Analysis of Synonymous Codon Usage Bias in Flaviviridae Virus

Table 2

Nucleotide contents in ORFs of 66 Flaviviridae virus genomes.

virus strain	A	U	G	C					GC
Aedes flavivirus	0.2528	0.2467	0.2621	0.2384	0.2991	0.2994	0.279	0.3412	0.501
Alkhurma virus	0.2436	0.2157	0.371	0.2237	0.2976	0.3617	0.2773	0.2729	0.553
Apoi virus	0.2763	0.2754	0.2754	0.2075	0.3367	0.3906	0.2441	0.2722	0.497
Bagaza virus	0.2916	0.2125	0.2929	0.2129	0.3307	0.3727	0.2501	0.2893	0.508
Banzi virus	0.2727	0.2232	0.2816	0.2225	0.3089	0.2731	0.3045	0.338	0.504
Bouboui virus	0.2889	0.2297	0.2698	0.2116	0.3351	0.3785	0.2452	0.2867	0.495
Bussuquara virus	0.2842	0.2174	0.283O	0.2155	0.3601	0.2576	0.3067	0.3066	0.499
Cell fusing agent virus	0.2443	0.2459	0.2744	0.2355	0.3115	0.3796	0.2407	0.2843	0.522
Chaoyang virus	0.2901	0.225	0.2704	0.2126	0.33	0.3704	0.2491	0.3071	0.495
Culex flavivirus	0.2349	0.2357	0.2973	0.2321	0.2501	0.2545	0.397	0.3328	0.529
Dengue virus 1	0.3191	0.2142	0.26	0.2087	0.3547	0.3652	0.234	0.3045	0.476
Dengue virus 2	0.3317	0.2111	0.2529	0.2043	0.4714	0.2334	0.2451	0.2871	0.457
Dengue virus 3	0.3219	0.2141	0.2586	0.2053	0.4462	0.2457	0.2693	0.2763	0.464
Dengue virus 4	0.3105	0.2201	0.2631	0.2063	0.4249	0.2473	0.2757	0.2825	0.47
Donggang virus	0.2707	0.245	0.2719	0.2124	0.3152	0.3769	0.2511	0.3051	0.501
Edge Hill virus	0.2847	0.2389	0.2842	0.1921	0.3288	0.3993	0.2482	0.2822	0.491
Entebbe bat virus	0.2783	0.2159	0.2806	0.2252	0.3473	0.383	0.2352	0.279	0.516
Gadgets Gully virus	0.2624	0.2166	0.313	0.2079	0.2986	0.3771	0.2743	0.2757	0.532
Hanko virus	0.2691	0.2657	0.2632	0.2019	0.3305	0.3314	0.3091	0.2726	0.465
Ilheus virus	0.2689	0.2082	0.2797	0.2432	0.3231	0.3587	0.2462	0.3097	0.535
Japanese encephalitis ORF	0.2776	0.2082	0.2836	0.2306	0.3342	0.2401	0.2989	0.3489	0.516
Jugra virus	0.2901	0.2282	0.2698	0.2119	0.3328	0.3843	0.2382	0.2915	0.493
Kadam virus	0.2547	0.22	0.3107	0.2156	0.3057	0.3668	0.286	0.2733	0.539
Kamiti River virus	0.2514	0.2487	0.2659	0.234	0.3214	0.3984	0.2325	0.2717	0.511
Karshi virus,	0.2431	0.2135	0.3211	0.2222	0.3026	0.3702	0.2723	0.2739	0.555
Kedougou virus	0.2431	0.2135	0.3211	0.2222	0.2587	0.2401	0.3928	0.3261	0.544
Kokobera virus	0.2813	0.2252	0.2892	0.21	0.3492	0.2586	0.3173	0.3049	0.496
Langat virus	0.2447	0.212	0.3231	0.2202	0.2897	0.3706	0.2812	0.2773	0.555
Louping ill virus	0.2447	0.2072	0.3213	0.2267	0.2695	0.2319	0.3766	0.3314	0.548
Meaban virus	0.2444	0.2136	0.3308	0.2112	0.3005	0.3715	0.2927	0.2632	0.556
Mercadeo virus	0.2506	0.2437	0.2758	0.2299	0.2708	0.2793	0.3449	0.3498	0.506
Modoc virus	0.2962	0.2516	0.2713	0.1809	0.3502	0.4155	0.2285	0.2741	0.467
Montana myotis leukoencephalitis virus	0.2981	0.2634	0.2602	0.1783	0.3849	0.3809	0.2558	0.2181	0.439
Mosquito flavivirus	0.2384	0.2395	0.2781	0.2435	0.3186	0.385	0.2311	0.2708	0.534
Murray Valley encephalitis virus	0.2888	0.23	0.2748	0.2114	0.3319	0.3763	0.2476	0.3041	0.498
New Mapoon virus	0.2635	0.2213	0.2706	0.2446	0.3134	0.365	0.2549	0.2954	0.53
Nounane virus	0.2856	0.217	0.2725	0.2245	0.367	0.2474	0.2875	0.3315	0.497
Ntaya virus	0.2856	0.217	0.2725	0.2245	0.3326	0.3788	0.2503	0.2914	0.493
Ochlerotatus caspius flavivirus	0.2688	0.2588	0.2665	0.2059	0.3354	0.4017	0.2326	0.2797	0.483
Omsk hemorrhagic fever virus	0.2566	0.2082	0.3127	0.2224	0.3058	0.3668	0.2723	0.2706	0.545
Palm Creek virus i	0.2636	0.2411	0.2878	0.2075	0.344	0.263	0.3588	0.2686	0.495
Paraiso Escondido virus	0.2896	0.2355	0.2899	0.1851	0.3286	0.3904	0.2579	0.2847	0.487
Parramatta River virus	0.2671	0.2595	0.2642	0.2093	0.3359	0.3938	0.2329	0.2816	0.485
Phnom Penh bat virus	0.2871	0.2663	0.2716	0.1748	0.3384	0.4136	0.2593	0.2664	0.461
Powassan virus	0.2516	0.2157	0.3128	0.2198	0.3052	0.369	0.2753	0.2685	0.545
Quang Binh virus	0.2388	0.2385	0.2776	0.2451	0.2615	0.2645	0.3321	0.3681	0.523
Rio Bravo virus	0.3025	0.2656	0.2502	0.1817	0.4023	0.3798	0.2283	0.2363	0.432
Saboya virus	0.285	0.2385	0.2706	0.2059	0.3285	0.3872	0.2449	0.2944	0.492
Saumarez Reef virus	0.2511	0.215	0.3173	0.2166	0.2973	0.374	0.2959	0.267	0.548
Sepik virus	0.2899	0.2386	0.2638	0.2077	0.3407	0.3931	0.237	0.2877	0.483
Spanish goat encephalitis virus	0.2442	0.2081	0.3233	0.2244	0.2982	0.3667	0.2776	0.273	0.559
Spondweni virus	0.2442	0.2081	0.3233	0.2244	0.3183	0.3631	0.2483	0.3024	0.532
St. Louis encephalitis virus	0.2918	0.2116	0.2801	0.2165	0.3399	0.3721	0.2471	0.293	0.507
Tamana bat virus	0.3312	0.2839	0.2156	0.1692	0.4208	0.4285	0.1901	0.2618	0.402
Tembusu virus	0.2866	0.2238	0.2894	0.2002	0.3304	0.3717	0.2567	0.2909	0.503
Tick-borne encephalitis virus	0.247	0.212	0.3207	0.2202	0.3013	0.3668	0.2743	0.2765	0.552
Uganda S virus	0.247	0.21	0.3207	0.2202	0.3802	0.3114	0.2594	0.2795	0.469
Usutu virus	0.2707	0.2192	0.2819	0.2281	0.3117	0.2699	0.3012	0.3368	0.511
Wesselsbron virus	0.2856	0.2395	0.2665	0.2085	0.3406	0.3906	0.2345	0.2926	0.487
West Nile virus lineage 1	0.2724	0.2155	0.2883	0.2238	0.3261	0.369	0.2552	0.2923	0.522
West Nile virus lineage 2	0.2727	0.217O	0.2827	0.2275	0.3141	0.2635	0.307	0.3417	0.51
Yaounde virus	0.2884	0.2068	0.2849	0.2199	0.3712	0.2188	0.3192	0.3227	0.505
Yellow fever virus	0.2704	0.2326	0.286	0.2109	0.3336	0.3969	0.2386	0.2839	0.509
Yokose virus	0.3003	0.2298	0.2597	0.2103	0.354	0.3887	0.2234	0.2839	0.483
Zika virus	0.2777	0.2146	0.2908	0.2169	0.3192	0.3704	0.2532	0.2952	0.52
average value	0.2732	0.2288	0.2849	0.21479	0.3310	0.3440	0.2705	0.2924	0.5052
SD	0.0236	0.0192	0.02532	0.0163	0.04052	0.0588	0.0410	0.02749	0.03233