A Novel Method for Functional Annotation Prediction Based on Combination of Classification Methods

Table 6

Error rate for each GO term.

GO	Error rate using SVM with feature selection	Error rate using SMO with feature selection	Error rate using weighted IPR SVM with feature selection	Error rate using weighted IPR SMO with feature selection
GO:0000324	0.030303	0.045455	0.030303	0.166667
GO:0000329	0.090909	0.136364	0.075758	0.257576
GO:0000398	0.025641	0.025641	0.025641	0.128205
GO:0003677	0.055556	0.055556	0.051852	0.096296
GO:0003700	0.033333	0.033333	0.033333	0.055556
GO:0003723	0.026316	0.026316	0.035088	0.096491
GO:0003735	0.033333	0.038889	0.053333	0.06
GO:0005515	0.128571	0.142857	0.144444	0.266667
GO:0005524	0.166667	0.177778	0.144444	0.266667
GO:0005730	0.116667	0.116667	0.108333	0.166667
GO:0005732	0.060606	0.060606	0.060606	0.106061
GO:0005743	0.208333	0.263889	0.208333	0.416667
GO:0005783	0.22069	0.234483	0.224138	0.275862
GO:0005789	0.075758	0.075758	0.106061	0.242424
GO:0005829	0.090909	0.090909	0.1	0.254545
GO:0005886	0.123077	0.123077	0.115385	0.182692
GO:0005935	0.111111	0.111111	0.041667	0.152778
GO:0006281	0.151515	0.181818	0.151515	0.227273
GO:0006355	0.133333	0.15	0.133333	0.166667
GO:0006365	0.075758	0.090909	0.075758	0.166667
GO:0006412	0.05303	0.05303	0.056818	0.079545
GO:0006457	0.030303	0.030303	0.045455	0.166667
GO:0006468	0.009804	0.039216	0.009804	0.058824
GO:0006511	0.030303	0.030303	0.030303	0.121212
GO:0006888	0	0	0	0.083333
GO:0006897	0.013889	0.013889	0.013889	0.152778
GO:0006950	0.090909	0.106061	0.060606	0.212121
GO:0007047	0.083333	0.125	0.092593	0.148148
GO:0009060	0.066667	0.066667	0.066667	0.316667
GO:0009277	0	0	0	0.016667
GO:0016020	0.05	0.05	0.05	0.166667
GO:0016021	0.029412	0.029412	0.019608	0.078431