Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping

Table 1

Seed families used in the experiments.

Seed set ID	Patterns	Positions
SHRiMP-default	#####---#######	All
	####--###--#--####
	###--#--#---###--####
	####--#----#---#--#--####
PerM-F3-S20	###-#--#---###-#--#---##	All
	####--#----####--#----##
3-Lossy-12	####-####-####	All
	####-###--#----####
	####----##--##-####
3-Lossless-10-24p	####-##-####	0,1,2,3,4,5,6,7,8,18,19,20
	#-########-#	2,12,15,16,18,19,20,21
	####-#-------#-####	0,1,11,14