International Journal of Genomics / 2009 / Article / Tab 2 / Research Article
The Analysis of Multiple Genome Comparisons in Genus Escherichia and Its Application to the Discovery of Uncharacterised Metabolic Genes in Uropathogenic Escherichia coli CFT073 Table 2 Synteny conservation of sets of adjacent colinear genes in 18 sequenced strains of genus
Escherichia ; all these sets of genes are present in
E. coli CFT073. Those genes which are part of genomic islands, as identified in [
18 ], are marked with an asterisk.
SAC no. Gene c numbers No. of genes Putative function E. coli F11E. coli 536E. coli UTI89E. coli E2348E. coli O42E. coli B171E. coli E24377AE. coli E22E. coli B7AE. coli E110019E. coli 53638S. sonnei 53GE. coli HSE. coli K12 MG1655E. coli O157H7E. coli O157:H7 EDL933 E. coli SMS-3-5S. flexneri 2a str. 201S. dysenteriae Sd197 1 c0317 c0323 7 Polysaccharide biosynthesis* − − − − − − − − − − − − − − − − − − − 2 c0330 c0333 4 Fucose metabolism + + − + − − − − − − − − − − − − − − − 3 c0409 c0415 7 2,5-diketo-D-gluconic acid metabolism + + + + + − − − − − − − − − − − + − − 4 c0757 c0765 9 Chorismate biosynthesis + + + + − − − − − − − − − − − − − − − 5 c1955 c1960 6 PTS system, cellobiose specific − − + − − + + + + + + − + − − − + − − 6 c3405 c3410 6 PTS system, maltose/glucose specific* + + + + − − − − − − − − − − − − + − − 7 c3750 c3756 7 5- or 6-carbon sugar metabolism + + + + − − − − − − − − − − − − + − − 8 c4013 c4018 6 Carbohydrate metabolism + + + − − − − − − − − − − − − − − − − 9 c4276 c4280 5 PTS system, galactitol specific − − + − + + − + − − + − − − + + + − − 10 c4481 c4488 8 PTS system, fructose specific + + + + − − − − − − − − − − − − − − − 11 c4756 c4759 4 PTS system, glucose specific + + + + − − − − − − − − − − − − − − − 12 c4760 c4780 21 Entner-Doudoroff pathway + + + − − − − − − − − − − − − − − − − 13 c4828 c4830 3 Shikimate metabolism + + + + − − − − − + − + + − − − − − − 14 c4924 c4926 3 Citrate metabolism + + + + − − − − − − − − − − − − − − − 15 c4981 c4987 7 L-sorbose metabolism + + + + + − − − − − − + − − + + + + − 16 c5020 c5025 6 3-ketoacid metabolism − − + − − − − − − − − − − − − − − − − 17 c5030 c5041 12 2-oxoglutarate metabolism + + + + − − − − − − − − − − − − − − − 18 c5298 c5303 6 3-ketoacid metabolism + + + + − + + + + + + − + − − − + − − 19 c5346 c5351 5 Arginine metabolism + + + − − − − − − − − − − − − − − − −