BioMed Research International / 2014 / Article / Tab 7 / Research Article
Continental Monophyly and Molecular Divergence of Peninsular Malaysia’s Macaca fascicularis fascicularis Table 7 Segregating sites (104 bp) in 395-bp segment of D-loop gene defining 65 haplotypes and their distribution across seven populations of M. f. fascicularis .
H aplotype Locality Nucleotide Positions 1 2 3 4 5 6 7 1 1111 1 1111111112 2222222223 3333333334 4444444445 5555555556 6666666667 7777777778 8888888889 9999999990 0000 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234567890 1234 Hap_1 CCCCGACATA GTTACTTGCG GACCTAAGTT CAATCATCTA AAGTATCCCA CCACGCCTAA ACCCATACCA ACCTGATCGT CACACGGGGC GCAGTACCTT TACC 1 Hap_2 .......... ...G.....A A.....G... TG...G.... .G....T... .......... .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_3 .......... ...G.....A A.....G... TG...G.... .G....T... .......... .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_4 ...T.T.... A......... A.....GACC .....G.... GGA....... ....A..... .......... .......... .....A.... .TG....... .C.. 1 Hap_5 .......... .......... A.....G..C .....G..C. .......T.. ....A..... ..T....... .......... .......... .TG..G.... CC.. 1 Hap_6 .......... .......... A..T...... .........T .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... .C.. 1 Hap_7 .......... ........T. A.....G..C T....G.... ..A....T.. .......... .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 2 Hap_8 .......... ......C... A........C TG...G.... .G...CT... .......C.. .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_9 .......... .......... A........C TG...G.... .G...CT... .......C.. .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 3 Hap_10 .......... .......... A........C TG...G.... .G...CT... .......C.. .......... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_11 T......... .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .... 1 Hap_12 ....A..... .......... A........C TG........ .G...CT... ....A..C.. .......... .......... .......... .T...G.... .C.T 1 Hap_13 .......... .......... A.....G..C TG...G.... .G........ .......C.. .....C.... .......... .......... .TG..G.... .C.. 1 Hap_14 .......... .........A .G.T...... T......... ....GC.... ....A...G. ....G..... .......... .......... .TG..G.... .C.. 2 Hap_15 ...T...... ..C....... A......... T......... ....G..... ........G. ....G..... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_16 .......... .........A ......G... T......... ....G..... ........G. ....G..... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_17 ........C. ..C....... A.....G..C T......... ....G..... ........G. G...G..... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_18 .......... .........A A.....G... T......... ....G..... ........G. ....G..... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_19 .......... .........A A......... T......... ....G..... ........G. ....G..... .......... .......... .T...G.... .C.. 1 Hap_20 .......... .......... A.....G..C T......... .......T.. .......... .......T.. .......... .......... .....G.... .C.. 4 Hap_21 .......... .......... A.....G..C T....G.... .......TT. .......... .......... .......... .....A.... .T...G.... .C.. 1 Hap_22 ...T...... .......... A.....G..C T......... .......T.. .......... .......T.. .......... .......... .....G.... .C.. 1 Hap_23 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 1 Hap_24 .T....TT.. A.C......A A..T..G... ....T..... ..A....TT. T.CT.TT... .....C...G G..C..C... ..TT...... .TG...T... .C.. 2 Hap_25 .T....TT.. A.C......A A..T..G... ....T.C... ..A....TT. T.CT.TT... .....C...G G..C..C... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_26 .T.....TC. .......... A.....G... ....T..TC. G.A....T.G T..T.T.... .....C...G ...C...... ..T....... .TG...T... .C.. 1 Hap_27 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... G.A....T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 1 Hap_28 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....T.. TTCT.T.... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_29 .T.....T.. ..C...C... A..T..G..C ....T..... G.A....T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 1 Hap_30 .T....TT.. A.C......A A..T..G... ....T..... ..A....TT. T.CT.TT... .....C.... G..C..C... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_31 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....T.. TTCT.TT..G .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_32 .T.....T.G .........A A.....G... ....T..TC. G.A....T.G T..T.T.... .....C...G ...C...... ..T....... .TG...T... .C.. 1 Hap_33 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....... TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 1 Hap_34 .T...T.T.. ..C....... A.....G..C ....T..... ..A....T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_35 .T....TT.. A.C......A A..T...... ....T..... ..A....TT. T.CT.TT... .....C.... G..C..C... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_36 .TT....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....T.. TTCT.T.... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_37 .T....TTC. .........A A..T..GAC. ....T..TC. G.A....T.G T..T.T.C.. .....C...G ...C...... ..T.....A. ATG...T... .C.T 2 Hap_38 .T.....T.. ..C......A ..TT.TG... ..G.T..... ..A....TT. ..CT.TT... .....C.... ...C...... ..TT...... ATG...T... .C.. 1 Hap_39 .T....TT.. A.C......A A..T..G... ....T..... ..A....TT. T.CT.TT... .....C...G G..C..C... ..TT...... .TG...T..C .C.. 1 Hap_40 .T.....T.. ..C......A ...T.TG... ..G.T..... ..A....TT. ..CT.TT... .....C.... ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_41 .T....TTC. .........A A..T..GAC. ....T..TC. G.A....T.G T..T.T.C.. .....C...G G..C...... ..T.....A. ATG...T... .C.T 1 Hap_42 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A..C.T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_43 .T....TT.. A.C......A A..TC.G... ....TG.... ..A....TT. T.CT.TT... .....C...G G..C..C... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_44 .T.....T.. ..C....... A..T.TG..C ..G.T..... ..A....TT. T.C..TT... .T...C.... ...C...... ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_45 .T.....T.. ..C..C.... A..T..G..C ....T..... G.A....T.. TTCT.TT... .....C...G ...C...... ..TT...A.. .TG...T... .C.. 1 Hap_46 .T.....T.. ..C....... A..T..G..C ....T..... ..A....... TTCT.TT... .....C...G ...C....A. ..TT...... .TG...T... .C.. 1 Hap_47 .T.....TC. .........A A.....G... ....T..TC. G.A....T.G T.GT.T.... .....C...G ...C...... ..T....... .TG...T... .C.. 5 Hap_48 .T....TT.. AC..TC...A A..T..G... ....T...C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 8 Hap_49 .T....TT.. AC..TC...A A..T..G... ....T...C. ..A....TT. T.CTAT...G .....CT.TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_50 .T....TT.. A...TC...A A..T..G... ....T...C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_51 .T....TT.. A...TC...A A..T..G... ....T...CG ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 2 Hap_52 .T....TT.. A...TC...A A..T..G... ....T...C. ..AC...... T.CTAT.C.. .....C..T. ...C...... ..T.GA...G .T....T.G. .CA. 1 Hap_53 .T....TT.. A...TC...A A..T..G... ....T...C. ..AC...... T.CTAT.C.. .....C..T. ...C...... ..T....... .T..G.T.G. .CA. 1 Hap_54 .T....TT.. A...TC...A A..T..G... ....T...C. ..AC...... T.CTAT.C.. .....C..T. ...C...... ..T....... .T....T.G. .CA. 1 Hap_55 .T....TTC. A...TC...A A..T..G... ....T...C. ..A....TT. T.CT.T...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 3 Hap_56 .T....TT.. .........A A..T..G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 5 Hap_57 .T....TT.. .........A A..T..G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT...T .....C..TG ...CA...AC TTT..AA... .T....T... .C.. 1 Hap_58 .T....TT.. .........A A..T..G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT.... .....C..TG .TTCAC.TAC T.T...A... .T.T..TT.. .C.. 1 Hap_59 .T....TT.. AC..TC...A A..T..G... ...CT...C. ..A..C.TT. T.C.A..... ...T.C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.T 1 Hap_60 .T.....TC. A...TC.... A.....G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_61 .T.....TC. A...TC...A A.....G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_62 .T.....T.. A..GTC...A A.....G... ....T.C.C. ..A....TT. T.CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_63 .T....TT.. A...T....A A..T..G... ...CT...C. ..A....TT. ..CTAT...G .....C.TT. ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 2 Hap_64 .T.....TC. A...TC.... A..T..G... ....T.C.C. ..A....TT. ..CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1 Hap_65 .T.....TC. A....C.... A..T..G... ....T.C.C. ..A....TT. ..CTAT...G .....C..TG ...C...... ..T....... .T....T... .C.. 1
*Locality information: 1—Indonesia, 2—Mauritius, 3—Philippines, 4—Cambodia, 5—Vietnam, 6—Thailand, 7—Malaysia.
