Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis

Table 9

Top 33 type II diabetes pathways selected in the random forests under uniform weight and RWM scheme.

Index	Uniform weight				RWM scheme
	Rank	PID	No. of genes	OOB (%)	Rank	PID	No. of genes	OOB (%)
1	1	79	33	0.26	1	140	22	0.11
2	2	4	18	0.29	2	113	26	0.14
3	2	140	22	0.29	2	192	1	0.14
4	4	36	116	0.31	4	106	5	0.17
5	4	124	4	0.31	5	117	26	0.17
6	4	230	121	0.31	4	144	7	0.17
7	7	5	6	0.34	4	163	8	0.17
8	7	16	49	0.34	4	164	26	0.17
9	7	32	157	0.34	4	176	3	0.17
10	7	46	36	0.34	4	197	11	0.17
11	7	51	185	0.34	4	235	3	0.17
12	7	109	91	0.34	4	244	46	0.17
13	7	141	4	0.34	4	245	11	0.17
14	7	229	133	0.34	4	250	12	0.17
15	7	267	4	0.34	4	251	1	0.17
16	16	1	2	0.37	4	254	25	0.17
17	16	6	3	0.37	4	274	16	0.17
18	16	11	15	0.37	4	275	9	0.17
19	16	13	92	0.37	19	1	2	0.20
20	16	37	235	0.37	19	4	18	0.20
21	16	40	240	0.37	19	5	6	0.20
22	16	49	188	0.37	19	11	15	0.20
23	16	59	194	0.37	19	24	14	0.20
24	16	76	3	0.37	19	42	2	0.20
25	16	144	7	0.37	19	52	122	0.20
26	16	162	2	0.37	19	69	20	0.20
27	16	173	11	0.37	19	74	1	0.20
28	16	194	13	0.37	19	78	6	0.20
29	16	201	19	0.37	19	80	5	0.20
30	16	207	3	0.37	19	85	8	0.20
31	16	209	21	0.37	19	86	39	0.20
32	16	227	13	0.37	19	98	71	0.20
33	16	228	43	0.37	19	99	13	0.20
Total			2050	11.29			578	5.86
Average			64	0.35			18	0.18