Review Article
Genomic Structure and Variation of Nuclear Factor (Erythroid-Derived 2)-Like 2
Table 5
Mouse upstream and exon variations of Nfe2l2 locus in 17 inbred strains. Reference sequence is C57BL/6J (B6, strain 1) genome (GI: 149338249, 75547698–75513576). SNP allele and genotypes are shown as chromosome contig sequence. Strains 2: 129S1/SvlmJ, 3: A/J, 4: AKR/J, 5: BALB/cJ, 6: C3H/HeJ, 7: C57BL6/NJ, 8: CAST/EiJ, 9: CBA/J, 10: DBA/2J, 11: FVB/NJ, 12: LP/J, 13: NOD/ShiLtJ, 14: NZO/HILtJ, 15: PWK/PhJ, 16: SPRET/EiJ, 17: WSB/EiJ.
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Sequence variations in mouse Nrf2 were obtained from Mouse Phenome Database (http://phenome.jax.org/SNP) and NCBI SNP database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP). NCBI reference sequence is Mus Musculus strain C57BL/6J chromosome 2, GRCm38.p1 (NC_000068.7, GI: 372099108. 75,704,641–75,675,519,29,123 bp). Total 968 genetic mutations are reported in Nrf2 gene and 5 kb upstream (≥75,704,642; −1) and 2 kb downstream (≤75,675,512) sequences as of January 2003. All SNPs and alleles are presented as genomic contig (reversed sequence indicated). Exon 1: 75,704,641–75,704,364 (278 bp, TTS = 75,704,408), exon 2: 75,679,431–75,679,165 (267 bp), exon 3: 75,678,579–75,678,490 (90 bp), exon 4: 75,677,713–75,677,546 (168 bp), and exon 5: 75,677,184–75,678,849 (1,666 bp). Protein amino acid (aa) residues in NP_006155.2 (597 aa). Cs: coding-synonymous. Cns: coding-nonsynonymous. Amino acid A-alanine, D-aspartic acid, E-glutamic acid, F-phenylalanine, G-glycine, H-histidine, I-isoleucine, L-leucine, and M-methionine. N-asparagine, P-proline, Q-glutamine, R-arginine, S-serine, T-threonine, and V-valine. Errors in databases fixed. NC: not confirmed. |