Research Article

Early Methanogenic Colonisation in the Faeces of Meishan and Yorkshire Piglets as Determined by Pyrosequencing Analysis

Table 2

Relative abundances of predominant OTUs (percentage) in the 16S rRNA gene libraries from faecal methanogens of Meishan and Yorkshire piglets1.

OTUsYorkshireMeishan SEM2 Effect (P value) Closest reference strain
D1D3D7D14D1D3D7D14BreedAgeBreed × age

OTU20.53 0.69 20.635.79 0.20 0.83 1.39 32.0 17.0 0.741 0.046 0.034 M. smithii
OTU66.89 1.20 0.09 0.00 10.16 0.68 3.41 0.08 5.07 0.293 0.001 0.679 M. thaueri
OTU73.19 1.31 0.03 0.00 9.87 3.92 2.97 0.26 4.50 0.024 0.012 0.392 M. thaueri
OTU103.64 1.57 0.02 0.00 6.14 3.22 1.60 0.10 3.23 0.157 0.011 0.860 M. woesei
OTU142.26 0.60 0.02 0.00 2.80 2.38 1.33 0.14 1.78 0.108 0.028 0.731 M. thaueri
OTU172.56 2.22 0.01 0.01 0.74 2.39 0.17 0.16 1.76 0.547 0.017 0.508 M. millerae
OTU192.12 0.45 0.00 0.00 2.52 1.51 1.19 0.11 1.37 0.097 0.004 0.738 M. thaueri
OTU200.20 0.64 3.26 2.57 0.20 0.03 0.12 0.22 1.88 0.015 0.204 0.217 M. smithii
OTU212.89 0.35 0.02 0.00 3.23 0.03 0.00 0.01 1.98 0.997 0.002 0.984 M. gottschalkii
OTU260.10 0.25 1.21 0.61 0.05 0.22 0.13 2.00 0.88 0.812 0.005 0.010 M. smithii
OTU271.49 1.49 0.08 0.01 0.98 0.19 0.24 0.02 1.03 0.223 0.049 0.403 M. alcaliphilum
OTU300.67 1.09 0.03 0.00 1.15 1.21 0.14 0.03 0.93 0.560 0.032 0.956 M. thaueri
OTU380.08 0.34 0.53 0.66 0.12 0.17 0.40 0.86 0.36 0.864 0.001 0.542 M. smithii
OTU390.03 0.19 0.55 1.00 0.03 0.12 0.41 0.52 0.53 0.324 0.026 0.756 M. smithii
OTU401.21 0.54 0.02 0.00 0.75 0.04 0.22 0.02 0.69 0.409 0.019 0.594 M. thaueri
OTU440.66 0.49 0.02 0.00 1.06 0.20 0.11 0.02 0.55 0.750 0.005 0.544 M. millerae
OTU480.15 0.34 0.53 0.40 0.06 0.09 0.16 0.61 0.28 0.134 0.010 0.083 M. millerae
OTU520.56 0.05 0.01 0.00 1.00 0.40 0.19 0.02 0.53 0.139 0.012 0.796 M. thaueri
OTU630.42 0.20 0.01 0.00 0.80 0.17 0.09 0.01 0.30 0.077 0.000 0.088 M. thaueri
OTU690.59 0.20 0.02 0.00 0.51 0.06 0.20 0.01 0.27 0.875 0.000 0.299 M. thaueri
OTU710.26 0.31 0.00 0.00 0.68 0.14 0.14 0.01 0.31 0.285 0.005 0.146 M. millerae
OTU730.08 0.13 0.60 0.35 0.01 0.08 0.03 0.25 0.27 0.016 0.038 0.067 M. smithii
OTU740.41 0.63 0.00 0.00 0.08 0.35 0.00 0.00 0.40 0.243 0.035 0.697 M. olleyae
OTU771.00 0.03 0.02 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.48 0.219 0.003 0.278 M. millerae
OTU780.38 0.15 0.02 0.00 0.51 0.09 0.20 0.02 0.23 0.263 0.000 0.487 M. thaueri
OTU820.28 0.14 0.01 0.00 0.33 0.07 0.40 0.05 0.21 0.075 0.010 0.047 M. thaueri
OTU850.25 0.13 0.00 0.00 0.39 0.35 0.10 0.02 0.26 0.175 0.047 0.862 M. thaueri
OTU860.17 0.16 0.02 0.00 0.44 0.16 0.29 0.00 0.20 0.024 0.010 0.153 M. thaueri
OTU880.33 0.04 0.00 0.00 0.49 0.20 0.12 0.00 0.25 0.143 0.002 0.845 M. thaueri
OTU910.67 0.07 0.00 0.00 0.33 0.00 0.04 0.01 0.35 0.399 0.006 0.572 M. millerae
OTU930.51 0.24 0.00 0.00 0.18 0.17 0.00 0.00 0.29 0.291 0.045 0.570 M. millerae
OTU1030.04 0.04 0.17 0.32 0.02 0.04 0.10 0.21 0.15 0.277 0.002 0.821 M. smithii
OTU1040.26 0.10 0.00 0.00 0.24 0.22 0.10 0.00 0.17 0.338 0.010 0.706 M. thaueri
OTU1070.16 0.06 0.00 0.00 0.47 0.05 0.14 0.00 0.18 0.007 0.000 0.017 M. thaueri
OTU1090.16 0.38 0.03 0.00 0.20 0.04 0.03 0.02 0.19 0.217 0.038 0.073 M. millerae
OTU1100.22 0.18 0.04 0.00 0.27 0.08 0.04 0.02 0.17 0.892 0.018 0.786 M. millerae

OTUs: the abundances that were significantly affected by pig breed, age, or the interaction between breed and age are shown in this table.
SEM: standard error of means, .