An Improved Scoring Matrix for Multiple Sequence Alignment

Table 4

The second-level of JWM for 16 OxyR-binding sequences.

	−7	−5	−3	−1	1	3
AA	0.0469	0.2109	0.0469	0.0977	0.0273	0.0469
AC	0.0469	0.1055	0.1172	0.0391	0.0117	0.0313
AT	0.1094	0.1406	0.1406	0.0781	0.0156	0.0313
AG	0.0469	0.1055	0.0703	0.0977	0.0078	0.0156
CA	0.0586	0.0234	0.0313	0.0781	0.1641	0.2109
CC	0.0586	0.0117	0.0781	0.0313	0.0703	0.1406
CT	0.1367	0.0156	0.0938	0.0625	0.0938	0.1406
CG	0.0586	0.0117	0.0469	0.0781	0.0469	0.0703
TA	0.0586	0.1172	0.0391	0.0781	0.2188	0.0469
TC	0.0586	0.0586	0.0977	0.0313	0.0938	0.0313
TT	0.1367	0.0781	0.1172	0.0625	0.1250	0.0313
TG	0.0586	0.0586	0.0586	0.0781	0.0625	0.0156
GA	0.0234	0.0234	0.0078	0.0586	0.0273	0.0703
GC	0.0234	0.0117	0.0195	0.0234	0.0117	0.0469
GT	0.0547	0.0156	0.0234	0.0469	0.0156	0.0469
GG	0.0234	0.0117	0.0117	0.0586	0.0078	0.0234