Comparative Performance Evaluation of FilmArray BioFire RP2.1 and MAScIR 2.0 Assays for SARS-CoV-2 Detection

Table 3

Summary table of discrepant samples’ results on each of the three assays.

No	FilmArray RP2.1			MAScIR 2.0			ARGENE			Other respiratory samples
	S	M	Other pathogens	S Ct	RdRp Ct	Result	N Ct	RdRp Ct	Result
38	+	+	RSV	−	−	Ne	30	30	P	0
11	+	+	Metapneumovirus	−	−	Ne	33	32	P	0
81	+	+	Metapneumovirus	−	−	Ne	33	33	P	0
9	+	+	Rhinovirus/enterovirus + RSV	−	−	Ne	34	34	P	0
39	+	+	RSV	38	−	Ne	34	−	P	0
20	+	+	0	−	−	Ne	37	36	LP	0
82	+	+	0	−	−	Ne	−	−	Ne	D − 6: P on MAScIR
37	−	+	0	−	−	Ne	−	−	Ne	0
41	+	−	0	38	−	Ne	−	−	Ne	0
53	+	−	Rhinovirus/enterovirus + RSV	−	−	Ne	−	−	Ne	0
67	+	−	HCoV OC43 + PIV3	−	−	Ne	−	−	Ne	0
52	+	+	Rhinovirus/enterovirus + RSV	−	−	Ne	Not tested	0
80	+	−	0	38	−	Ne	Not tested	0
1	+	−	0	38	−	Ne	Not tested	0
17	+	−	Metapneumovirus	−	−	Ne	Not tested	D − 5: Ne on MAScIR
55	+	−	0	−	−	Ne	Not tested	D + 4: Ne on MAScIR
69	+	−	0	−	−	Ne	Not tested	0
73	+	−	Rhinovirus/enterovirus	−	−	Ne	Not tested	0
74	+	−	0	38	−	Ne	Not tested	0
36	−	+	Rhinovirus/enterovirus	−	−	Ne	Not tested	D − 1: LP on MAScIR
79	−	+	HCoV OC43	−	−	Ne	Not tested	D + 2: Ne on MAScIR and FA (only HCoV OC43 detected)

Ct: cycle threshold; D: collection day of samples included in our series; FA: filmArray RP2.1; HCoV: human coronavirus; LP: low positive; M: membrane gene; N: nucleocapsid gene; Ne: negative; P: positive; PIV3: parainfluenza virus 3; RdRp: RNA-dependent RNA polymerase gene; RSV: respiratory syncytial virus; S: spike gene; 0: none. Not tested: due to insufficient sample volume.