Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis

Table 10

Top 33 canine pathways selected in the random forests under uniform weight and RWM scheme.

Index	Uniform weight				RWM scheme
	Rank	PID	No. of genes	OOB (%)	Rank	PID	No. of genes	OOB (%)
1	1	274	4	0.03	1	39	9	0.00
2	1	354	6	0.03	2	17	8	0.03
3	1	378	15	0.03	2	45	40	0.03
4	1	395	14	0.03	2	182	5	0.03
5	5	17	8	0.07	2	220	7	0.03
6	5	73	5	0.07	2	274	4	0.03
7	5	100	18	0.07	2	289	13	0.03
8	5	151	8	0.07	2	354	6	0.03
9	5	239	9	0.07	2	368	19	0.03
10	5	287	15	0.07	2	378	15	0.03
11	5	330	14	0.07	2	395	14	0.03
12	5	339	19	0.07	2	440	59	0.03
13	5	349	68	0.07	13	24	7	0.07
14	5	368	19	0.07	13	40	4	0.07
15	15	39	9	0.10	13	59	14	0.07
16	15	89	22	0.10	13	73	5	0.07
17	15	117	10	0.10	13	100	18	0.07
18	15	129	7	0.10	13	117	10	0.07
19	15	147	11	0.10	13	151	8	0.07
20	15	156	4	0.10	13	154	16	0.07
21	15	171	12	0.10	13	156	4	0.07
22	15	173	46	0.10	13	162	18	0.07
23	15	175	34	0.10	13	202	27	0.07
24	15	202	27	0.10	13	204	10	0.07
25	15	223	4	0.10	13	223	4	0.07
26	15	230	3	0.10	13	229	6	0.07
27	15	280	17	0.10	13	234	8	0.07
28	15	281	32	0.10	13	239	9	0.07
29	15	289	13	0.10	13	264	15	0.07
30	15	326	11	0.10	13	269	7	0.07
31	15	380	25	0.10	13	280	17	0.07
32	15	391	7	0.10	13	326	11	0.07
33	15	436	6	0.10	13	330	14	0.07
Total			522	2.79			431	1.83
Average			16	0.08			13	0.06