In Silico Identification, Phylogenetic and Bioinformatic Analysis of Argonaute Genes in Plants

Table 1

Genomic characteristic and number of the Argonaute proteins and levels of alternative transcripts in the plants were studied.

Family	Species	Number of chromosome	Genome size	Transcripts	Loci	Database	Number of Argonaute	Number of alternative transcripts related to AGO protein
Fabidae	Manihot esculenta	18	533	34,151	30,666		13	AGO9 (2)
	Ricinus communis	10	400	31221	—		9
	Linum usitatissimum	15	318.3	43,484	26,374		18
	Populus trichocarpa	19	403	45033	40668		15
	Medicago truncatula	8	241	53423	50962		9	AGO5 (3)
	Phaseolus vulgaris	11	486.9	—	26,374		14	AGO4 (2), AGO7 (2), AGO11 (2), AGO13 (2)
	Glycine max	20	975	—	66,153		21	AGO2 (2), AGO3 (3), AGO4 (2), AGO11 (2), AGO13 (2), AGO15 (2), AGO18 (4), AGO19 (3), AGO20 (2)
	Cucumis sativus	7	203	32528	21491		7	AGO1 (2), AGO2 (4), AGO3 (5), AGO5 (3), AGO6 (3)
	Prunus persica	8	227.3	28702	27864		11	AGO7 (2)
	Malus domestica	17	881.3	63,541	26,374		15
	Fragaria vesca	7	240	32,831	32,831		12
Malvidae	Arabidopsis thaliana	5	135	35386	27416		10	AGO4 (2), AGO1 (3), AGO10 (2)
	Arabidopsis lyrata	8	207	32670	—		10
	Capsella rubella	8	134.8	—	26,521		10
	Brassica rapa	10	283.8	63,541	26,374		13
	Thellungiella halophila	7	243.1		26,351		9	AGO3 (3)
	Carica papaya	9	135	27796	27332	JGI	6
	Gossypium raimondii	13	880	—	—		13	AGO1 (2), AGO3 (2), AGO4 (2), AGO5 (8), AGO8 (3), AGO9 (7), AGO10 (3), AGO11 (6), AGO12 (2), AGO13 (5),
	Theobroma cacao	10	346	—	29,452		11	AGO1 (5), AGO3 (3), AGO6 (2), AGO7 (2), AGO9 (4), AGO10 (6)
	Citrus sinensis	9	319	46,147	25,376		10	AGO4 (4), AGO5 (2), AGO7 (5), AGO9 (7)
	Citrus clementina	9	296	35,976	25,385		15	AGO6 (2), AGO14 (3),
	Eucalyptus grandis	11	691		36,376		14	AGO1 (3), AGO9 (3), AGO11 (3), AGO14 (2),
Other plants	Vitis vinifera	19	487	26346	26346		15
	Solanum tuberosum	12	800	51470	35,119		11	AGO1 (2), AGO2 (2), AGO3 (4), AGO4 (3), AGO6 (2), AGO8 (2),
	Solanum lycopersicum	12	900	34,727	34,727		15
	Mimulus guttatus	7	321	28282	26718		13
	Aquilegia coerulea	7	302	41063	24,823		18	AGO1 (4), AGO2 (6), AGO3 (6), AGO4 (4), AGO7 (2), AGO8 (4), AGO9 (5), AGO10 (3), AGO11 (7), AGO13 (4), AGO15 (17), AGO16 (7), AGO17 (4), AGO18 (11)
Grass	Sorghum bicolor	10	698	36338	34,496		14	AGO7 (2)
	Zea mays	10	2500	—	—		16	AGO2 (3), AGO3 (3), AGO6 (2), AGO7 (2), AGO16 (3)
	Setaria italica	9	405.7	40599	35,471		15	AGO9 (2), AGO10 (2)
	Panicum virgatum	7	1,358	—	4,193		24	AGO7 (2), AGO8 (2)
	Oryza sativa	12	372	66338	55,986		15	AGO2 (2), AGO3 (2), AGO5 (4), AGO12 (2), AGO14 (2), AGO3 (2),
	Brachypodium distachyon	5	272	31029	26,552		16	AGO11 (2), AGO12 (3)