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Gene | Primer sense | Primer antisense | Size | T (°C) | Cycles |
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PTEN | | | | | |
-Methylation | | | | | |
-U | 5′-GTGTTGGTGGAGGTAGTTGTTT-3′ | 5′-ACCACTTAACTCTAAACCACAACCA-3′ | 162 bp | 62°C | 38 |
-M | 5′-TTCGTTCGTCGTCGTCGTATTT-3′ | 5′-GCCGCTTAACTCTAAACCGCAACCG-3′ | 206 bp | 62°C | 38 |
MGMT | | | | | |
-Methylation | | | | | |
-U | 5′-GAGAGATTTGTGTTTTGGGTTTAGTG-3′ | 5′-CCTTCAACCAATACAAACCAAACAA-3′ | 236 bp | 62°C | 38 |
-M | 5′-ATTCGCGTTTCGGGTTTAGC-3′ | 5′-CGACCGATACAAACCGAACG-3′ | 227 bp | 62°C | 38 |
-Expression | 5′-GGGGAAGCTGGAGCTGTCTG-3′ | 5′-TCTCCGAATTTCACAACCTTCA-3′ | 282 bp | 62°C | 32 |
RASSF1A | | | | | |
-Methylation | | | | | |
-U | 5′-GAGAGTGTGTTTAGTTTTGTTTTTG-3′ | 5′-CCCATACTTCACTAACTTTAAACAC-3′ | 183 bp | 56°C | 38 |
-M | 5′-GAGAGCGCGTTTAGTTTCGTTTTC-3′ | 5′-ACCCGTACTTCGCTAACTTTAAACG-3′ | 184 bp | 62°C | 35 |
-Expression | 5′-TCTGTGGCGACTTCATCTGG-3′ | 5′-TTGGGCAGGTAAAAGGAAGT-3′ | 424 bp | 60°C | 35 |
p14ARF | | | | | |
-Methylation | | | | | |
-U | 5′-TTTTTGGTGTTAAAGGGTGGTGTAGT-3′ | 5′-CACAAAAACCCTCACTCACAACAA-3′ | 132 bp | 62°C | 35 |
-M | 5′-GTGTTAAAGGGCGGCGTAGC-3′ | 5′-AAAACCCTCACTCGCGACGA-3′ | 122 bp | 58°C | 35 |
-Expression | 5′-CCGCCGCGAGTGAGGGTTTT-3′ | 5′-GCACGGGTCGGGTGAGAGTGG-3′ | 242 bp | 65°C | 32 |
P16INK4A | | | | | |
-Methylation | | | | | |
-U | 5′-TTATTAGAGGGTGGGGTGGATTGT-3′ | 5′-CAACCCCAAACCACAACCATAA-3′ | 150 bp | 62°C | 35 |
-M | 5′-TTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC-3′ | 5′-GACCCCGAACCGCGACCGTAA-3′ | 151 bp | 65°C | 35 |
-Expression | 5′-CGCGCGTACAGATCTCTCGAA-3′ | 5′-CACGGGTCGGGTGAGAGTGG-3′ | 161 bp | 68°C | 35 |
TFR | | | | | |
-Expression | 5′-GTCAATGTCCCAAACGTCACCAGA-3′ | 5′-ATTTCGGGAATGCTGAGAAAACAGACAGA-3′ | 298 bp | 60°C | 30 |
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