International Journal of Microbiology / 2009 / Article / Tab 1 / Research Article
Comprehensive and Rapid Real-Time PCR Analysis of 21 Foodborne Outbreaks Table 1 Bacterial strains assayed by SYBR Green I PCR
Bacterial strains Source
s
e
PCR results with each primer set (see Table 2 ) eae JMS1 JMS2 LT STa EAST-1 aggR-Z virA Styinva yadA-X PAG PSG AB CC ceuE hlyA tdh trh AHH1 FemB ces-TM SG GAP Escherichia coli -EPECO55(eaeA )EC-273
6
b
+ − − − − − − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -EPEC
O153 (eaeA and astA )EC-264
9
b
+ − − − − + − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -EHEC O26:H11(Stx1 )SE-02005 + + − − − − − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -EHEC O157:H7 (Stx2 )SE020025 + − + − − − − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -EHEC O157:H7
(Stx1 and Stx2 )SE-02027 + + + − − − − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -ETEC O148
(LT, ST and astA )EC-351
5
b
− − − + + + − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -ETEC O169
(ST and astA )EC-472
5
b
− − − − + + − − − − − − − − − − − − − − − − E. coli- EAEC O111 (aggR and astA )EC-413
1
b
− − − − − + + − − − − − − − − − − − − − − − E. coli -EIEC O124:HNM (virA )EA3
2
a
− − − − − − − + − − − − − − − − − − − − − − Shigella sonnei I00031 − − − − − − − + − − − − − − − − − − − − − − Salmonella EnteritidisSal-2339 − − − − − − − − + − − − − − − − − − − − − − Yersinia enterocolitica O3/B4Pa241 − − − − − − − − − + − − − − − − − − − − − − Y. pseudotuberculosis O4bSP988 − − − − − − − − − + − − − − − − − − − − − − Providencia alcalifaciens NIID12
4
C
− − − − − − − − − − + − − − − − − − − − − − Plesiomonas shigelloides NIID12
3
C
− − − − − − − − − − − + − − − − − − − − − − Campylobacter jejuni SC 009 − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − − − Campylobacter coli SC 011 − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − − Vibrio cholerae O1ATCC14035 − − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − V. cholerae O139NIID63-9
3
C
− − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − V. cholerae non- O1SVP84 − − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − − V. parahaemoliticus O3:K6 (tdh)SVP02 − − − − − − − − − − − − − − − + − − − − − − V. parahaemoliticus O3:K6 (trh)NIIDK
4
C
− − − − − − − − − − − − − − − − + − − − − − Aeromonas hydrophila O1ATCC7966 − − − − − − − − − − − − − − − − − + − − − − Staphylococcus aureus SS 0
5
e
− − − − − − − − − − − − − − − − − − + − − − Emetic Bacillus cereus No.12
7
e
− − − − − − − − − − − − − − − − − − − + + − Enterotoxigenic B. cereus No.
1
e
− − − − − − − − − − − − − − − − − − − − + − Clostridium perfringens H
2
d
− − − − − − − − − − − − − − − − − − − − − +
Strain kindly donated by K. Sugiyam
a
a
,
Shizuoka Prefectural Institute of Public Health, Shizuoka; J. Yatsuyanag
i
b
, Akita
Prefectural Institute of Public Health, Akita; M. Tamura and E. Arakaw
a
c
,
f
O
ther strains except for ATCC numbers are our own
collections.