Comparative Genomics of Ten Solanaceous Plastomes

Table 2

The lengths of introns and exons for the split genes of ten solanaceous species.

Gene (region)	Exon/intron	ABE	CAN	DST	NSY	NTA	NTO	NUN	SBU	SLY	STU
trnK-UUU (LSC)	Exon I	37	37	37	37	37	37	37	37	37	37
	Intron I	2519	2500	2506	2526	2526	2526	2521	2501	2514	2512
	Exon II	36	35	35	35	35	35	35	35	35	35
rps16 (LSC)	Exon I	40	40	40	40	40	40	40	40	40	40
	Intron I	822	865	866	860	860	860	859	855	864	855
	Exon II	227	227	227	218	218	218	218	227	227	227
trnG-UCC (LSC)	Exon I	23	23	23	23	23	23	23	23	23	23
	Intron I	692	692	694	692	692	690	691	701	695	692
	Exon II	48	48	48	48	48	48	48	37	48	48
atpF (LSC)	Exon I	145	145	145	145	145	145	145	144	144	145
	Intron I	715	693	700	695	695	692	692	693	686	693
	Exon II	410	410	410	410	410	410	410	411	411	410
rpoC1 (LSC)	Exon I	432	453	453	453	453	432	453	453	453	453
	Intron I	737	742	737	737	737	709	733	737	737	737
	Exon II	1614	1614	1614	1614	1614	1614	1623	1614	1614	1614
ycf3 (LSC)	Exon I	124	124	124	124	124	124	124	124	124	124
	Intron I	739	742	740	739	738	731	735	730	729	727
	Exon II	230	230	230	230	230	230	230	230	230	230
	Intron II	763	744	753	783	783	779	781	750	750	750
	Exon III	153	153	159	153	153	153	153	153	153	153
trnL-UAA (LSC)	Exon I	35	35	35	35	35	35	35	37	35	35
	Intron I	497	426	501	503	503	497	498	502	497	497
	Exon II	50	50	50	50	50	50	50	50	50	50
trnV-UAC (LSC)	Exon I	38	38	38	38	38	38	38	38	38	38
	Intron I	572	575	569	571	571	572	573	569	571	571
	Exon II	35	35	37	35	35	35	35	37	35	35
rps12^*	Exon I	114	114	114	114	114	114	114	114	114	114
	Intron I	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—
	Exon II	232	232	232	232	232	232	232	232	232	232
	Intron II	535	536	536	536	536	536	536	536	536	536
	Exon III	26	26	26	26	26	26	26	26	26	26
clpP (LSC)	Exon I	71	71	71	71	71	71	71	71	71	71
	Intron I	799	811	792	807	807	789	789	789	798	789
	Exon II	292	292	292	292	292	292	292	292	292	292
	Intron II	622	626	624	637	637	634	631	625	617	620
	Exon III	228	228	234	228	228	228	228	234	258	234
petB (LSC)	Exon I	6	6	6	6	6	6	6	6	6	6
	Intron I	759	755	746	753	753	753	753	747	747	747
	Exon II	642	642	642	642	642	642	642	642	642	642
petD (LSC)	Exon I	8	8	9	8	8	8	8	6	8	8
	Intron I	742	742	748	742	742	742	742	739	738	739
	Exon II	475	475	474	475	475	475	475	477	475	475
rpl16 (LSC)	Exon I	9	9	9	9	9	9	9	9	9	9
	Intron I	1019	1026	1025	1020	1020	1021	1020	1014	1018	1014
	Exon II	396	396	396	396	396	396	396	396	396	396
rpl2 (IR)	Exon I	391	391	393	391	391	391	391	390	391	391
	Intron I	664	665	669	666	666	666	666	666	666	666
	Exon II	434	434	429	434	434	434	434	435	434	434
ndhB (IR)	Exon I	777	777	777	777	777	777	777	777	777	777
	Intron I	679	679	679	679	679	679	679	679	679	679
	Exon II	756	756	756	756	756	756	756	756	756	756
trnI-GAU (IR)	Exon I	37	37	42	37	37	37	37	42	37	37
	Intron I	717	722	717	707	707	716	716	717	722	722
	Exon II	34	35	35	35	35	35	35	35	35	35
trnA-UGC (IR)	Exon I	38	38	38	38	38	38	38	38	38	38
	Intron I	681	811	811	709	709	709	709	811	811	811
	Exon II	35	35	35	35	35	35	35	35	35	35
ndhA (SSC)	Exon I	553	553	552	553	553	553	553	552	553	553
	Intron I	1150	1157	1154	1148	1148	1149	1148	1158	1133	1158
	Exon II	539	539	537	539	539	539	539	540	539	539

rps12 gene is dividing gene. The 3′-rps12 locates on the IR-region, while the 5′-rps12 locates on the LSC region.
ABE: Atropa belladonna, CAN: Capsicum annuum, DST: Datura stramonium, NSY: Nicotiana sylvestris, NTA: Nicotiana tabacum, NTO: Nicotiana tomentosiformis, NUN: Nicotiana undulata, SBU: Solanum bulbocastanum, SLY: Solanum lycopersicum, and STU: Solanum tuberosum.