Tuberculosis Research and Treatment

Research Article

Prevalence of Tuberculosis, Drug Susceptibility Testing, and Genotyping of Mycobacterial Isolates from Pulmonary Tuberculosis Patients in Dessie, Ethiopia

Table 4

Spoligotype pattern of M. tuberculosis isolates from pulmonary tuberculosis patients of Dessie and its surroundings, Ethiopia.
NumberSpoligotype patternOctal codeSITFamilyFrequency (%)Linage
0■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777777477760771451 (H37Rv)   
1■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777777777760771 53T120 (25.6)4
2■■■■■■■■■□□□□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777000377760771149T3-ETH10 (12.8)4
3■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■777777777760731 52T27 (8.9)4
4■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777737777760771 37T36 (7.69)4
5■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■□■□□□□■■■■■■■777777775720771 121H3 3 (3.8)4
6■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■777777777720771 50H334
7■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■777777743760771 61LAM1034
8■■■■■■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777756777760771 302X12 (2.56)4
9■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■737777777720771 871H324
10■■■■■■■■■■■■□■■■■■□■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■777737377720771Unknown H324
11■■□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■617777777760771Orphan T11 (1.28)4
12□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■077777777760771 751T14
13□□□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■0077777077607711889 T114
14□■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□□■■■■■□□377737777660760Orphan T114
15■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■717777777760771 358T114
16■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□■■■■777737777760671 565T314
17■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■□■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■776737737760771OrphanT114
18■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■777777607760771 42LAM914
19■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■□■7777776077607611074LAM914
20■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■7777774077607711800 LAM914
21■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■777777377760731 1077Ambiguous: T4 14
22■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■777775777760731 584T214
23■■■■■■■■□■■□■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■776677677760771OrphanT114
24■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■□■■■■777777777720671 168H314
25■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■□□■■■■777777777720471 747H314
26■■□■■■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■□■■■677756777420731OrphanH314
27■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□□■■■■■■■777777777420771 777H314
28■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□■■777777777760711 78T14
29■■■■□■■■■□□□□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■757000377760771OrphanT314
30□□■■■■■■■□□□□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■177000377760771OrphanT314
31■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■□□■■■■■703777740003171 25CAS1-Delhi21 (63.6)3
32■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□703777740000000 1264CAS1-Delhi3 (9.09)3
33■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■□□□■■■■■703777740002171 1787CAS1-Delhi1 (3.03)3
34■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■□■■■■■703777740003571 289CAS1-Delhi13
35■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■703777740000771 357CAS1-Delhi13
36■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■703777740003771 26CAS1-Delhi13
37■■■□□□□■■□■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■703377400001771 21CAS1-Kili13
38■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□777777470000000Orphan 13
39■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■7777377700007712306  13
40■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■□□■■■■■■■■■■■■■■703777747177771Orphan 13
41■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■777777777763771 54Manu213
42■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□■■■■■□■■■■■■■■700000007175771 343 5 (71.4)7
43■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□■■■■■■■■■■■■■■700000007177771 910 1 (14.28)7
44■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■■■■■■■■700000004177771 1729 17
 Total   118