Advances in Bioinformatics

Research Article

FN-Identify: Novel Restriction Enzymes-Based Method for Bacterial Identification in Absence of Genome Sequencing

Table 2

16S rRNA and HSP60 copy numbers and genomics positions.


Strain ID	16S rRNA copies number	16S rRNA position	HSP60 position

1	4	57091⋯58665 447399⋯448973 469566⋯471140 1712759⋯1714333	407805⋯409506

2	4	59255⋯60826 413779⋯415350 434247⋯435818 1632689⋯1634260	379688⋯381333

3	4	66295⋯67869 450127⋯451701 469953⋯471527 1743991⋯1745565	403452⋯405083

4	4	55901⋯57475 413067⋯414641 431084⋯432658 1592809⋯1594383	376234⋯377865

5	5	86149⋯87711 453214⋯454776 562993⋯564555 1146802⋯1148364 1504667⋯1506229	645454⋯647079

6	5	706262⋯707824 829466⋯831028 1597799⋯1599360 1678756⋯1680318 2300479⋯2302041	1429276⋯1430898

7	5	259510⋯261077 823779⋯825346 845529⋯847096 1829076⋯1830643 2504379⋯2505946	2233684⋯2235318

8	4	62524⋯64075 427906⋯429457 445456⋯447007 1669931⋯1671482	391450⋯393075

9	9	35825⋯37395 681032⋯682602 789164⋯790734 821185⋯822755 1416360⋯1417930 1526926⋯1528496 1596022⋯1597592 1805404⋯1808393 1818669⋯1820239	1448011⋯1449624

10	9	45160⋯46720 689136⋯690696 806393⋯807953 1359934⋯1361495 1470602⋯1472162 1543296⋯1544856 1576953⋯1578513 1787059⋯1788619 1794646⋯1796206	1392354⋯1393967

11	9	43705⋯45265 683265⋯684825 792486⋯794046 1373565⋯1375125 1483805⋯1485365 1562005⋯1563565 1594263⋯1595823 1792049⋯1793609 1799394⋯1800954	1405173⋯1406786

12	5	169808⋯171375 194092⋯195659 273972⋯275539 651911⋯653482 1564338⋯1565905	394255⋯395886

13	5	169391⋯170958 193655⋯195222 273501⋯275068 651358⋯652925 1563202⋯1564769	393747⋯395378

14	6	477570⋯479148 1559153⋯1560731 1565823⋯1567401 1579997⋯1581575 1786679⋯1788257 1792194⋯1793772	425524⋯427155

15	4	76215⋯77787 450938⋯452510 468198⋯469770 1697386⋯1698958	408372⋯409994

16	4	85110⋯86682 428551⋯430123 446061⋯447633 1736897⋯1738469	393232⋯394854

17	4	546957⋯548607 1653714⋯1655334 1668197⋯1669764 1871317⋯1872967	490210⋯491841

18	4	455618⋯457268 1479559⋯1481209 1494009⋯1495659 1661809⋯1663459	412091⋯413722

19	6	558550⋯560200 1663054⋯1664704 1669721⋯1671371 1684170⋯1685820 1882821⋯1884471 1888336⋯1889986	502509⋯504140

20	5	484838⋯486408 1155088⋯1156658 1985568⋯1987138 2410113⋯2411683 2860684⋯2862254	631044⋯632669

21	5	487643⋯489213 1132007⋯1133577 1988715⋯1990285 2469054⋯2470624 2918612⋯2920182	591466⋯593091

22	6	177728⋯179296 312393⋯313961 624382⋯625950 639563⋯641131 1077760⋯1079328 1373427⋯1374995	401807⋯403435

23	6	177347⋯178880 312212⋯313745 632685⋯634218 649117⋯650650 1117409⋯1118942 1412879⋯1414412	401630⋯403258

24	5	306772⋯308345 820809⋯822382 840850⋯842423 1923809⋯1925382 2563756⋯2565329	2303140⋯2304732

25	5	307756⋯309313 823249⋯824806 843290⋯844847 1929410⋯1930967 2568485⋯2570042	2308734⋯2310368

26	5	289782⋯291339 817799⋯819356 837823⋯839380 1895692⋯1897249 2548360⋯2549917	2265733⋯2267367

27	7	306178⋯307748 445757⋯447106 478891⋯480461 1575575⋯1577145 1762644⋯1763993 1867063⋯1868633 1872479⋯1873828	358686⋯360625

28	4¹	125303⋯126858 142446⋯144001 1350707⋯1352262 1818440⋯1819995	82036⋯83667

29	5	274946⋯276503 774656⋯776213 794023⋯795580 1866160⋯1867717 2503645⋯2505202	2240006⋯2241640

30	6	274311⋯275837 393951⋯395477 449057⋯450583 759032⋯760558 1507426⋯1508592 1947545⋯1949071	650101⋯651714

31	7	74995⋯76521 218268⋯219794 435427⋯436953 480965⋯482491 1301435⋯1302951 1411138⋯1412654 1818075⋯1819591	1247027⋯1248649

32	7	74540⋯76056 217778⋯219294 434853⋯436380 480393⋯481909 1300792⋯1302308 1410454⋯1411970 1817320⋯1818824	1246385⋯1248007

33	7	40703⋯42272 121127⋯122696 360538⋯362108 367314⋯368884 422087⋯423657 1008778⋯1010348 1279132⋯1280701	485966⋯487585

¹Our Annotation for 16S rRNA sequences in L. kefiranofaciens ZW3.