Development of SCAR Primers for PCR Assay to Detect Diplodia seriata
Table 3
Detection of Diplodia seriata in wood chips.
Wood chips
Purified DNA
2 days of incubation
DS3.8 S3-DS3.8 R6
DS3.8 S3-DS3.8 R4
ME
Water
DS3.8 S3-DS3.8 R6
DS3.8 S3-DS3.8 R4
DS3.8 S3-DS3.8 R6
DS3.8 S3-DS3.8 R4
Inoculated vines
Y103-4-2a-1
+
+
+
+
−
−
Y103-4-2a-2
+
+
−
−
−
−
Y103-4-2a-3
+
+
+
+
−
−
Y103-4-2a-4
+
+
+
+
−
−
Y207-1-1c-1
+
+
−
−
−
−
Y207-1-1c-2
+
+
+
+
+
+
Y207-1-1c-3
+
+
+
+
+
+
Y207-1-1c-4
+
+
+
+
−
−
PDA-1
−
−
−
−
−
−
PDA-2
−
−
−
−
−
−
PDA-3
−
−
−
−
−
−
PDA-4
−
−
−
−
−
−
Successful reaction
100%
100%
75%
75%
25%
25%
Naturally infected vines
BDA-1
+
+
−
−
−
−
BDA-2
+
+
+
+
+
+
BDA-3
+
+
+
+
−
−
BDA-4
+
+
+
+
+
+
E. dieback-1
+
+
+
+
−
−
E. dieback-2
+
+
+
+
+
+
E. dieback-3
+
+
−
−
−
−
E. dieback-4
+
+
−
−
−
−
Successful reaction
100%
100%
62.5%
62.5%
37.5%
37.5%
BDA: black dead arm; E. dieback: Eutypa dieback. +: positive amplification of the expected fragment, with DS3.8 S3-DS3.8 R6 (634 bp) and with DS3.8 S3-DS3.8 R4 (233 bp). −: no amplification.
