The Effects of the Context-Dependent Codon Usage Bias on the Structure of the nsp1α of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus

Table 2

Relative abundance of codons with 𝑁₁ context or ₁𝑁 context in the PRRSV nsp1α gene.

Codon-context (𝑥𝑦𝑧-𝑛)	𝑅 value^1	𝑅 value^2	𝑅 value^3	Codon-context (𝑥𝑦𝑧-𝑛)	𝑅 value^1	𝑅 value^2	𝑅 value^3
UUA~A	0.0000	4.9268	0.3345	A~UUA	0.0000	0.0401	3.6799
UUA~U	0.2911	0.0000	0.0000	U~UUA	0.1456	0.0617	0.2945
UUA~C	2.8120	0.0000	0.0000	C~UUA	2.9124	0.0000	0.0000
UUA~G	0.0000	0.0000	3.7713	G~UUA	0.0000	3.7019	0.0000
AUC~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~AUC	0.0000	0.0000	2.4430
AUC~U	0.0000	0.0000	3.1392	U~AUC	0.0000	0.2233	0.0116
AUC~C	0.0000	0.0000	0.0000	C~AUC	0.0000	3.4849	0.0439
AUC~G	0.0000	3.7945	0.4601	G~AUC	0.0000	0.0000	1.5563
AUA~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~AUA	0.0000	0.0000	0.0000
AUA~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~AUA	4.3672	3.4158	2.2091
AUA~C	3.0128	0.0000	0.5557	C~AUA	0.0000	0.3703	0.0000
AUA~G	0.0000	3.7945	3.5998	G~AUA	0.0000	0.0000	1.5428
GUA~A	1.4751	0.0000	0.0934	A~GUA	2.9502	3.2845	0.0000
GUA~U	1.0918	3.7954	0.0822	U~GUA	0.0000	0.0000	0.0000
GUA~C	0.7532	0.0000	4.2386	C~GUA	0.7532	1.2342	0.0000
GUA~G	0.9274	0.0000	0.0000	G~GUA	0.9274	0.0000	4.1141
GUG~A	0.0510	0.0000	0.0000	A~GUG	1.4283	0.0000	0.3526
GUG~U	0.2014	2.7198	0.0000	U~GUG	0.0629	1.8132	0.0239
GUG~C	1.4413	0.1874	4.4454	C~GUG	0.0174	0.4872	0.0000
GUG~G	1.7318	0.8833	0.0000	G~GUG	2.7367	1.4824	3.7249
UCA~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~UCA	0.0000	0.0000	0.0000
UCA~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~UCA	0.0000	3.7954	0.0000
UCA~C	0.0000	3.7027	0.0000	C~UCA	0.0000	0.0000	0.0000
UCA~G	0.0000	0.0000	0.0000	G~UCA	0.0000	0.0000	0.0000
AGU~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~AGU	0.0000	0.0000	0.0000
AGU~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~AGU	2.4694	0.0000	0.0000
AGU~C	0.0473	0.0000	0.0000	C~AGU	1.2619	3.7027	4.4454
AGU~G	3.6513	3.7945	4.1141	G~AGU	0.0583	0.0000	0.0000
AGC~A	2.9502	0.0000	0.0000	A~AGC	0.0000	0.0000	0.0000
AGC~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~AGC	5.9004	0.0000	0.0000
AGC~C	0.0000	0.0000	0.0000	C~AGC	0.0000	3.7027	0.0000
AGC~G	1.8548	3.7945	0.0000	G~AGC	0.0000	0.0000	0.0000
ACA~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~ACA	0.0000	0.0000	0.0000
ACA~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~ACA	4.3672	0.0000	3.4431
ACA~C	0.0000	3.7027	0.0383	C~ACA	0.0000	3.7027	0.1150
ACA~G	3.7096	0.0000	4.0786	G~ACA	0.0000	0.0000	0.0000
UAC~A	5.6595	0.0000	3.9513	A~UAC	0.0000	0.0502	0.0000
UAC~U	0.0000	1.4455	0.0000	U~UAC	1.2478	0.8812	1.4434
UAC~C	0.1230	1.4253	0.0000	C~UAC	2.1520	1.3876	2.6300
UAC~G	0.0000	0.8887	0.0646	G~UAC	0.0000	1.4529	0.0000
CAU~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~CAU	3.9336	0.0000	0.0000
CAU~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~CAU	0.0000	3.7043	0.0000
CAU~C	1.0043	0.0000	0.0000	C~CAU	0.0000	0.0889	4.4454
CAU~G	2.4730	3.7945	4.1141	G~CAU	1.2365	0.0000	0.0000
CAC~A	0.0000	0.0000	0.0000	A~CAC	0.0000	0.0000	0.0000
CAC~U	0.0000	0.2138	0.0000	U~CAC	4.3672	3.5816	0.0000
CAC~C	0.0000	0.0000	0.0000	C~CAC	0.0000	0.2086	0.0000
CAC~G	3.7096	3.5807	0.0000	G~CAC	0.0000	0.0000	0.0000
AAG~A	0.0000	0.0000	3.4986	A~AAG	0.0000	0.0000	3.3416
AAG~U	0.0546	0.0000	0.0000	U~AAG	1.4739	0.0000	0.0000
AAG~C	2.9751	0.0000	0.0000	C~AAG	1.9960	0.0000	0.0000
AAG~G	0.0000	0.0000	0.5286	G~AAG	0.0000	0.0000	0.6895
CGC~A	1.3112	0.0000	0.0000	A~CGC	2.8704	0.0000	0.0000
CGC~U	0.1213	3.7954	0.0000	U~CGC	0.1180	2.3721	0.0000
CGC~C	0.0837	0.0000	0.0000	C~CGC	1.3843	1.3885	0.0000
CGC~G	2.6791	0.0000	0.0000	G~CGC	0.1003	0.0000	0.0000
AGA~A	0.0000	0.0000	1.9453	A~AGA	0.0831	0.0000	2.0578
AGA~U	0.1230	0.0000	0.1188	U~AGA	0.6766	0.0000	0.0099
AGA~C	2.8855	0.0000	0.0249	C~AGA	0.1273	0.0000	2.1293
AGA~G	0.0522	0.0000	1.9591	G~AGA	2.9259	0.0000	0.0230
AUG~A	0.0000	0.0000	2.1721	A~AUG	0.0000	0.0000	3.9812
AUG~U	0.0000	0.0000	0.0000	U~AUG	4.1823	3.6955	0.0000
AUG~C	0.0000	0.0000	0.0000	C~AUG	0.1275	0.0974	0.0000
AUG~G	0.0000	3.7945	1.8881	G~AUG	0.0000	0.0000	0.0340

¹𝑟𝑒𝑝𝑟𝑒𝑠𝑒𝑛𝑡𝑠 The relative abundance of codons with 𝑁₁ context in the helix unit of the PRRSV nsp1α.
²𝑟𝑒𝑝𝑟𝑒𝑠𝑒𝑛𝑡𝑠 The relative abundance of codons with 𝑁₁ context in the β-strand unit of the PRRSV nsp1α.
³𝑟𝑒𝑝𝑟𝑒𝑠𝑒𝑛𝑡𝑠 The relative abundance of codons with 𝑁₁ context in the coil unit of the PRRSV nsp1α.