The Combination of Computational and Biosensing Technologies for Selecting Aptamer against Prostate Specific Antigen

Table 1

First-generation sequences and results from the analysis and calculations.

Name	Sequence (5′-3′)	Minimum free energy (kcal/mol)	Dot-bracket format	ZDOCK score	ZRANK score	Rank
PSAG11	TTTTTCTGTTGCCCGGAACGTCGTGGCCCTTT		..........((((((....))).))).....	17.34		1
PSAG12	TTTTTGTGGTGTTTATTGTTTACTGTCCCTTT		.......((((.........))))........	49.27
PSAG13	TTTTTCTGGTGTTTATTCCATCAAATATCTTT		.......(((((((........)))))))...	40.03
PSAG14	TTTTTAATATCAACTTGGTTTACTGTCCCTTT		................((........))....	43.93
PSAG15	TTTTTCTGGAATGATTTCCCGGTTGTCTCTTT		....((.((((....)))).))..........	38.78		7
PSAG16	TTTTTACTTTGTTTATTGTTTACTGTCCCTTT		................................	N.A.	N.A.
PSAG17	TTTTTCTGGTCCGGGTACGTTTTTTGGCCTTT		.......((.(((((.......)))))))...	39.73		8
PSAG18	TTTTTCCGCAGTTTATTGTTTACTGTCCCTTT		.......(((((.........)))))......	40.05
PSAG19	TTTTTGTGTTGCCCGGAACGTCGTATATCTTT		....((((((......)))).)).........	48.16
PSAG110	TTTTTAATATCAACTTGCCATCAAGGCCCTTT		................(((.....))).....	45.01
PSAG111	TTTTTGTGTTGCCATTTCCCGGTTGTCTCTTT		..........(((.......))).........	48.6
PSAG112	TTTTTACTTAATGCGGAACGTCGTGGCCCTTT		............((((....))))........	42.58		5
PSAG113	TTTTTGTGTTGCCCGGAACTTTTTTGGCCTTT		..........(((.(((....))).)))....	39.77
PSAG114	TTTTTCCGCACCGGGTACGGTCGTGGCCCTTT		.....((((((((....)))).))))......	43.45		2
PSAG115	TTTTTAATATCAACTTGCCAGGTTGTCTCTTT		..........((((((...)))))).......	44.36
PSAG116	TTTTTACTTAATGATTTCCCTCAAATATCTTT		................................	N.A.	N.A.
PSAG117	TTTTTAATATCCGGGTACGTTTTTTGGCCTTT		............((((.((.....))))))..	47.52		6
PSAG118	TTTTTCCGCACAACTTGCCATCAAATATCTTT		.......(((.....)))..............	46.13		4
PSAG119	TTTTTACGCACCGGGTACGTTTTTTGGCCTTT		............((((.((.....))))))..	40.41		3
PSAG120	TTTTTCCTTAATGATTTCCCGGTTGTCTCTTT		................................	N.A.	N.A.