Association of LEI0258 Marker Alleles and Susceptibility to Virulent Newcastle Disease Virus Infection in Kuroiler, Sasso, and Local Tanzanian Chicken Embryos

Table 1

Polymorphisms identified from LEI0258 alleles.

Consensus (bp)	sample ID	Susceptibility	Upstream				R13	R12	Downstream
			−32–31	−30	−12	−2			3	21–28	31	37	44
			TT/Δ	G/A	G/A	C/T			C/T	ATTTTGAG/Δ	Δ/A	A/T	T/A
194	K39	H	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
194	K7	L	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
194	K60	L	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
194	K84	H	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
194	K121	H	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
205	L48	H	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S6	H	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S61	L	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S65	H	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S92	H	—	—	—	—	1	4	T	Δ	—	—	—
205	L35	L	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S52	L	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	S68	H	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
205	L19	H	—	—	—	—	1	4	—	—	—	—	—
194	K27	H	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
217	K75	H	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	K129	L	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	L6	H	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	L12	L	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	L23	H	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	L59	L	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
217	K112	H	—	—	—	—	1	5	—	—	—	—	—
241	S24	H	—	—	—	—	1	7	—	Δ	—	—	—
241	S84	H	—	—	—	—	1	7	—	Δ	—	—	—
249	K34	L	—	—	—	—	1	7	—	—	—	—	A
249	S7	L	—	—	—	—	1	7	—	—	—	—	A
249	S46	L	—	—	—	—	1	7	—	—	—	—	A
249	S88	L	—	—	—	—	1	7	—	—	—	—	A
249	K56	L	—	—	—	—	1	7	—	—	—	—	A
205	S31	H	—	—	—	—	1	4	T	Δ	—	—	—
261	S34	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	—
205	S47	L	—	—	—	—	1	4	—	Δ	—	—	—
261	L4	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	L10	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	L24	L	—	—	—	—	1	8	—	Δ	—	—	A
261	L16	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	S69	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	K48	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	L5	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	L103	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	S76	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	—
217	K16	H	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
261	L41	L	—	—	—	—	1	8	—	—	A		A
261	LT2	H	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	K57	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
261	L95	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
205	S40	L	—	—	—	T	1	4	T	Δ	—	—
273	K59	H	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	A
217	K22	L	—	—	—	—	1	5	—	Δ	—	—	—
194	K42	H	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
273	K103	L	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	A
261	K110	L	—	—	—	—	1	8	—	—	—	—	A
295	L63	L	Δ	—	—	—	1	11	—	—	—	—	—
307	K89	H	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
307	L51	H	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
307	L75	H	—	—	—	—	1	12	—	—	—	—	—
307	L110	H	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
194	K1	L	—	—	A	—	1	3	—	Δ	A	—	—
307	K80	L	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
307	L52	H	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
309	L68	H	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
309	K24	L	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
309	K50	L	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
309	K119	H	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
309	K126	H	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
309	K102	L	—	—	—	—	1	12	—	—	—	T	—
273	K14	L	—	—	—	T	1	9	—	—	—	—	A
317	K55	L	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	—
273	L3	H	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	—
217	L39	L	—	—	—	T	1	5	—	Δ	—	—	—
452	S59	H	—	—	—	—	4	5	—	—	—	—	—
307	L104	H	Δ	A	—	—	1	12	—	—	—	—	—
205	LS4	H	—	—	—	—	1	4	T	Δ	—	—	—
312	L84	H	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	—
312	L38	L	—	—	—	—	1	9	—	—	—	—	—

Δ: defines deletion compared with the reference sequence. –: consistent with the reference sequence.