Research Article
Identification of Five Novel Salmonella Typhi-Specific Genes as Markers for Diagnosis of Typhoid Fever Using Single-Gene Target PCR Assays
Table 2
Evaluation of the specificities of the 6 target genes for identification of S. Typhi using PCR (total of 111 clinical isolates).
| Test bacteria strains | Positive PCR amplification for each target gene | STY0201 | STY0307 | STY0322 | STY0326 | STY2020 | STY2021 |
| S. Typhi () | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 | S. Paratyphi A () | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | S. Paratyphi B () | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | S. Paratyphi C () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Enteritidis () | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | S. Typhimurium () | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | S. Weltevreden () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Agona () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Hadar () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Heidelberg () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Poona () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Braenderup () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Albany () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Oslo () | 1/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Kibi () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Newport () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Tshiongwe () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Uppsala () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Richmond () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Bardo () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Emek () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Kissi () | 1/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Virchow () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Bordeaux () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Regent () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Java () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | S. Farsta () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Shigella dysenteriae () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Shigella flexneri () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Shigella sonnei () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Shigella boydii () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Vibrio cholerae () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Enterohemorrhagic E. coli () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Enteropathogenic E. coli () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Aeromonas hydrophila () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Yersinia enterocolitica () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | Klebsiella pneumoniae () | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
|
|