Research Article

Evolutionary History and Taxonomic Reclassification of the Critically Endangered Daggernose Shark, a Species Endemic to the Western Atlantic

Table 1

Species used for phylogenetic analyses with the GenBank code for each employed marker.

Family/genusSpecies
mtDNAnuDNA
COI (GenBank)12S16S (GenBank)ND4 (GenBank)RAG1 (GenBank)

Carcharhinidae
Carcharhinus
C. acronotus (OK092567)C. acronotus (OK169912)C. acronotus (OK094394)C. acronotus (OK104478)
C. falciformis (FJ519607)C. falciformis (OK169913)C. falciformis (OK094395)C. falciformis (OK104479)
C. leucas (OK092568)C. leucas (OK169914)C. leucas (OK094396)C. leucas (OK104480)
C. limbatus (OK092569)C. limbatus (OK169915)C. limbatus (OK094397)C. limbatus (OK104481)
C. perezi (MH9111298)C. perezi (OK169916)C. perezi (OK094398)C. perezi (OK104482)
C. plumbeus (FJ519154)C. plumbeus (OK169917)C. plumbeus (OK094399)C. plumbeus (OK104483)
C. porosus (OK092570)C. porosus (OK169918)C. porosus (OK094400)C. porosus (OK104484)
C. albimarginatus (HQ171610)
C. altimus (FJ519046)C. altimus (AY830722)C. altimus (HM446375)
C. amblyrhynchoides (GQ227287)C. amblyrhynchoides (NC023948)C. amblyrhynchoides (GQ227276)
C. amblyrhynchos (KP193415)C. amblyrhynchos (KX713064)
C. amboinensis (JF493047)C. amboinensis (KM921745)C. amboinensis (HM446377)
C. brachyurus (FJ519061)
C. brevipinna (KM244770)C. brevipinna (AY830723)C. brevipinna (HM446389)
C. cautus (EU398605)
C. coatesi (JN313265)
C. dussumieri (FJ519078)C. dussumieri (GQ227279)
C. fitzroyensis (KU366616)C. fitzroyensis (HM446402)
C. galapagensis (FJ519090)
C. isodon (FJ519104)C. isodon (AY830727)
C. leiodon (JN034903)
C. longimanus (EU396227)C. longimanus (AY830733)
C. macloti (EU398629)C. macloti (KJ865755)C. macloti (HM446410)
C. melanopterus (FJ519127)C. melanopterus (KJ720818)
C. obscurus (KC470543)C. obscurus (AY830737)C. obscurus (KJ004551)
C. sealei (EU398644)
C. signatus (MH911151)C. signatus (AY830744)
C. sorrah (NC023521)C. sorrah (KF612341)C. sorrah (HM446413)
C. tilstoni (GQ227285)C. tilstoni (HM446458)
C. tjutjot (KP091436)C. tjutjot (KP091436)
GlyphisG. fowlerae (KT698062)G. fowlerae (KT698062)G. fowlerae (KT698062)
G. gangeticus (KT698058)G. gangeticus (KT698058)G. gangeticus (KT698058)
G. garricki (KT698059)G. garricki (KT698059)G. garricki (KT698059)
G. glyphis (KT698055)G. glyphis (KT698055)G. glyphis (NC021768)
G. siamensis (KT698052)G. siamensis (KT698052)G. siamensis (KT698052)
LamiopsisL. temminckii (KT698048)L. temminckii (KT698048)L. temminckii (KT698048)
L. tephrodes (KT698047)L. tephrodes (KT698047)L. tephrodes (KT698047)
NegaprionN. acutidens (KP193438)
N. brevirostris (FJ519235)N. brevirostris (AY830756)
PrionaceP. glauca (NC0222819)P. glauca (OK169919)P. glauca (OK094401)P. glauca (OK104485)
IsogomphodonI. oxyrhynchus (OK092571)I. oxyrhynchus (OK169920)I. oxyrhynchus (OK094402)I. oxyrhynchus (OK104486)
RhizoprionodonR. acutus (FJ519253)R. acutus (HQ530209)
R. lalandii (FJ519255)R. lalandii (OK169921)R. lalandii (OK094403)R. lalandii (OK104487)
R. oligolinx (MH429295)
R. porosus (OK092572)R. porosus (OK169922)R. porosus (OK094404)R. porosus (OK104488)
R. taylori (EU399001)
R. terraenovae (FJ519275)R. terraenovae (AY830763)
LoxodonL. macrorhinus (HQ171691)L. macrorhinus (NC029843)L. macrorhinus (NC029843)
TriaenodonT. obesus (FJ519288)T. obesus (KJ748376)T. obesus (KJ748376)
ScoliodonS. laticaudus (NC042504)S. laticaudus (NC042504)S. laticaudus (NC042504)
S. macrorhynchos (NC018052)S. macrorhynchos (NC018052)S. macrorhynchos (NC018052)
GaleocerdoG. cuvier (OK092573)G. cuvier (OK169923)G. cuvier (OK094405)G. cuvier (OK104489)
Sphyrnidae
Sphyrna
S. tudes (OK092574)S. tudes (OK169924)S. tudes (OK094406)S. tudes (OK104492)
S. mokarran (OK092576)S. mokarran (OK169926)S. mokarran (OK094408)S. mokarran (OK104491)
S. lewini (OK092577)S. lewini (OK169927)S. lewini (OK094409)S. lewini (OK104490)
S. tiburo (OK092575)S. tiburo (OK169925)S. tiburo (OK094407)S. tiburo (OK104493)
S. zygaena (OK092578)S. zygaena (OK169928)S. zygaena (OK094410)S. zygaena (OK104494)
Triakidae
Mustelus
M. mustelus (JN641215)M. mustelus (KU523365)
M. higmani (OK092579)M. higmani (OK169929)M. higmani (OK094411)M. higmani (OK104495)
Scyliorhinidae
Scyliorhinus
S. canicula (Y16067)S. canicula (Y16067)S. canicula (Y16067)
S. torazame (AP019520)S. torazame (AP019520)S. torazame (AP019520)

mtDNA: mitochondrial DNA; nuDNA: nuclear DNA; COI: cytochrome oxidase subunit I; 12S16S: region comprising the 12S rRNA, tRNA valine, and 16S rRNA genes; ND4: NADH dehydrogenase subunit 4; RAG1: recombinant activation gene 1. The GenBank codes in bold are from specimens sampled in this study.