Development of the Schedule for Multiple Parallel “Difficult” Peptide Synthesis on Pins

Table 2

Peptides synthesized by the modification (1) of the standard parallel solid-phase peptide synthesis schedule on pins.

Peptide number	Peptide sequence	HCV protein source of octapeptide fragment	Calculated molecular mass of peptide, 𝐷𝑎	Masses of molecular ions in MALDI-TOF mass spectra, 𝐷𝑎
1	Biotin-𝑆𝐺S GPGCVPCVR-(KP)	E1	1551.9	1551.8
2	Biotin-SGSGGCVPCVRE-(KP)	E1	1583.9	1583.8
3	Biotin-SGSGYVGDLCGS-(KP)	E1	1534.8	1556.3 (+Na^+)
4	Biotin-SGSGVGDLCGSV-(KP)	E1	1470.7	1492.7 (+Na^+)
5	Biotin-SGSGGDLCGSVF-(KP)	E1	1518.8	1540.7 (+Na^+)
6	Biotin-SGSGDLCGSVFL-(KP)	E1	1574.9	1596.8 (+Na^+)
7	Biotin-SGSGQLFTFSPR-(KP)	E1	1717.0	1716.9
8	Biotin-SGSGQDCNCSIY-(KP)	E1	1666.9	1688.7 (+Na^+)
9	Biotin-SGSGCNCSIYPG-(KP)	E1	1577.8	1599.6 (+Na^+)
10	Biotin-𝑆𝐺SGNCSIYPGH-(KP)	E1	1611.9	1611.3; 1633.3 (+Na^+)
11	Biotin-SGSGAWDMMMNW-(KP)	E1	1806.2	1827.7 (+Na^+)
12	Biotin-SGSGWDMMMNWS-(KP)	E1	1822.2	1843.7 (+Na^+)
13	Biotin-SGSGDMMMNWSP-(KP)	E1	1733.1	1770.7 (+Na^+; +O); 1754.7 (+Na^+); 1786.6 (+Na^+; +2O)
14	Biotin-SGSGMMMNWSPT-KPP	E1	1719.1	1756.7 (+Na^+; +O); 1772.7 (+Na^+; +2O); 1740.7 (+Na^+); 1788.7 (+Na^+; +3O)
15	Biotin-SGSGAGAHWGVL-(KP)	E1	1531.8	1553.8 (+Na^+); 1531.8
16	Biotin-SGSGGAHWGVLA-(KP)	E1	1531.8	1553.8 (+Na^+); 1531.8
17	Biotin-SGSGAHWGVLAG-(KP)	E1	1531.8	1553.8 (+Na^+); 1531.8
18	Biotin-SGSGSMVGNWAK-(KP)	E1	1613.9	1635.8 (+Na^+); 1613.8
19	Biotin-SGSGMVGNWAKV-(KP)	E1	1625.9	1625.8; 1647.8 (+Na^+); 1641.8 (+O); 1663.8 (+Na^+; +O)
20	Biotin-SGSGVGNWAKVL-(KP)	E1	1607.9	1629.9 (+Na^+); 1607.9
21	Biotin-SGSGINTNGSWH-(KP)	E2	1649.8	1671.7 (+Na^+); 1649.7
22	Biotin-SGSGNTNGSWHI-(KP)	E2	1649.8	1649.8; 1671.8 (+Na^+)
23	Biotin-SGSGTNGSWHIN-(KP)	E2	1649.8	1649.8; 1671.8 (+Na^+)
24	Biotin-SGSGNGSWHINR-(KP)	E2	1704.9	1704.8
25	Biotin-SGSGALNCNDSL-(KP)	E2	1570.8	1592.7 (+Na^+)
26	Biotin-SGSGPVVVGTTD-(KP)	E2	1508.8	1530.8 (+Na^+)
27	Biotin-SGSGVVVGTTDR-(KP)	E2	1567.8	1567.8
28	Biotin-SGSGWGENETDV-(KP)	E2	1670.8	1692.8 (+Na^+)
29	Biotin-SGSGGNWFGCTW-(KP)	E2	1691.9	1709.8 (+H2O)
30	Biotin-SGSGNWFGCTWM-(KP)	E2	1766.1	1787.8 (+Na^+)
31	Biotin-SGSGFGCTWMNS-(KP)	E2	1666.9	1688.7 (+Na^+)
32	Biotin-SGSGKCGSGPWL-(KP)	E2	1535.8	1557.7 (+Na^+); 1535.7
33	Biotin-SGSGTGFTKTCG-(KP)	E2	1568.9	1568.8
34	Biotin-SGSGCGSGPWLT-(KP)	E2	1541.8	1563.7 (+Na^+)
35	Biotin-SGSGGSGPWLTP-(KP)	E2	1535.8	1557.7 (+Na^+)
36	Biotin-SGSGSGPWLTPR-(KP)	E2	1634.9	1634.8
37	Biotin-SGSGGPWLTPRC-(KP)	E2	1651.0	1650.9
38	Biotin-SGSGHYPCTVNF-(KP)	E2	1702.0	1701.8; 1723.8 (+Na^+)
39	Biotin-SGSGRMYVGGVE-(KP)	E2	1631.9	1631.9; 1647.8 (+O)
40	Biotin-SGSGTGFTKTCG-(KP)	E2	1612.9	1612.8; 1634.8 (+Na^+)
41	Biotin-SGSGYVGGVEHR-(KP)	E2	1637.9	1637.9; 1659.8 (+Na^+)
42	Biotin-SGSGVGGVEHRL-(KP)	E2	1587.8	1587.8
43	Biotin-SGSGAACNWTRG-(KP)	E2	1599.8	1599.8
44	Biotin-SGSGACNWTRGE-(KP)	E2	1657.9	1657.7
45	Biotin-SGSGCNWTRGER-(KP)	E2	1743.0	1742.8
46	Biotin-SGSGNWTRGERC-(KP)	E2	1743.0	1742.8
47	Biotin-SGSGLEDRDRSE-(KP)	E2	1740.0	1740.8; 1762.8 (+Na^+)
48	Biotin-SGSGEDRDRSEL-(KP)	E2	1740.0	1740.8; 1762.8 (+Na^+)
49	Biotin-SGSGDRDRSELS-(KP)	E2	1698.9	1698.7
50	Biotin-SGSGRDRSELSP-(KP)	E2	1680.9	1680.8
51	Biotin-SGSGDRSELSPL-(KP)	E2	1637.9	1637.8; 1659.8 (+Na^+)
52	Biotin-SGSGRSELSPLL-(KP)	E2	1636.0	1635.8
53	Biotin-SGSGIHLHQNIV-(KP)	E2	1570.9	1592.7 (+Na^+)
54	Biotin-SGSGTTLPALST-(KP)	E2	1524.8	1546.7 (+Na^+)
55	Biotin-SGSGTLPALSTG-(KP)	E2	1480.7	1502.7 (+Na^+)
56	Biotin-SGSGIHLHQNIV-(KP)	E2	1695.0	1694.8; 1716.8 (+Na^+)
57	Biotin-SGSGSDLPALST-(KP)	E2	1524.8	1546.7 (+Na^+)
58	Biotin-SGSGTPMPALST-(KP)	E2	1538.9	1576.6 (+Na^+; +O)
59	Biotin-SGSGDLPALSTG-(KP)	E2	1494.7	1516.6 (+Na^+)
60	Biotin-SGSGPMPALSTG-(KP)	E2	1494.8	1532.6 (+Na^+; +O)
61	Biotin-𝑆𝐺S GETLSVGGS-(KP)	E2	1470.7	1492.4 (+Na^+)
62	Biotin-𝑆𝐺S GETIVTGGT-(KP)	E2	1498.7	1520.6
63	Biotin-𝑆𝐺S GETAVSGGT-(KP)	E2	1442.6	1464.4 (+Na^+)
64	Biotin-𝑆𝐺S GETRVSGGT-(KP)	E2	1527.7	1527.3
65	Biotin-SGSGGTYTTGGA-(KP)	E2	1448.6	1470.6 (+Na^+)
66	Biotin-SGSGTTYTTGGS-(KP)	E2	1508.7	1530.4 (+Na^+)
67 (1a)	Biotin-SGSGTTKVIGGT-(KP)	E2	1497.8	1497.6
68	Biotin-SGSGGTRTMGGA-(KP)	E2	1471.7	1471.5
69	Biotin-S 𝐺SGGTHVTGGS-(KP)	E2	1436.6	1436.4
70	Biotin-SGSGGTRVSGGT-(KP)	E2	1455.7	1455.4
71	Biotin-SGS GSTHVTGGA-(KP)	E2	1450.6	1450.5
72	Biotin-𝑆𝐺S GSTYTTGGS-(KP)	E2	1494.7	1516.3 (+Na^+)
73	Biotin-𝑆𝐺S GSTTITGGS-(KP)	E2	1444.6	1466.5 (+Na^+)
74	Biotin-SGSGSTRVTGGA-(KP)	E2	1469.7	1469.5
75	Biotin-SGS GQTHTTGGS-(KP)	E2	1528.7	1528.8; 1551.1 (+Na^+)
76	Biotin-SGSGGTRVSGGT-(KP)	E2	1509.7	1509.4; 1531.3 (+Na^+)
77	Biotin-SGSGQTYVTGGA-(KP)	E2	1517.7	1539.4 (+Na^+)
78	Biotin-SGSGKTYTTGGA-(KP)	E2	1519.7	1519.7; 1541.7 (+Na^+)
79	Biotin-𝑆𝐺S GKTHVTGGS-(KP)	E2	1507.7	1507.5
80	Biotin-𝑆𝐺S 𝐺 RTHVTGGS-(KP)	E2	1535.7	1535.7
81	Biotin-SGSGGTYVTGGA-(KP)	E2	1446.6	1535.7
82	Biotin-𝑆𝐺𝑆GRTRLTGGN-(KP)	E2	1595.8	1595.6
83	Biotin-𝑆𝐺𝑆𝐺 RTKTIGGT-(KP)	E2	1554.8	1554.6
84	Biotin-SGSGATYTTGGA-(KP)	E2	1462.7	1462.4; 1484.5 (+Na^+)
85	Biotin-SGSGATHVTGGT-(KP)	E2	1464.7	1464.3
86	Biotin-𝑆𝐺S GNTYTTGGS-(KP)	E2	1521.7	1543.4 (+Na^+)
87 (3a)	Biotin-𝑆𝐺S GNTKLMGGT-(KP)	E2	1542.8	1542.5
88	Biotin-𝑆𝐺S GNTRTTGGT-(KP)	E2	1528.7	1528.6
89 (4a)	Biotin-SGSGNNYVTGGA-(KP)	E2	1516.7	1538.3 (+Na^+)
90	Biotin-SGSGDTHVTGGS-(KP)	E2	1494.6	1494.4
91	Biotin-𝑆𝐺S GHTRTTGGA-(KP)	E2	1521.7	1521.4
92 (5a)	Biotin-SGSGDTRVVGGQ-(KP)	E2	1552.8	1552.6
93	Biotin-𝑆𝐺SGHTYTTGGT-(KP)	E2	1558.7	1558.7
94	Biotin-𝑆𝐺SGHTHTTGGV-(KP)	E2	1530.7	1530.4
95	Biotin-𝑆𝐺SGHTHVTGGV-(KP)	E2	1528.7	1528.5
96	Biotin-𝑆𝐺S GDTYTTGGS-(KP)	E2	1522.7	1544.4 (+Na^+)

Amino acid residues, for which repeated coupling was performed while using modification (A) of the standard procedure, are shown in bold.