In Silico Genome Comparison and Distribution Analysis of Simple Sequences Repeats in Cassava

Table 1

Codon usage in cassava.

Codon	Amino acid	Percentage	Number of codons	Codon	Amino acid	Percentage	Number of codons
GAT	D	3,8	507.698	GAC	D	1,4	190.687
GAA	E	3,5	470.113	AGG	R	1,4	182.442
AAG	K	3,2	425.450	TTA	L	1,3	177.948
AAT	N	3,0	396.685	ATC	I	1,3	176.053
AAA	K	3,0	393.592	CTG	L	1,3	171.523
GAG	E	2,9	391.255	TGG	W	1,3	169.733
GCT	A	2,8	379.781	GGG	G	1,2	164.900
ATT	I	2,7	357.473	CTC	L	1,2	159.942
GTT	V	2,6	349.383	AGC	S	1,2	156.337
TTT	F	2,5	338.924	TCC	S	1,2	155.279
TCT	S	2,5	335.970	GCC	A	1,1	147.095
CTT	L	2,5	330.282	GGC	G	1,1	146.652
TTG	L	2,4	324.968	GTA	V	1,1	143.123
ATG	M	2,4	320.621	TAC	Y	1,1	140.126
GCA	A	2,4	316.233	TGT	C	1,0	135.360
GGA	G	2,2	292.859	GTC	V	1,0	129.696
TCA	S	2,1	285.008	CTA	L	1,0	128.518
CAA	Q	2,0	271.535	AAG	T	0,9	123.476
CCT	P	2,0	262.772	TGC	C	0,8	111.835
GGT	G	2,0	260.909	CAC	H	0,8	104.586
CCA	P	1,9	249.958	CCC	P	0,7	89.657
ACT	T	1,8	244.189	CGT	R	0,6	84.020
AGA	R	1,8	237.036	CGA	R	0,6	77.708
TAT	Y	1,8	236.102	TCG	S	0,5	66.696
GTG	V	1,7	229.620	GCG	A	0,4	57.365
TTC	F	1,7	228.875	CGG	R	0,4	55.618
CAG	Q	1,7	227.650	CGC	R	0,4	55.069
ACA	T	1,6	217.490	CCG	P	0,4	52.497
CAT	H	1,6	212.034	ACG	T	0,4	51.232
AAC	N	1,6	207.756	TGA	*	0,1	13.438
AGT	S	1,5	203.223	TAA	*	0,1	10.443
ATA	I	1,5	193.364	TAG	*	0,1	7.536