Journal of Nucleic Acids / 2010 / Article / Tab 2 / Research Article
A Comparative Study of the Impact of G-Stack Probes on Various Affymetrix GeneChips of Mammalia Table 2 In G-stack probes, the effect of the position of G-stack on the average correlation coefficient value, (
𝑛
is the number of affected probes and
𝑟
is the average correlation between these
𝑛
probes).
Position of G-stack 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 HG_U133A
𝑛
871 449 548 583 664 546 599 604 531 471 458
𝑟
0.51 0.32 0.36 0.36 0.34 0.34 0.36 0.40 0.44 0.42 0.44 HG_U133_Plus_2
𝑛
1758 925 1072 1170 1234 1087 1214 1093 1049 923 903
𝑟
0.29 0.15 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18 0.23 0.26 0.22 0.27 HG_U95A
𝑛
398 297 255 271 315 308 367 448 417 47 47
𝑟
0.40 0.28 0.30 0.31 0.31 0.29 0.33 0.35 0.40 0.42 0.39 HG_U95B
𝑛
314 267 237 261 282 293 326 375 339 19 23
𝑟
0.66 0.51 0.54 0.55 0.56 0.57 0.58 0.64 0.67 0.63 0.68 HG_U95D
𝑛
293 278 243 272 284 311 381 471 478 56 73
𝑟
0.60 0.36 0.37 0.39 0.38 0.41 0.42 0.44 0.50 0.41 0.47 HG_U95E
𝑛
346 323 317 285 350 363 398 532 559 73 57
𝑟
0.54 0.29 0.32 0.35 0.34 0.33 0.41 0.41 0.46 0.39 0.47 MOE430A
𝑛
15 19 16 14 15 22 36 12 12 13 0
𝑟
0.51 0.26 0.32 0.30 0.15 0.28 0.27 0.33 0.33 0.40 — MOE430B
𝑛
4 13 14 13 16 13 22 4 9 8 0
𝑟
0.92 0.42 0.39 0.31 0.54 0.50 0.49 0.60 0.62 0.49 — MG_U74Av2
𝑛
357 315 259 292 292 349 349 428 431 39 46
𝑟
0.29 0.15 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18 0.23 0.26 0.22 0.27 MG_U74Bv2
𝑛
326 286 246 257 271 298 369 436 496 17 14
𝑟
0.54 0.33 0.33 0.35 0.39 0.40 0.42 0.46 0.54 0.61 0.63 RG_U34A
𝑛
194 148 145 126 166 160 183 176 144 94 85
𝑟
0.33 0.23 0.21 0.24 0.28 0.29 0.32 0.32 0.41 0.38 0.36 Position of G-stack 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 HG_U133A
𝑛
491 424 523 580 592 604 650 615 737 611 689
𝑟
0.45 0.47 0.50 0.50 0.47 0.43 0.41 0.38 0.34 0.29 0.26 HG_U133_Plus_2
𝑛
949 872 1009 1140 1098 1193 1271 1185 1310 1192 1308
𝑟
0.29 0.32 0.39 0.42 0.39 0.41 0.39 0.38 0.32 0.27 0.24 HG_U95A
𝑛
33 37 631 417 384 388 359 433 467 399 570
𝑟
0.42 0.49 0.54 0.55 0.55 0.57 0.55 0.57 0.55 0.54 0.54 HG_U95B
𝑛
15 18 555 336 350 342 340 383 390 365 463
𝑟
0.77 0.84 0.81 0.79 0.81 0.81 0.81 0.80 0.77 0.78 0.75 HG_U95D
𝑛
72 74 832 364 357 337 330 391 426 334 500
𝑟
0.43 0.54 0.64 0.64 0.66 0.75 0.69 0.70 0.74 0.71 0.75 HG_U95E
𝑛
61 73 833 412 378 371 354 420 434 370 530
𝑟
0.39 0.47 0.62 0.61 0.66 0.64 0.67 0.68 0.67 0.69 0.65 MOE430A
𝑛
2 25 16 15 27 20 19 18 8 14 7
𝑟
0.37 0.33 0.40 0.42 0.37 0.36 0.26 0.29 0.31 0.10 0.07 MOE430B
𝑛
0 7 10 19 23 12 10 10 6 6 6
𝑟
— 0.55 0.72 0.66 0.62 0.68 0.70 0.45 0.28 0.32 0.48 MG_U74Av2
𝑛
42 51 682 434 388 373 362 457 471 357 545
𝑟
0.29 0.32 0.39 0.42 0.39 0.41 0.39 0.38 0.32 0.27 0.24 MG_U74Bv2
𝑛
6 11 790 404 392 336 326 443 419 357 465
𝑟
0.78 0.54 0.68 0.67 0.67 0.69 0.62 0.62 0.57 0.56 0.55 RG_U34A
𝑛
82 76 182 185 214 200 204 215 213 202 268
𝑟
0.47 0.43 0.46 0.49 0.46 0.42 0.42 0.45 0.34 0.26 0.21
