| Evaluation at gene level | Program | SNg | SPg | SSg | WG | MG | SNe | SPe | SSe | WE | ME | SNi | SPi | SSi | WI | MI | SNn | SPn | SSn |
| DOGFISH | 0,75 | 0,84 | 0,80 | 0,26 | 0,25 | 0,61 | 0,72 | 0,67 | 0,18 | 0,28 | 0,61 | 0,72 | 0,67 | 0,28 | 0,39 | 0,68 | 0,80 | 0,74 | Ensembl | 0,94 | 0,81 | 0,88 | 0,18 | 0,06 | 0,81 | 0,74 | 0,78 | 0,15 | 0,08 | 0,87 | 0,82 | 0,85 | 0,18 | 0,13 | 0,91 | 0,86 | 0,89 | Exogean | 0,83 | 0,95 | 0,89 | 0,12 | 0,17 | 0,87 | 0,78 | 0,83 | 0,12 | 0,09 | 0,90 | 0,82 | 0,86 | 0,18 | 0,10 | 0,85 | 0,88 | 0,87 | Exonhunter | 0,94 | 0,26 | 0,60 | 0,72 | 0,06 | 0,69 | 0,41 | 0,55 | 0,51 | 0,13 | 0,72 | 0,49 | 0,61 | 0,51 | 0,28 | 0,90 | 0,58 | 0,74 | FGENESH++ | 0,93 | 0,55 | 0,74 | 0,42 | 0,07 | 0,78 | 0,63 | 0,71 | 0,31 | 0,13 | 0,78 | 0,67 | 0,73 | 0,33 | 0,22 | 0,88 | 0,70 | 0,79 | GeneID | 0,92 | 0,76 | 0,84 | 0,32 | 0,08 | 0,56 | 0,59 | 0,58 | 0,27 | 0,28 | 0,53 | 0,59 | 0,56 | 0,41 | 0,47 | 0,77 | 0,74 | 0,76 | Genemark | 0,94 | 0,43 | 0,69 | 0,50 | 0,06 | 0,53 | 0,46 | 0,50 | 0,41 | 0,28 | 0,51 | 0,50 | 0,51 | 0,50 | 0,49 | 0,77 | 0,61 | 0,69 | PAIRAGON-any | 0,91 | 0,76 | 0,84 | 0,23 | 0,09 | 0,85 | 0,83 | 0,84 | 0,14 | 0,10 | 0,85 | 0,86 | 0,86 | 0,14 | 0,15 | 0,88 | 0,86 | 0,87 | PAIRAGON-Multiple | 0,88 | 0,80 | 0,84 | 0,24 | 0,12 | 0,75 | 0,77 | 0,76 | 0,18 | 0,16 | 0,75 | 0,78 | 0,77 | 0,22 | 0,25 | 0,85 | 0,83 | 0,84 | SGP2 | 0,92 | 0,39 | 0,66 | 0,54 | 0,08 | 0,65 | 0,48 | 0,57 | 0,40 | 0,16 | 0,66 | 0,55 | 0,61 | 0,45 | 0,34 | 0,84 | 0,66 | 0,75 | TWINSCAN | 0,89 | 0,74 | 0,82 | 0,30 | 0,11 | 0,71 | 0,58 | 0,65 | 0,30 | 0,17 | 0,73 | 0,62 | 0,68 | 0,38 | 0,27 | 0,86 | 0,71 | 0,79 | AUGUSTUS-abinitio | 0,90 | 0,57 | 0,74 | 0,33 | 0,10 | 0,60 | 0,61 | 0,61 | 0,28 | 0,26 | 0,57 | 0,62 | 0,60 | 0,38 | 0,43 | 0,80 | 0,71 | 0,76 | AUGUSTUS -any | 0,95 | 0,66 | 0,81 | 0,26 | 0,05 | 0,81 | 0,73 | 0,77 | 0,21 | 0,08 | 0,79 | 0,74 | 0,77 | 0,26 | 0,21 | 0,93 | 0,78 | 0,86 | AUGUSTUS-dual | 0,93 | 0,60 | 0,77 | 0,29 | 0,07 | 0,70 | 0,65 | 0,68 | 0,25 | 0,15 | 0,68 | 0,67 | 0,68 | 0,33 | 0,32 | 0,89 | 0,75 | 0,82 | AUGUSTUS_EST | 0,95 | 0,70 | 0,83 | 0,24 | 0,05 | 0,80 | 0,74 | 0,77 | 0,20 | 0,09 | 0,78 | 0,75 | 0,77 | 0,25 | 0,22 | 0,91 | 0,79 | 0,85 | ASPic | 0,84 | 0,66 | 0,75 | 0,29 | 0,16 | 0,87 | 0,75 | 0,81 | 0,11 | 0,09 | 0,89 | 0,87 | 0,88 | 0,13 | 0,11 | 0,81 | 0,85 | 0,83 | ASPic-GeneID_AS1 | 0,89 | 0,54 | 0,72 | 0,42 | 0,11 | 0,88 | 0,71 | 0,80 | 0,16 | 0,08 | 0,89 | 0,85 | 0,87 | 0,15 | 0,11 | 0,85 | 0,72 | 0,79 | ASPic-GeneID_AS2 | 0,96 | 0,46 | 0,71 | 0,50 | 0,04 | 0,90 | 0,62 | 0,76 | 0,21 | 0,06 | 0,90 | 0,76 | 0,83 | 0,24 | 0,10 | 0,93 | 0,60 | 0,77 | ASPic-GeneID | 0,95 | 0,56 | 0,76 | 0,46 | 0,05 | 0,81 | 0,65 | 0,73 | 0,28 | 0,05 | 0,86 | 0,72 | 0,79 | 0,28 | 0,14 | 0,89 | 0,64 | 0,77 |
| Evaluation at transcript level | Program | SNt | SPt | SSt | WT | MT | SNet | SPet | SSet | WEt | MEt | SNit | SPit | SSit | WIt | TMIt | SNnt | SPnt | SSnt |
| DOGFISH | 0,06 | 0,13 | 0,10 | 0,01 | 0,44 | 0,73 | 0,76 | 0,75 | 0,15 | 0,19 | 0,72 | 0,75 | 0,74 | 0,25 | 0,28 | 0,78 | 0,82 | 0,80 | Ensembl | 0,25 | 0,24 | 0,25 | 0,13 | 0,23 | 0,84 | 0,87 | 0,86 | 0,04 | 0,08 | 0,90 | 0,93 | 0,92 | 0,07 | 0,10 | 0,93 | 0,95 | 0,94 | Exogean | 0,51 | 0,43 | 0,47 | 0,26 | 0,10 | 0,89 | 0,89 | 0,89 | 0,08 | 0,07 | 0,90 | 0,90 | 0,90 | 0,10 | 0,10 | 0,91 | 0,91 | 0,91 | Exonhunter | 0,06 | 0,03 | 0,05 | 0,03 | 0,46 | 0,69 | 0,67 | 0,68 | 0,21 | 0,19 | 0,71 | 0,70 | 0,71 | 0,30 | 0,29 | 0,85 | 0,80 | 0,83 | FGENESH++ | 0,43 | 0,38 | 0,41 | 0,07 | 0,30 | 0,80 | 0,85 | 0,83 | 0,08 | 0,14 | 0,80 | 0,86 | 0,83 | 0,14 | 0,20 | 0,87 | 0,92 | 0,90 | GeneID | 0,03 | 0,04 | 0,04 | 0,01 | 0,50 | 0,60 | 0,62 | 0,61 | 0,24 | 0,27 | 0,57 | 0,60 | 0,59 | 0,40 | 0,43 | 0,78 | 0,78 | 0,78 | Genemark | 0,05 | 0,04 | 0,05 | 0,05 | 0,41 | 0,46 | 0,61 | 0,54 | 0,22 | 0,41 | 0,45 | 0,62 | 0,54 | 0,38 | 0,55 | 0,65 | 0,79 | 0,72 | PAIRAGON-any | 0,51 | 0,46 | 0,49 | 0,19 | 0,21 | 0,89 | 0,92 | 0,91 | 0,05 | 0,08 | 0,89 | 0,93 | 0,91 | 0,07 | 0,11 | 0,90 | 0,94 | 0,92 | PAIRAGON-Multiple | 0,21 | 0,35 | 0,28 | 0,01 | 0,43 | 0,87 | 0,83 | 0,85 | 0,12 | 0,08 | 0,87 | 0,83 | 0,85 | 0,17 | 0,13 | 0,91 | 0,88 | 0,90 | SGP2 | 0,05 | 0,04 | 0,05 | 0,06 | 0,41 | 0,63 | 0,66 | 0,65 | 0,19 | 0,23 | 0,65 | 0,69 | 0,67 | 0,31 | 0,35 | 0,76 | 0,85 | 0,81 | TWINSCAN | 0,10 | 0,08 | 0,09 | 0,23 | 0,22 | 0,74 | 0,68 | 0,71 | 0,22 | 0,16 | 0,76 | 0,69 | 0,73 | 0,31 | 0,24 | 0,84 | 0,78 | 0,81 | AUGUSTUS-abinitio | 0,13 | 0,16 | 0,15 | 0,04 | 0,38 | 0,59 | 0,73 | 0,66 | 0,15 | 0,31 | 0,56 | 0,71 | 0,64 | 0,29 | 0,44 | 0,74 | 0,86 | 0,80 | AUGUSTUS -any | 0,27 | 0,34 | 0,31 | 0,04 | 0,41 | 0,80 | 0,86 | 0,83 | 0,07 | 0,14 | 0,79 | 0,86 | 0,83 | 0,14 | 0,21 | 0,88 | 0,93 | 0,91 | AUGUSTUS-dual | 0,15 | 0,17 | 0,16 | 0,05 | 0,39 | 0,65 | 0,77 | 0,71 | 0,11 | 0,25 | 0,64 | 0,77 | 0,71 | 0,23 | 0,36 | 0,79 | 0,90 | 0,85 | AUGUSTUS_EST | 0,27 | 0,36 | 0,32 | 0,03 | 0,42 | 0,80 | 0,86 | 0,83 | 0,07 | 0,14 | 0,79 | 0,86 | 0,83 | 0,14 | 0,21 | 0,88 | 0,94 | 0,91 | ASPic | 0,63 | 0,37 | 0,50 | 0,37 | 0,06 | 0,84 | 0,95 | 0,90 | 0,02 | 0,13 | 0,85 | 0,96 | 0,91 | 0,04 | 0,15 | 0,86 | 0,97 | 0,92 | ASPic-GeneID_AS1 | 0,65 | 0,33 | 0,49 | 0,33 | 0,06 | 0,84 | 0,94 | 0,89 | 0,02 | 0,13 | 0,85 | 0,96 | 0,91 | 0,04 | 0,15 | 0,86 | 0,97 | 0,92 | ASPic-GeneID_AS2 | 0,64 | 0,25 | 0,45 | 0,41 | 0,05 | 0,84 | 0,93 | 0,89 | 0,03 | 0,12 | 0,85 | 0,94 | 0,90 | 0,06 | 0,15 | 0,88 | 0,96 | 0,92 | ASPic-GeneID | 0,21 | 0,22 | 0,22 | 0,02 | 0,48 | 0,86 | 0,77 | 0,82 | 0,15 | 0,06 | 0,91 | 0,81 | 0,86 | 0,19 | 0,09 | 0,91 | 0,85 | 0,88 |
|
|