.647×10^−3	0.055	4.297×10^−2	2.031×10^−3	0.110
𝑐32	5.220×10^−1	2.315×10^−2	0.055	2.528×10^−1	1.250×10^−2	0.110
𝑐33	7.916×10^−3	5.697×10^−3	0.055	1.641×10^−2	7.164×10^−3	0.111
𝑐34	7.036×10^−4	3.411×10^−4	0.108	1.560×10^−4	1.302×10^−4	0.073
𝑐35	1.228×10^−2	9.204×10^−3	0.108	1.454×10^−2	9.950×10^−3	0.073
𝑐36	2.565×10^−1	1.107×10^−2	0.108	1.111×10^−1	7.249×10^−3	0.073
𝑐37	1.090×10^−2	3.086×10^−3	0.086	1.454×10^−2	4.631×10^−3	0.105
𝑐38	9.962×10^−3	9.301×10^−3	0.086	1.094×10^−2	9.427×10^−3	0.105
𝑐39	3.960	1.188×10^−1	0.085	3.215	1.444×10^−1	0.105
𝑐40	4.201×10^−3	7.856×10^−4	0.077	4.977×10^−3	1.099×10^−3	0.094