Research Article

An Algorithm for Finding Functional Modules and Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Networks

Table 3

The near-cliques matched with experimentally determined protein complexes cataloged in MIPS. The overlap column represents the number of proteins common to the near-cliques and the protein complexes.

Group IDGroup sizeMIPS tag of protein complexProtein complex sizeOverlap (common proteins) Main functional categories

3429522−14.2842.10/43.01.03.09
54510.190.110133−16.3201.03.16.01
6632084−23.4011.02.03.04/10.01.09.05/16.03.01
922550.1.1498821−84.6011.04.01/12.01
128550.1.148358−39.4911.04.03.05/16.03.03/11.04.03.01
1311550.1.7108−47.5510.03.01/14.01/16.01
1417140.303211−46.6510.03.01
164550.1.4493−17.5514.07.02.02/01.05.01.03.02.02
173410.40.2033−23.3616.03.01 /16.03.01 /10.01.05.01/10.01.03.05
/10.01.03.01
184440.30.30114−24.5611.04.02
2123470.2055−26.7143.01.03.05/34.11.03.07
234510.16044−30.3611.02.03.04.01/01.05.04
244360.10364−19.3814.13.01.01/14.07.11
2536550.1.1383611−34.43none
264550.2.31733−21.9820.09.07.03/20.09.07.05/14.10
271013084−20.7742.04/16.01
2811601111−74.7114.13.01.01/10.03.01.01.11/14.07.05 /14.10
/16.01 /16.19.03
296120.2044−27.6543.01.03.05/40.01/34.07.01/34.01/32.01.09
/11.02.02/10.03.01.01.09/10.03.01.01.03
308550.1.142254−16.6812.04
314140.30.30.3032−13.1810.03.01/42.04/20.09
323510.2043−21.9812.04.02/12.01.01
3631230.20.201614−67.9911.02.03.04/10.01.09.05
374410.30164−22.8516.03.01/10.01.03.03/10.01.03.01/16.19.03
386550.1.8175−32.2943.01.03.05/20.09.16.09.03/16.01/20.09.07.27
/10.03.03
403410.30163−17.0310.01.03.03/10.01.09.05 /11.02.03.04/16.19.03
/34.11.03.07
443350.10.1022−14.9714.10/01.04.01/14.13/16.19.03/20.01.10/20.09.04
458500.10.4076−38.4412.04.01
474410.40.3053−19.6710.01.05.01/10.01.03.05/10.03.01.03/16.03.01
/18.02.01
483410.40.9033−23.3610.01.05.01/10.01.03.05
496290.20.1055−35.3420.09.04/20.01.10/14.04/42.16
504550.1.29164−22.8532.01/2.19/01.05.01.03.01/01.05.01.01.01
523550.3.8222−14.9712.04.03/01.03.16.01
5313260.30.20116−30.1520.09.07.03
548510.40.10137−40.6311.02.03.01/11.02.03.04
585550.2.43622−13.7720.09.18
595470.1065−35.3401.04.01 /01.05.04/14.07.03/30.01.05
/43.01.03.05/11.02.03.04
615440.12.1075−34.0811.04.01/01.03.16.01
643400103−18.5743.01.03.09/01.06.01.07.11
665550.1.212355−24.4416.19.03/10.01.05.01/01.04.01/16.03.01
674510.190.4054−28.7511.04/01.03.16.01/11.02.03.04/34.11.03.07
703440.12.3033−23.3611.06.01/11.04.01
723550.1.8473−19.8020.09.13/16.01/14.10/20.09.18
743510.180.30.1022−14.9742.10.03/32.01.09/16.03.03/10.03.01.03
/10.01.09.05/10.01.05.01
767290.1097−46.5820.09.04/20.01.10/14.04/20.03
803550.2.52722−14.9730.01.05.01/18.02.01/18.01.01/14.07.03
813260.9063−20.3642.04.03/20.09.14/16.07/14.10/16.01/43.01.03.05
824260.8044−30.3542.25/20.09.13/20.09.07/20.09.07/20.09.16.09.03
864510.180.2074−26.8034.11.03.07/10.01.05.03.01/10.01.05.01/10.03.02
873550.1.7443−21.9720.09.07/42.04.03
893550.2.32163−20.3616.19.03 /14.13.01.01/14.07.11/01.04.01
913550.2.31733−23.3616.03.01/11.02.01/11.02.02
95390.3022−14.9734.01.01.03/14.10
96411044−30.3543.01.03.05/11.02.03.04/16.19.01/30.01.09.07
/14.07.03/01.04.01
973260.30.30.2022−14.9714.04 /20.09.07.05
10012140.20.3074−20.6043.01.03.05/42.04/40.01
1016550.3.1274−24.0910.03.01.01.03/43.01.03.05/30.01.05.01/14.07.03
1029445.2044−25.5216.01/16.19.03/10.03.01.01.03/14.13.01.01/14.10
/14.07.05
1037140.20.20255−23.2143.01.03.05/40.01/16.01/42.04.03/20.09.18.09.01
1045140.20.3074−25.1943.01.03.05/42.01/32.01.03/20.09.18.09.01
10511260.601010−66.3320.09.07.03
1067270.20.4043−18.4210.03.04.03
1089133.10107−41.7910.03.01.01/18.02.01
1103140.30.30143−17.4620.09.14/10.03.05.01/10.03.04.09/10.03.01.01.11
/02.45.11
1125270.20.2033−21.0510.03.04.05/16.01
1135270.20.1033−21.0510.03.04.05