Analysis of Synonymous Codon Usage Bias in Flaviviridae Virus

Table 3

Optimal codons.

	Phe	Leu	Ile	Val	Ala	Thr	Pro	Ser	Tyr	TER	His	Gln	Asn	Lys	Asp	Glu	Cys	ARG	GLY
AEDES	1.27	1.64	1.26	1.39	1.20	1.23	1.30	1.04	1.45	0.58	1.19	1.32	1.18	1.42	1.10	1.26	1.29	1.92	1.13
Alkhurma virus	1.26	1.63	1.25	1.34	1.56	1.34	1.44	0.77	1.26	0.69	1.16	1.13	1.11	1.05	1.00	1.05	1.13	2.07	1.22
Apoi virus	1.11	1.49	1.70	1.48	1.35	1.43	1.67	1.16	1.28	0.51	1.15	1.39	1.08	1.19	1.16	1.20	1.33	1.66	1.46
Bagaza virus	1.13	1.89	1.41	1.37	1.52	1.49	1.26	0.81	1.21	0.56	1.16	1.13	1.13	1.13	1.24	1.40	1.37	2.44	1.71
Banzi virus	1.04	1.92	1.51	1.56	1.28	1.64	1.64	1.46	1.09	3.00	1.12	1.35	1.24	1.04	1.05	1.02	1.20	2.01	1.35
Bouboui virus	1.31	1.50	1.29	1.47	1.58	1.29	1.46	1.12	1.33	0.73	1.11	1.29	1.10	1.15	1.28	1.17	1.17	2.33	1.96
Bussuquara virus	1.12	1.69	1.17	1.70	1.29	1.46	1.49	1.54	1.01	3.00	1.08	1.03	1.06	1.12	1.19	1.18	1.06	1.34	1.38
Cell fusing agent virus	1.23	1.74	1.29	1.50	1.26	1.24	1.43	1.41	1.16	0.69	1.23	1.18	1.07	1.67	1.11	1.36	1.16	1.68	1.35
Chaoyang virus	1.24	1.58	1.27	1.36	1.43	1.19	1.48	0.90	1.19	0.60	1.14	1.24	1.12	1.27	1.08	1.30	1.08	1.34	1.83
Culex flavivirus	1.19	1.71	1.49	1.97	1.41	1.33	1.25	1.31	1.51	3.00	1.34	1.17	1.35	1.39	1.30	1.07	1.04	2.22	1.50
Dengue virus 1	1.25	1.65	1.19	1.66	1.95	1.35	1.57	1.00	1.46	0.46	1.04	1.26	1.09	1.28	1.11	1.32	1.09	3.35	2.29
Dengue virus 2	1.10	1.32	1.16	1.68	1.63	2.05	2.36	2.00	1.19	3.00	1.16	1.22	1.09	1.25	1.19	1.37	1.09	3.26	2.01
Dengue virus 3	1.24	1.34	1.14	1.73	1.35	1.83	1.85	2.07	1.00	3.00	1.00	1.05	1.22	1.24	1.12	1.26	1.08	3.08	2.06
Dengue virus 4	1.32	1.41	1.25	1.46	1.23	1.09	1.38	1.49	1.40	1.77	1.27	1.46	1.11	1.09	1.12	1.30	1.01	1.53	1.25
Donggang virus	1.30	1.73	1.36	1.58	1.75	1.24	1.48	1.80	1.03	1.87	1.24	1.34	1.28	1.01	1.11	1.04	1.31	2.06	1.13
Edge Hill virus	1.09	1.81	1.46	1.66	1.54	1.38	1.53	2.14	1.03	2.07	1.19	1.24	1.04	1.20	1.59	1.45	1.01	1.59	1.50
Entebbe bat virus	1.09	1.49	1.50	1.45	1.75	1.35	1.41	2.00	1.15	0.54	1.15	1.10	1.12	1.04	1.11	1.03	1.18	1.90	1.19
Gadgets Gully virus	1.09	2.15	1.23	1.47	1.47	1.11	1.84	1.75	1.02	3.00	1.21	1.04	1.04	1.06	1.02	1.22	1.25	1.80	1.93
Hanko virus	1.25	1.70	1.16	1.38	1.27	1.47	1.41	1.17	1.16	2.20	1.14	1.45	1.09	1.10	1.05	1.27	1.02	1.33	1.37
Ilheus virus	1.04	1.68	1.26	1.63	1.22	1.23	1.29	1.36	1.27	2.33	1.01	1.08	1.22	1.08	1.24	1.14	1.06	2.07	1.80
Japaneseencephalitisorf	1.07	1.67	1.34	1.65	1.80	1.15	1.70	1.16	1.21	2.08	1.16	1.42	1.07	1.26	1.25	1.18	1.17	2.03	1.29
Jugra virus	1.14	1.68	1.59	1.48	1.33	1.31	1.54	1.30	1.22	2.17	1.23	1.03	1.00	1.00	1.03	1.16	1.11	1.67	1.11
Kadam virus	1.24	1.78	1.44	1.33	1.37	1.23	1.29	1.37	1.36	2.00	1.28	1.27	1.01	1.42	1.19	1.36	1.31	1.41	1.65
Kamiti River virus	1.17	1.73	1.68	1.45	1.53	1.44	1.26	1.07	1.57	2.38	1.24	1.06	1.06	1.04	1.06	1.15	1.11	1.47	1.12
Karshi virus,	1.02	1.99	1.36	2.28	1.26	1.46	1.30	1.27	1.12	3.00	1.02	1.38	1.09	1.31	1.33	1.30	1.08	2.14	1.50
Kedougou virus	1.01	1.74	1.04	1.92	1.33	1.27	1.61	1.51	1.12	3.00	1.19	1.05	1.14	1.10	1.26	1.22	1.14	2.48	1.91
Kokobera virus	1.13	1.61	1.22	1.64	1.55	1.30	1.67	1.75	1.17	2.21	1.16	1.07	1.05	1.04	1.14	1.01	1.18	1.97	1.12
Langat virus	1.12	2.27	1.36	2.00	1.16	1.29	1.45	1.48	1.41	3.00	1.24	1.26	1.32	1.19	1.21	1.32	1.00	1.72	1.49
Louping ill virus	1.13	1.77	1.34	1.53	1.42	1.26	1.57	1.81	1.29	2.02	1.20	1.03	1.08	1.10	1.00	1.07	1.24	1.51	1.16
Meaban virus	1.12	1.46	1.50	1.39	1.16	1.21	1.21	1.26	1.24	3.00	1.27	1.07	1.43	1.06	1.06	1.09	1.17	1.10	1.96
Mercadeo virus	1.17	1.47	1.47	1.81	1.85	1.37	1.55	1.83	1.01	1.84	1.24	1.32	1.09	1.14	1.25	1.35	1.28	2.49	1.28
Modoc virus	1.36	1.77	1.37	1.55	1.69	1.52	1.94	1.83	1.09	3.00	1.32	1.09	1.21	1.14	1.24	1.40	1.32	2.98	1.73
Montana myotis leukoencephalitis virus	1.05	1.91	1.33	1.67	1.54	1.30	1.29	1.28	1.23	2.01	1.13	1.42	1.05	1.41	1.22	1.51	1.09	1.49	1.36
Mosquito flavivirus	1.29	1.83	1.45	1.40	1.65	1.37	1.35	2.17	1.05	2.13	1.08	1.11	1.10	1.19	1.10	1.30	1.07	1.89	1.40
Murray Valley encephalitis virus	1.02	1.54	1.33	1.19	1.66	1.26	1.87	1.88	1.65	2.00	1.19	1.24	1.01	1.25	1.03	1.15	1.13	1.64	1.50
New Mapoon virus	1.21	1.75	1.19	1.70	1.17	1.37	1.57	2.32	1.28	3.00	1.15	1.17	1.34	1.05	1.33	1.19	1.10	1.82	1.50
Nounane virus	1.47	1.64	1.39	1.60	1.57	1.18	1.32	2.13	1.27	2.02	1.11	1.13	1.09	1.32	1.17	1.25	1.10	1.95	1.53
Ntaya virus	1.26	1.71	1.30	1.56	1.33	1.30	1.44	1.53	1.28	2.04	1.19	1.56	1.07	1.07	1.27	1.36	1.24	1.44	1.48
Ochlerotatus caspius flavivirus	1.20	1.61	1.23	1.48	1.80	1.40	1.63	1.74	1.00	2.17	1.16	1.07	1.02	1.16	1.04	1.02	1.15	1.85	1.14
Omsk hemorrhagic fever virus	1.05	2.04	1.05	1.94	1.28	1.52	1.79	1.50	1.02	3.00	1.23	1.05	1.22	1.08	1.01	1.02	1.22	1.33	2.28
Palm Creek virus	1.26	1.66	1.47	1.76	1.22	1.34	1.42	1.92	1.49	1.98	1.36	1.14	1.11	1.23	1.21	1.18	1.10	1.78	1.31
Paraiso Escondido virus	1.32	1.85	1.29	1.76	1.08	1.12	1.35	1.48	1.33	1.99	1.21	1.57	1.12	1.41	1.15	1.53	1.14	1.40	1.26
Parramatta River virus	1.18	1.63	1.64	1.57	1.81	1.55	1.21	1.78	1.14	1.84	1.01	1.30	1.16	1.03	1.31	1.26	1.28	2.31	1.29
Phnom Penh bat virus	1.22	1.81	1.24	1.37	1.72	1.31	1.26	1.79	1.00	2.17	1.18	1.03	1.08	1.13	1.07	1.09	1.27	2.06	1.15
Powassan virus	1.19	1.58	1.72	1.42	1.41	1.35	1.09	1.17	1.41	3.00	1.36	1.06	1.32	1.18	1.22	1.04	1.04	1.52	1.66
Quang Binh virus	1.09	1.60	1.35	1.47	1.81	1.45	1.89	2.03	1.16	3.00	1.34	1.26	1.10	1.31	1.29	1.31	1.36	2.75	2.20
Rio Bravo virus	1.22	1.70	1.33	1.30	1.45	1.30	1.56	1.58	1.30	1.87	1.26	1.34	1.02	1.23	1.10	1.09	1.15	2.13	1.19
Saboya virus strain	1.16	1.77	1.19	1.51	1.49	1.45	1.46	1.57	1.23	2.03	1.27	1.03	1.03	1.13	1.11	1.10	1.27	1.75	1.27
Saumarez Reef virus	1.18	1.73	1.30	1.62	1.58	1.25	1.39	1.67	1.03	1.96	1.31	1.44	1.11	1.23	1.06	1.27	1.13	2.26	1.21
Sepik virus	1.38	1.70	1.08	1.42	1.71	1.47	1.38	1.59	1.10	2.25	1.05	1.06	1.02	1.15	1.04	1.01	1.17	1.17	1.12
Spanish goat encephalitis virus	1.12	1.53	1.20	1.39	1.68	1.28	1.45	1.82	1.23	2.38	1.14	1.16	1.19	1.35	1.13	1.19	1.11	1.41	1.23
Spondweni virus	1.25	1.93	1.57	1.42	1.51	1.42	1.49	2.25	1.08	2.25	1.15	1.26	1.06	1.26	1.18	1.35	1.14	1.79	1.36
St. Louis encephalitis virus	1.30	1.42	1.80	1.59	1.45	1.78	1.63	1.96	1.01	1.55	1.29	1.62	1.27	1.33	1.26	1.42	1.43	3.07	1.35
Tamana bat virus	1.36	1.74	1.52	1.33	1.55	1.43	1.29	1.87	1.13	1.79	1.33	1.10	1.01	1.32	1.02	1.13	1.22	1.92	1.18
Tembusu virus	1.19	1.74	1.55	1.38	1.66	1.38	1.38	1.68	1.11	2.34	1.10	1.01	1.01	1.09	1.01	1.03	1.17	2.01	1.10
Tick-borne encephalitis virus	1.11	1.51	1.16	1.47	1.36	1.06	2.25	2.07	1.14	1.14	1.19	1.26	1.07	1.17	1.05	1.15	1.12	2.44	1.70
Uganda S virus	1.03	1.74	1.21	1.43	1.25	1.40	1.59	1.38	1.17	1.50	1.26	1.15	1.22	1.11	1.21	1.09	1.00	2.25	1.73
Usutu virus	1.11	1.60	1.45	1.55	1.59	1.32	1.32	1.68	1.16	2.02	1.22	1.32	1.32	1.32	1.13	1.30	1.04	2.16	1.30
Wesselsbron virus	1.23	1.55	1.57	1.47	1.70	1.32	1.46	1.71	1.02	2.35	1.00	1.14	1.10	1.24	1.28	1.27	1.12	1.69	1.27
West Nile virus lineage 1	1.08	1.81	1.42	1.67	1.37	1.26	1.62	1.52	1.26	3.00	1.25	1.10	1.10	1.08	1.12	1.05	1.16	2.01	2.03
West Nile virus lineage 2	1.13	1.77	1.50	2.03	2.03	1.49	1.49	1.70	1.22	3.00	1.18	1.09	1.29	1.04	1.23	1.26	1.16	2.18	2.30
Yaounde virus	1.13	1.56	1.27	1.44	1.64	1.29	1.62	1.82	1.20	2.28	1.28	1.16	1.18	1.20	1.14	1.27	1.16	1.87	1.37
Yellow fever virus	1.31	1.57	1.44	1.75	1.40	1.25	1.50	1.79	1.28	2.03	1.15	1.33	1.00	1.31	1.10	1.41	1.17	2.01	1.37
Yokose virus	1.02	1.62	1.24	1.56	1.61	1.46	1.48	1.84	1.23	2.02	1.21	1.21	1.03	1.14	1.10	1.13	1.09	2.00	1.38
Zika virus	1.08	1.42	1.22	1.29	1.62	1.07	1.32	1.13	1.00	3.00	1.05	1.23	1.16	1.23	1.33	1.07	1.04	1.19	1.57
Ration of A/U-ended codons(%)	84.62	61.45	76.92	63.07	84.62	81.54	98.46	76.92	69.23	84.62	87.69	73.85	46.15	78.46	64.61	83.82	78.46	83.07	93.85