The Creation of Cybrids Harboring Mitochondrial Haplogroups in the Taiwanese Population of Ethnic Chinese Background: An Extensive In Vitro Tool for the Study of Mitochondrial Genomic Variations

Table 3

Nonsynonymous substitution of 16 cybrid cell lines.

Gene

Substitution

AA change

B4a

B4b

B4c

B4d

B5

R

F1a

F2

D4a

D4e

D5a

D5b

E

M8

C4

N9a

143B

G4491A

V→I

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

—

—

—

—

G4596A

V→I

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

—

—

ND2

C5178A

L→M

—

—

—

—

—

—

—

—

A

A

A

A

—

—

—

—

—

A5301G

I→V

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G

G

—

—

—

—

—

A5466G

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

G

—

—

—

—

—

—

—

—

T6253C

M→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

—

COI

G6267A

A→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

T7266G

S→A

G

G

G

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

COII

G7598A

A→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

—

—

—

—

A7934G

I→V

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G

—

—

—

—

ATPase8

C8414T

L→I

—

—

—

—

—

—

—

—

T

T

—

—

—

—

—

—

—

G8584A

A→T

—

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

—

—

A

A

—

—

C8684T

T→I

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

T

—

—

—

A8701G

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

G

G

G

G

G

G

G

—

—

ATPase6

A8860G

T→A

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G9053A

S→N

—

—

A

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C9099T

I→M

—

—

—

—

—

—

—

T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

T9128C

I→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

—

T10084C

I→T

—

C

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

ND3

A10398G

T→A

—

—

—

—

G

—

—

—

G

G

G

G

G

G

G

—

—

C10400T

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

T

T

T

T

T

T

T

—

—

ND4L

T10609C

M→T

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

11138T

(Insertion)

T

T

ND4

G11969A

A→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

—

—

A12026G

I→V

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G

—

—

—

—

—

—

T12338C

M→T

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A12358G

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G

—

G12406A

V→I

—

—

—

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G13135A

A→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

A

G13708A

A→T

—

—

—

A

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

ND5

G13759A

A→T

—

—

—

—

—

—

A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A13834G

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

G

—

—

—

—

—

—

—

—

G13928C

S→T

—

—

—

—

—

C

C

C

—

—

—

—

—

—

—

—

—

A13942G

T→A

—

—

—

G

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

13944C

(Insertion)

C

A13966G

T→A

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

G

ND6

T14318C

N→S

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

T14577C

I→V

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

C14751T

T→I

T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C14766T

I→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

T

—

—

—

—

—

Cytb

T14979C

I→T

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

—

—

—

—

—

—

T15204C

I→T

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

C

—

—

A15326G

T→A

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

G

A15758G

I→V

—

G

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

—

Nucleotide change, corresponding amino acid change, and the reference mitochondrial sequence were based on MITOMAP (http://www.mitomap.org/MITOMAP).
AA: amino acid; ND2: NADH dehydrogenase subunit 2; COI: cytochrome c oxidase subunit I; COII: cytochrome c oxidase subunit II; ATPase8: ATP synthase F0 subunit 8; ATPase6: ATP synthase F0 subunit 6; ND3: NADH dehydrogenase subunit 3; ND4L: NADH dehydrogenase subunit 4L; ND4: NADH dehydrogenase subunit 4; ND5: NADH dehydrogenase subunit 5; ND6: NADH dehydrogenase subunit 6; Cytb: cytochrome b.