Computational Clues of Immunogenic Hotspots in Plasmodium falciparum Erythrocytic Stage Vaccine Candidate Antigens: In Silico Approach

Table 5

Prediction of conformational B-cell epitopes in five modeled erythrocytic stage P. falciparum antigens (AMA1, CyRPA, MSP1, Rh5, and Sera5).

Protein	No.	Residues	No. of Residues	Score
AMA1	1	A:H200, A:K203, A:D204	3	0.985
	2	A:G107, A:N108, A:P109, A:W110, A:T111, A:E112, A:Y113, A:M114, A:K305, A:N306, A:L307, A:Q308, A:N309, A:A310, A:K311, A:G313, A:L314, A:W315, A:V316, A:D317, A:G318, A:N319, A:C320, A:E321, A:D322, A:I323, A:P324, A:H325, A:E328, A:F329, A:S330, A:A331, A:I332, A:D333, A:Y402, A:N403, A:T404, A:E405, A:T406, A:Q407, A:K408, A:N413, A:V414, A:K415, A:P416, A:T417, A:C418, A:L419, A:I420, A:N421, A:N422, A:S423, A:S424, A:Y425, A:I426, A:E436, A:V437	57	0.731
	3	A:P184, A:P185, A:T186, A:E187, A:P188, A:L189, A:M190, A:S191, A:P192, A:M193, A:T194, A:L195, A:D196, A:E197, A:M198, A:R199, A:F201, A:Y202, A:N205, A:K206, A:Y207, A:V208, A:K209, A:N210, A:L211, A:D212, A:D242, A:K243, A:D244, A:K245, A:K246, A:N286	32	0.699
	4	A:V169, A:A170, A:T171, A:G172, A:N173, A:Q174	6	0.673
	5	A:E136, A:V137, A:A138, A:G139, A:T140, A:Q141, A:N160, A:S161, A:N162, A:T163, A:T164, A:L176, A:K177, A:G179, A:G222, A:N223, A:M224, A:I225, A:P226, A:D227, A:N228, A:D229, A:K230, A:N231, A:S232, A:N233, A:N257, A:N258, A:G259, A:P260, A:R261, A:Y262, A:C263, A:N264, A:K265, A:D266, A:E267, A:S268, A:K269, A:R270, A:N271, A:S272, A:M273, A:F274, A:E354, A:Q355, A:H356, A:L357, A:T358, A:D359, A:Y360, A:E361, A:K368, A:N369, A:K370, A:N371, A:A372, A:S373, A:M374, A:I375, A:K376, A:S377, A:A378, A:F379, A:L380, A:P381, A:T382, A:G383, A:A384, A:F385, A:K386, A:A387, A:D388, A:R389, A:K391	75	0.672
	6	A:V326, A:N327, A:E410	3	0.636
CyRPA	1	A:K186, A:K188, A:D189, A:D190, A:N191, A:K192, A:K193, A:D194, A:D195, A:V213, A:K215, A:D217, A:N218, A:Y219, A:K220, A:L221, A:G222, A:V223, A:Q224, A:Y225, A:G244, A:D245, A:N246, A:I247, A:N248, A:N249, A:V250, A:T259, A:H260, A:E261, A:K262, A:D263, A:L264, A:E265, A:V267	35	0.743
	2	A:P184, A:Y185, A:F187	3	0.732
	3	A:R31, A:H32, A:V33, A:F34, A:R36, A:T37, A:E38, A:R271, A:D272, A:F273, A:L274, A:K275, A:D276, A:N277, A:K278, A:N287, A:D288, A:E289, A:N296, A:D297, A:N298, A:N299, A:F300, A:A301, A:E302, A:Y304, A:N308, A:N309, A:E310, A:N311, A:S312, A:I313, A:L314, A:K316, A:P317, A:E318, A:Y320, A:G321, A:N322, A:T323, A:T324, A:A325, A:G326, A:I335, A:D336, A:E337, A:N338, A:R339, A:T355, A:I356, A:Y357, A:Y358, A:A359, A:N360, A:Y361	55	0.696
	4	A:K170, A:I171, A:E172, A:N173, A:N235	5	0.694
	5	A:D67, A:L68, A:K69, A:G70, A:E71, A:E72, A:D73, A:E74, A:T75, A:H76, A:I88, A:T89, A:L90, A:N91, A:D92, A:L93, A:F94, A:K95, A:E96, A:T97, A:D98, A:L99, A:T100, A:G101, A:R102, A:D110, A:V111, A:E112, A:E113, A:E120, A:D121, A:E122, A:E123, A:F124, A:S125, A:N126, A:K128, A:K129, A:D130, A:M131, A:T132, A:Y137, A:S138, A:N139, A:D140, A:G141, A:K142, A:E143, A:Y144, A:N145, A:N146, A:S147, A:E148, A:I149, A:T150, A:I151, A:S152, A:D153	58	0.671
	6	A:K43, A:N44, A:N45, A:V46, A:P47, A:C48, A:V83, A:K84, A:D85, A:S86, A:S347, A:Q348, A:G349, A:I350, A:Y351	15	0.589
	7	A:R174, A:H202, A:D203, A:K204, A:G205, A:E206, A:T207, A:W208	8	0.582
MSP1	1	A:Q720, A:A721, A:G722, A:S723, A:A724, A:L725	6	0.806
	2	A:I430, A:N431, A:P432, A:F433, A:D434, A:Y435, A:E438, A:P439, A:S440, A:K441, A:N442, A:I443, A:Y444, A:T445, A:D446, A:N447, A:E448, A:R449, A:K450, A:K451, A:F452, A:I453, A:N454, A:E455, A:I456, A:K457, A:E458, A:K459, A:L547, A:K548, A:M550, A:E551, A:D552, A:Y553, A:S554, A:L555, A:R556, A:N557, A:I558, A:V559, A:V560, A:E561, A:K562, A:E563, A:L564, A:K565, A:Y566, A:Y567, A:K568, A:N569, A:L570, A:I571, A:S572, A:K573, A:I574, A:E575, A:N576, A:E577, A:I578, A:E579, A:T580, A:L581, A:V582, A:E583, A:N584, A:I585, A:K586, A:K587, A:D588, A:Q591, A:L592, A:E594, A:K595, A:K596, A:I597, A:T598, A:K599, A:D600, A:E601, A:N602, A:K603, A:P604, A:D605, A:E606, A:K607, A:I608, A:L609, A:E610, A:V611, A:S612, A:D613, A:I614, A:V615, A:K616, A:V617, A:Q618, A:V619, A:Q620, A:K621, A:V622, A:L623, A:L624, A:M625, A:N626, A:K627, A:I628, A:D629, A:E630, A:L631, A:K632, A:T634, A:Q635, A:I637, A:L638, A:V641, A:E642, A:K644, A:H645, A:N646, A:M852, A:E853, A:I854, A:Y855, A:E856, A:K857, A:E858, A:M859, A:V860	128	0.759
	3	A:K689, A:K690, A:N691, A:I692, A:K693, A:T694, A:E695, A:G696, A:Q697, A:S698, A:D699, A:N700, A:S701, A:E702, A:P703, A:S704, A:T705, A:E706, A:G707, A:E708, A:I709, A:T710, A:G711, A:Q712, A:A713, A:T714, A:T715, A:K716, A:P717, A:G718, A:Q719, A:E726, A:G727, A:D728, A:S729, A:V730, A:Q731, A:A732, A:Q733, A:A734, A:Q735, A:E736, A:Q737, A:K738, A:Q739, A:A740, A:Q741, A:P742, A:P743, A:V744, A:P745, A:V746, A:P747, A:V748, A:P749, A:E750, A:A751, A:K752, A:A753, A:Q754, A:V755, A:P756, A:T757, A:P758, A:P759, A:A760, A:P761, A:V762, A:N763, A:N764, A:K765, A:T766, A:E767, A:N768, A:V769	75	0.756
	4	A:M51, A:V52, A:L53, A:N54, A:E55, A:G56, A:T57, A:S58, A:G59, A:T60, A:A61, A:V62, A:T63, A:T64, A:S65, A:T66, A:P67, A:G68, A:S69, A:K70, A:G71, A:S72, A:V73, A:A74, A:S75, A:G76, A:G77, A:S78, A:G79, A:G80, A:S81, A:V82, A:A83, A:S84, A:G85, A:G86, A:S87, A:V88, A:A89, A:S90, A:G91, A:G92, A:S93, A:V94, A:A95, A:S96, A:G97, A:G98, A:S99, A:V100, A:A101, A:S102, A:G103, A:G104, A:S105, A:G106, A:N107, A:S108, A:R109, A:R110, A:T111, A:N112, A:P113, A:S114, A:D115, A:N116, A:S117, A:S118, A:D119, A:S120, A:D121, A:A122, A:K123, A:S124, A:Y125, A:T156, A:L157, A:C158, A:D159, A:N160, A:I161, A:H162, A:G163, A:K165, A:Y166, A:D233, A:N234, A:V235, A:G236, A:K237, A:E239, A:D240, A:I242, A:K243, A:K244, A:N245, A:K246, A:K247, A:T248, A:I249, A:E250, A:N251, A:I252, A:N253, A:E254, A:L255, A:I256, A:E257, A:E258, A:S259, A:K260, A:K261, A:T262, A:I263, A:D264, A:K265, A:N266, A:K267, A:N268, A:A269, A:T270, A:K271, A:E272, A:E273, A:E274, A:K275, A:K276, A:K277, A:L278, A:Y279, A:Q280, A:A281, A:Q282, A:D284, A:L285, A:Y288, A:I306, A:L309, A:K311, A:N312, A:E313, A:N314, A:I315, A:K316, A:E317, A:L318, A:L319, A:D320, A:K321, A:I322, A:N323, A:E324, A:I325, A:K326, A:N327, A:P328, A:P329, A:P330, A:A331, A:N332, A:S333, A:G334, A:N335, A:T336, A:P337, A:N338, A:T339, A:L340, A:L341, A:D342, A:K343, A:N344, A:K345, A:K346, A:I347, A:E348, A:E349, A:H350, A:E351, A:K352, A:E353, A:I354, A:E356, A:I357, A:D505	185	0.737
	5	A:I460, A:K461, A:I462, A:E463, A:K464, A:K465, A:K466, A:I467, A:E468, A:S469, A:D470, A:K471, A:K472, A:S473, A:Y474, A:E475, A:D476, A:R477, A:S478, A:K479, A:S480, A:N482, A:D483	23	0.62
Rh5	1	A:K247, A:D249, A:S251, A:Y252, A:Y254, A:D255, A:I256, A:S257, A:E258, A:E259, A:I260, A:D261, A:D262, A:K263, A:S264, A:E265, A:E266, A:T267, A:D268, A:D269, A:E270, A:T271, A:E272, A:E273, A:V274, A:E275, A:D276, A:S277, A:I278, A:Q279, A:D280, A:T281, A:D282, A:S283, A:N284, A:H285, A:T286, A:P287, A:S288, A:N289, A:K290, A:K291, A:K292, A:N293, A:D294, A:L295, A:M296, A:N297	48	0.822
	2	A:Y242, A:N375, A:N377, A:K378, A:L380, A:S381, A:D382, A:T384, A:N385, A:I386, A:L387, A:Q388, A:Q389, A:S390, A:E391, A:L392, A:L393, A:L394, A:T395, A:N396, A:L397, A:N398, A:K399, A:K400, A:M401, A:F494, A:H495, A:H496, A:L497, A:I498, A:Y499, A:V500, A:L501, A:Q502, A:M503, A:K504	36	0.757
	3	A:S192, A:I193, A:Y194, A:H195, A:K196, A:S197, A:S198, A:T199, A:Y200, A:G201, A:K202, A:C203, A:I204, A:A205, A:V206, A:D207, A:A208, A:F209, A:K211, A:K212, A:E215, A:K327, A:M330, A:D331, A:K333, A:N334, A:Y335, A:T337, A:N338, A:L339, A:F340, A:E341, A:Q342, A:L343, A:S344, A:C345, A:Y346, A:N347, A:N348, A:N349, A:F350, A:C351, A:N352, A:T353, A:N354, A:R357, A:Y358, A:E362, A:Y363, A:K436, A:I437, A:Q439, A:D440, A:K441, A:I442, A:K443, A:L444, A:N445, A:I446, A:W447, A:R448, A:T449, A:F450, A:Q451, A:K452, A:D453, A:E454, A:L455, A:L456, A:K457, A:R458	71	0.688
	4	A:K316, A:K319, A:N320, A:H321, A:E322, A:N323, A:D324, A:N326	8	0.62
	5	A:D361, A:H365, A:L369, A:K372	4	0.592
	6	A:G402, A:S403, A:Y404	3	0.55
Sera5	1	A:D393, A:D394, A:D395, A:E396, A:D397, A:D398, A:Y399, A:T400, A:E401	9	0.784
	2	A:Y402, A:K403, A:T405, A:E406, A:S407, A:I408, A:D409, A:N410, A:I411, A:L412, A:V413, A:K414, A:M415, A:F416, A:K417, A:T418, A:N419, A:E420, A:N421, A:N422, A:D423, A:K424, A:S425, A:E426, A:L427, A:I428, A:K429, A:L430, A:E431, A:E432, A:V433, A:D434, A:D435, A:S436, A:L437, A:K438, A:L439, A:E440, A:L441, A:M442, A:N443, A:C445, A:S446, A:L447, A:K449, A:D450, A:G461, A:M462, A:G463, A:N464, A:E465, A:M466, A:D467, A:I468, A:F469, A:N470, A:K473, A:F491, A:L498, A:K499	60	0.778
	3	A:E515, A:L516, A:N517, A:Y518, A:D519, A:L520, A:E521, A:Y522, A:F523, A:N524, A:E525, A:H526, A:L527, A:Y528, A:N529, A:D530, A:K531, A:N532, A:S533, A:P534, A:E535, A:D536, A:K537, A:D538, A:N539, A:K540, A:G541, A:K542, A:G543, A:V544, A:V545, A:H546, A:V547, A:D548, A:T549, A:T550, A:L551, A:D555, A:T556, A:L557, A:S558, A:Y559, A:D560, A:N561, A:S562, A:D563, A:N564, A:M565, A:F566, A:C567, A:N568, A:K569, A:E570, A:D577, A:E578, A:N579, A:N580, A:M611, A:K612, A:G613, A:Y614, A:E615, A:P616, A:T617, A:S620, A:Y623, A:N626, A:C627, A:Y628, A:K629, A:G630, A:E631, A:H632, A:K633, A:D634, A:R635, A:C636, A:D637, A:E638, A:Q647, A:E650, A:D651, A:Y652, A:G653, A:F654, A:L655, A:P656, A:A657, A:E658, A:S659, A:N660, A:Y661, A:P662, A:N664, A:V666, A:K667, A:V668, A:G669, A:E670, A:Q671, A:C672, A:P673, A:K674, A:V675, A:E676, A:D677, A:H678, A:W679, A:M680, A:N681, A:L682, A:W683, A:D684, A:N685, A:G686, A:K687, A:I688, A:L689, A:H690, A:N691, A:K692, A:N693, A:E694, A:P695, A:N696, A:S697, A:K701, A:R710, A:N714, A:D716, A:K720, A:N771, A:Y772, A:V773, A:N774, A:S775, A:E776, A:G777, A:E778, A:K779, A:K780, A:N821, A:V822, A:D823, A:L824, A:P825, A:M826, A:N827	148	0.692
	4	A:N753, A:C755, A:G805, A:P806, A:T807, A:H808, A:C809, A:H810, A:F811	9	0.564
	5	A:S480, A:E481, A:E482, A:N483, A:I484	5	0.553