International Journal of Microbiology / 2009 / Article / Tab 2 / Research Article
The Differential Gene Expression Pattern of Mycobacterium tuberculosis in Response to Capreomycin and PA-824 versus First-Line TB Drugs Reveals Stress- and PE/PPE-Related Drug Targets Table 2 The expression values (log2 ratios) of genes more strongly induced by capreomycin and PA-824 than the other drugs.
ORF Gene Exp1 Exp2 Exp3 Exp4 Cont1 Cont2 Cont3 Cont4 Cont5 Cont6 Rv2657c —
1
.
6
1
4
1
.
8
2
5
2
.
2
0
9
1
.
2
7
8
−
0
.
3
−
0
.
8
1
−
0
.
5
4
0
.
4
2
−
0
.
2
9
−
0
.
6
7
Rv2374c hrcA
1
.
4
7
2
1
.
7
4
7
1
.
4
6
1
0
.
3
7
5
−
0
.
3
6
−
0
.
5
8
−
0
.
5
7
−
0
.
3
1
−
0
.
4
1
−
0
.
5
6
Rv0354c PPE7
0
.
8
5
5
0
.
8
8
1
0
.
7
7
7
1
.
2
3
6
−
0
.
5
1
0
−
0
.
6
3
0
−
0
.
5
8
−
0
.
3
7
Rv1364c —
1
.
3
0
9
1
.
0
1
0
.
6
8
5
1
.
0
5
−
0
.
0
3
0
.
0
8
1
0
.
0
6
9
−
0
.
4
2
−
0
.
5
2
−
0
.
3
6
Rv2304c —
0
.
8
9
3
1
.
1
7
1
.
0
5
1
1
.
1
6
0
.
1
1
5
−
0
.
2
9
−
0
.
3
1
0
.
3
5
0
.
0
1
5
−
0
.
0
1
Rv0367c —
1
.
0
1
8
1
.
1
9
8
1
.
9
3
3
1
.
4
5
2
0
.
0
5
7
−
0
.
0
2
0
.
0
9
3
0
.
6
4
7
0
.
1
0
3
−
0
.
2
9
Rv0607 —
0
.
9
7
8
0
.
3
6
2
0
.
8
2
8
0*
−
0
.
7
7
−
0
.
3
9
−
0
.
7
8
−
0
.
6
9
−
0
.
7
7
−
1
.
3
3
Rv2466c —
2
.
2
8
3
3
.
2
4
2
0
.
8
3
1
1
.
8
6
9
−
0
.
0
6
0
.
1
0
.
0
2
5
0
.
7
5
5
−
0
.
0
1
0
.
0
2
2
Rv0830 —
1
.
3
0
5
0
.
7
8
6
0
.
7
4
8
0
.
7
8
−
0
.
1
3
0
.
1
3
7
−
0
.
0
8
0
.
0
4
1
−
0
.
2
6
0* Rv2557 —
0
.
4
1
7
1
.
0
6
4
1
.
1
0
4
1
.
2
8
−
0
.
0
7
0
.
0
3
9
0
.
0
6
4
−
0
.
3
4
−
0
.
1
5
−
0
.
2
5
Rv2142c —
2
.
1
9
4
2
.
3
5
3
0
.
9
2
1
.
0
9
9
−
0
.
3
5
00*
−
0
.
1
8
−
1
.
2
4
0
.
6
6
8
00* Rv0654 —
2
.
3
1
.
3
4
5
1
.
2
7
7
0
.
9
0
8
−
0
.
1
3
−
0
.
9
5
−
0
.
5
3
0
.
7
2
6
−
0
.
0
4
−
0
.
0
8
Rv1977 —
0
.
3
9
5
0
.
4
3
4
0
.
5
3
7
0
.
6
1
−
0
.
2
8
−
0
.
6
5
−
0
.
2
3
−
0
.
3
6
−
0
.
1
−
0
.
3
2
Rv2688c —
1
.
0
3
3
1
.
6
8
6
1
.
2
8
9
2
.
1
0
3
0
.
3
2
9
−
0
.
1
5
0
.
0
6
3
0
.
7
3
0
.
0
9
3
0
.
5
4
7
Rv1285 cysD
2
.
1
0
9
1
.
6
2
8
2
.
4
6
3
0
.
7
4
6
−
0
.
2
0
.
1
5
8
−
0
.
1
5
1
.
1
8
1
−
0
.
1
3
−
0
.
1
6
Rv0047c —
1
.
3
1
1
.
7
9
6
1
.
4
4
6
1
.
4
6
1
−
0
.
0
9
−
0
.
2
9
1
.
1
2
−
0
.
5
2
−
0
.
2
9
0
.
6
3
3
Rv2878c mpt 53
0
.
6
3
9
1
.
5
6
4
0
.
4
7
3
0
.
7
3
3
−
0
.
2
7
−
0
.
2
1
−
0
.
6
8
0
.
0
1
3
−
0
.
4
−
0
.
0
1
Rv2254c —
1
.
7
9
5
2
.
0
0
8
0
.
3
2
4
0
.
3
0
5
−
0
.
2
−
0
.
2
3
−
0
.
7
6
−
0
.
6
2
−
0
.
0
7
−
0
.
3
4
Rv1986 —
2
.
4
6
7
2
.
3
5
4
1
.
1
3
1
0
.
6
6
6
0
.
2
9
5
0*
0
.
0
9
6
0
.
8
1
4
−
0
.
1
5
0* Rv2777c —
−
0
.
2
6
2
.
0
5
2
1
.
4
5
3
0
.
7
9
2
−
0
.
8
8
−
0
.
1
1
−
0
.
7
4
−
0
.
2
1
−
1
.
1
7
−
0
.
4
6
Rv2413c —
0
.
8
5
4
0
.
5
6
5
1
.
4
3
5
0
.
4
3
8
0
.
0
1
2
−
0
.
0
6
−
0
.
7
1
−
0
.
0
9
−
0
.
0
3
−
0
.
4
Rv1929c —
0
.
7
1
0
.
5
8
1
1
.
3
5
9
0
.
7
2
1
0
.
0
0
4
−
0
.
1
2
0
.
0
7
8
0
.
1
7
2
0
.
0
2
3
−
0
.
3
1
Rv3288c usfY
1
.
6
8
8
1
.
3
9
7
1
.
2
5
3
0
.
3
1
0
.
1
5
3
0
.
3
2
5
−
0
.
0
9
0
.
1
9
1
−
0
.
1
2
−
0
.
0
7
Rv2535c PEPQ
0
.
6
4
6
0
.
9
5
6
−
0
.
0
7
0
.
4
5
1
−
0
.
5
3
−
0
.
2
−
0
.
1
6
−
0
.
6
1
−
0
.
7
7
−
0
.
6
3
Rv2634c PE_PGRS46
0
.
6
7
3
0
.
4
9
4
0
.
4
7
3
0
.
7
6
5
−
0
.
0
9
−
0
.
3
9
−
0
.
0
3
0
.
0
2
8
−
0
.
0
3
−
0
.
5
6
Rv1646 PE17
1
.
9
4
7
2
.
9
8
7
0
.
4
5
1
1
.
5
2
8
−
0
.
2
4
0*
−
0
.
3
2
1
.
1
1
3
−
0
.
4
8
0
.
1
2
4
Rv2749 —
0
.
6
6
9
0
.
6
1
1
0
.
5
9
7
1
.
0
6
9
0
.
1
3
8
0
.
1
1
0
.
0
8
3
0
.
0
1
4
0
.
0
6
5
0
.
1
1
8
Rv3452 cut 4
0
.
7
5
3
0
.
9
3
2
1
.
3
6
0
.
6
7
3
0
.
2
4
4
0
.
2
5
9
0
.
0
9
7
0
.
1
7
6
0
.
1
5
6
0
.
2
7
1
Rv0192 —
0
.
7
4
1
.
6
7
4
1
.
2
2
7
0
.
6
9
4
0
.
4
2
4
0
.
1
5
8
−
0
.
0
4
0
.
0
4
4
0
.
3
6
5
0
.
0
7
7
Rv1687c —
0
.
8
9
4
0
.
4
4
6
1
.
5
4
7
0
.
7
2
6
0
.
1
9
0
.
1
7
7
0
.
0
5
1
−
0
.
3
3
−
0
.
0
2
−
0
.
3
3
Rv1087 PE_PGRS21
0
.
5
5
3
0
.
3
6
1
0
.
7
9
7
0
.
4
7
4
−
0
.
1
0
.
0
7
5
−
0
.
1
4
−
0
.
2
4
0
.
0
3
9
−
0
.
2
8
Rv1566c —
1
.
7
3
2
1
.
2
7
4
1
.
4
5
1
1
.
0
9
7
0
.
5
1
3
−
0
.
1
6
0
.
8
3
5
−
0
.
6
1
0
.
6
8
5
0
.
3
5
2
Rv2504c scoA
0
.
6
7
5
0
.
9
1
5
1
.
9
7
8
0
.
3
7
6
−
0
.
2
8
0
.
0
9
5
−
0
.
6
6
0
.
3
9
6
−
0
.
4
9
−
0
.
3
8
Rv0834c PE_PGRS14
0
.
6
9
1
.
2
3
6
0
.
8
2
7
1
.
3
7
2
0
.
1
4
7
0
.
4
1
7
0
.
3
8
2
0
.
4
5
5
0
.
1
4
1
0
.
0
7
3
Rv0274 —
0
.
1
8
9
0
.
4
2
4
1
.
1
2
3
1
.
7
9
9
−
0
.
1
9
0
.
0
0
2
−
0
.
4
9
−
1
.
4
7
−
0
.
1
1
−
0
.
4
1
Rv2162c PE_PGRS38
0
.
6
3
1
1
.
0
9
3
0
.
4
3
6
0
.
4
7
8
−
0
.
1
−
0
.
1
4
−
0
.
3
4
0
.
1
9
1
−
0
.
0
4
−
0
.
0
4
Rv0365c —
0
.
1
3
4
0
.
1
7
4
0
.
8
0
8
0
.
2
4
3
−
0
.
4
3
−
0
.
1
5
−
0
.
6
4
−
0
.
5
−
0
.
2
4
−
0
.
5
7
Rv3550 ECHA20
1
.
0
8
2
−
0
.
2
2
1
.
7
1
.
6
3
3
−
0
.
3
3
0
.
1
2
1
−
0
.
5
−
0
.
0
9
−
0
.
3
5
0* Rv3367 PE_PGRS51
0
.
0
6
5
0
.
2
2
3
0
.
8
7
4
0
.
5
7
−
0
.
5
7
0
.
1
9
7
−
0
.
4
9
−
0
.
5
3
−
0
.
6
3
−
0
.
7
1
Rv2802c —
−
0
.
1
5
0
.
5
4
2
0
.
3
1
9
0
.
0
1
6
−
0
.
3
1
−
0
.
5
−
0
.
9
5
−
0
.
4
2
−
0
.
6
6
−
0
.
6
8
Rv2291 sseB
0
.
5
2
8
0
.
3
1
1
.
6
4
6
0
.
8
6
7
−
0
.
1
8
−
0
.
0
9
−
0
.
3
5
−
0
.
0
1
−
0
.
0
4
0
.
0
7
1
Rv3189 —
2
.
1
1
1
1
.
6
8
1
3
.
1
2
2
1
.
6
0
8
−
0
.
4
3
0
.
2
8
7
−
0
.
2
2
1
.
9
4
5
1
.
3
4
9
0*
Exp1-2: capreomycin. Exp3-4: PA-824. Cont1: INH. Cont2: rifampin. Cont3: ethambutol. Cont4: streptomycin. Cont5: ethionamide. Cont6: Ampicillin. *The default value in the case of missing values.
