Research Article
Rapid Identification of Polyhydroxyalkanoate Accumulating Members of Bacillales Using Internal Primers for phaC Gene of Bacillus megaterium
Table 3
Optimization of PCR condition for amplification of internal region of
phaC gene using primer set described in Figure
1.
| | Primer (μM) | Annealing temperature (°C) | Bacterial species | | B. megaterium | B. flexus | B. endophyticus | Bacillus sp. | P. yeii | P. aeruginosa | | (MTCC428) | (NAMR4.1) | (TMR1.22) | (NAMNR4.4) | (TMR3.1) | (TMR2.13) | | PHA + | PHA + | PHA + | PHA − | PHA + | PHA − | | 0.9 Kb | MB | 0.9 Kb | MB | 0.9 Kb | MB | 0.9 Kb | MB | 0.9 Kb | MB | 0.9 Kb | MB |
| | 1 | 51 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 55 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 60 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 64 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| | 2.5 | 51 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 55 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 60 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | | 64 | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| | 5 | 51 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 55 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 60 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 64 | + | * | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| | 10 | 51 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 55 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 60 | + | * | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | | 64 | + | * | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
|
|
PHA +: polyhydroxyalkanoate accumulating bacteria; PHA −: bacteria not accumulating polyhydroxyalkanoate; *: double band; MB: multiple band; +: positive; −: absent.
|
