| Primers | Sequences (5′–3′) | Cycles | Initial denaturation | Cycling | Final extension | Length (bp) | References |
| 23S rRNA | F: CAGCCTGCGAAAAGTA R: TTAAGCTTGCCACGAAC | 30 | 5 min, 95°C | 30 s, 94°C; 45 s, 54°C; 1 min, 72°C | 7 min, 72°C | 520 | [16] |
| smf-1 | F: GGAAGGTATGTCCGAGTCCG R: GCGGGTACGGCTACGATCAGTT | 30 | 5 min, 95°C | 45 s, 94°C; 45 s, 62°C; 45 s, 72°C | 7 min, 72°C | 674 | [16] |
| rmlA | F: GCAAGGTCATCGACCTGG R: TTGCCGTCGTAGAAGTACAGG | 30 | 5 min, 95°C | 20 s, 94°C; 20 s, 60°C; 30 s, 72°C | 10 min, 72°C | 82 | [16] |
| spgM | F: GCTTCATCGAGGGCTACTACC R: ATGCACGATCTTGCCGC | 30 | 5 min, 95°C | 20 s, 94°C; 20 s, 60°C; 30 s, 72°C | 10 min, 72°C | 80 | [16] |
| rpfF | F: CTGGTCGACATCGTGGTG R: TGATCCGCATCATTTCATGC | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 59°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 151 | [16] |
| L1 | F: AGCCGTTAAAATTAAGCCC R: CTTGATTGAAGGGTTGGGCG | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 56°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 909 | [11] |
| L2 | F: CGATTCCTGC AGTTCAGT R: CGGTTACCTC ATCCGATC | 36 | 5 min, 94°C | 30 s, 94°C; 30 s, 55°C; 30 s, 72°C | 5 min, 72°C | 870 | [17] |
| sul1 | F: ATGGTGACGGTGTTCGGCATTCTGA R: CTAGGCATGATCTAACCCTCGGTC | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 62°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 840 | [11] |
| sul2 | F: GAAGCGCAGCCGCAATTCAT R: CCTGTTTCGTCCGACACAGA | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 60°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 435 | [11] |
| sul3 | F: GAGCAAGATTTTTGGAATCG R: CATCTGCAGCTAACCTAGGGCTTTGGA | 30 | 5 min, 94°C | 60 s, 94°C; 60 s, 55°C; 1 min, 72°C | 7 min, 72°C | 799 | [18] |
| Smqnr | F: ACACAGAACGGCTGGACTGC R: TTCAACGACGTGGAGCTGT | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 59°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 818 | [19] |
| dfrA13 | F: CTCATCTGCTGGCTATCTCA R: GAAACTATCACTAATGGCAGC | 36 | 5 min, 94°C | 45 s, 94°C; 45 s, 59°C; 45 s, 72°C | 5 min, 72°C | 641 | [20] |
|
|