Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology

Research Article

Polymorphism of E6 and E7 Genes in Human Papillomavirus Types 31 and 33 in Northeast China

Table 2

Nucleotide sequence mutations of HPV31E6.


Category	Nucleotide position																									n (151)	Lineage
Category	11	21	27	69	81	90	141	154	178	190	202	207	213	219	297	321	331	368	375	383	391	409	413	430	439	n (151)	Lineage

Reference J04353.1	A	A	T	C	A	T	T	A	C	A	A	T	A	A	G	A	T	A	C	T	A	A	C	C	A		A
HPV31E601	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16	A
HPV31E602	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	G	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	21	C
HPV31E603	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	2	C
HPV31E604	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	29	C
HPV31E605	—	—	—	—	—	—	C	—	—	G	—	—	T	—	—	—	—	G	—	—	—	—	T	—	—	6	B
HPV31E606	—	—	—	T	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49	A
HPV31E607	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	G	—	—	—	—	—	G	T	—	—	1	C
HPV31E608	—	—	—	—	—	—	—	C	—	G	—	—	T	—	—	—	—	G	—	—	—	—	T	—	—	9	B
HPV31E609	—	—	—	T	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	—	—	—	1	A
HPV31E610	—	—	—	—	G	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	G	1	C
HPV31E611	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	G	A	G	—	—	T	—	—	—	T	—	—	1	C
HPV31E612	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	G	C	—	—	—	—	—	T	—	—	1	C
HPV31E613	—	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	—	A	G	—	—	—	C	—	—	T	—	—	1	C
HPV31E614	—	—	—	—	—	C	—	—	T	—	—	—	T	G	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	1	C
HPV31E615	—	—	A	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6	A
HPV31E616	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	C	T	G	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	1	C
HPV31E617	—	—	—	T	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	1	A
HPV31E618	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	—	—	T	G	A	G	—	—	—	—	C	—	T	—	—	1	C
HPV31E619	—	—	—	—	—	—	—	—	T	—	C	—	T	G	A	G	—	—	—	—	—	—	T	—	—	2	C
HPV31E620	C	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1	A
aa mutation	Amino acid position
aa mutation	4	7	9	23	27	30	47	52	60	64	68	69	71	73	99	107	111	123	125	128	131	137	138	144	147
Reference J04353.1	N	E	P	Y	R	C	F	I	H	T	R	F	S	V	L	Q	C	K	F	I	R	I	A	R	T
	T	—	—	—	—	—	—	L	Y	A	—	—	—	—	—	—	R	R	—	T	—	V	V	C	A
Protein secondary structure	C							E	E	H							C	C		E		C	C	C	C

Dashes (−) represent that nucleotides are identical to the reference sequence. Nucleotide mutations are presented by the corresponding letters. aa, amino acid. “n” represents the number of each species among the samples examined. C, random coil; E, extended strand; H, alpha helix.