Simultaneous Screening of 24 Target Genes of Foodborne Pathogens in 35 Foodborne Outbreaks Using Multiplex Real-Time SYBR Green PCR Analysis
Table 2
659 bacterial strains assayed by real-time PCR.
Bacterial
Presence of
Number of strain
PCR positive result with each primer se
strain
PCR target
Control
eae
JM
JM
LT
STa
agg
EAS
daa
ipa
inv
ya
PS
PA
A
ceu
AH
omp
tdh
trh
GAP
Lm-
Fe
ces
SG
yers
yersH2
gen
strain
S1
S2
R
T
D
H
A
dA
G
G
B
E
H1
W
hly
mB
Escherichia coli—STEC
eae, stx1, stx2
SE02007
20
20
20
20
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
eae, stx1
15
15
15
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
eae, stx2
7
7
−
7
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
stx1, stx2
2
−
2
2
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
stx2
1
−
−
1
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
E. coli—EPEC
eae
EC273
3
3
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
eae, astA
5
5
−
−
−
−
−
5
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
E. coli—ETEC
LT
3
−
−
−
3
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
ST
9
−
−
−
−
8
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
astA, LT
1
−
−
−
1
−
−
1
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
astA, LT,ST
EC351
2
−
−
−
2
2
−
2
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
astA, ST
7
−
−
−
−
3
−
7
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
E. coli—ETEC
astA, aggR
EC413
8
−
−
−
−
−
8
8
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
aggR
26
−
−
−
−
−
26
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
astA
30
−
−
−
−
−
−
30
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
E. coli—DAEC
daaD, astA
2
−
−
−
−
−
−
2
2
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
daaD
KI221
2
−
−
−
−
−
−
−
2
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
E. coli—EIEC
ipaH
EA3
5
−
−
−
−
−
−
−
−
5
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Shigella spp.
ipaH
I00031
38
−
−
−
−
−
−
−
−
38
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Salmonella spp.
invA
Sal2339
31
−
−
−
−
−
−
−
−
−
31
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Yersinia enterocolitica
yadA
Pa241
28
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
28
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Y. pseudotuberculosis
yadA
SP988
27
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
27
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Plesiomonas shigelloides
gyrB
NIID12
4
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
4
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Providencia alcalifaciens
gyrB
NIID12
8
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
8
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Campylobacter jejuni
specific gene
SC01
43
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
43
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Campylobacter coli
ceuE
SC009
13
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
13
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Aeromonas hydrophila
ahh1
AT CC7966
45
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
45
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Vibrio cholerae
OmpW
AT CC14035
17
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
17
−
−
−
−
−
−
−
−
−
Vibrio parahaemolyticus
tdh
SVP02
48
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
48
−
−
−
−
−
−
−
−
tdh, trh
2
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
2
2
−
−
−
−
−
−
−
trh
NIIDk
35
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
35
−
−
−
−
−
−
−
Clostridium perfringens
cpe
H
41
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
41
−
−
−
−
−
−
Listeria monocytogenes
hly
Scott A
46
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
46
−
−
−
−
−
Staphylococcus aureus
FemB
SS05
35
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
35
−
−
−
−
Emetic Bacillus cereus
ces, nheB
No.12
24
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
24
24
−
−
Enterotoxgenic B. cereus
nheB
No.
25
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
25
−
−
Yersinia ruckeri
16S rRNA
JCM15110
1
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
−
1
1
resence of PCR target gene was determined by another conventional PCR primer sets before this test. train kindly donated by J. Yatsuyanagi, Akita Prefectural Institute of Public Health (Akita, Japan) . Ito, National Institute of Infectious Disease (Tokyo, Japan)., . Sugiyama, Shizuoka Prefectural Institute of Public Health (Shizuoka, Japan), . Arakawa, National Institute of Infectious Disease (Tokyo, Japan), . Kaneko, Tokyo Metropolitan Institute of Public Health (Tokyo, Japan), . Ueda, Kagawa Nutrition University (Saitama, Japan) umber positive result; − negative result. See Table 2 for primer sets.