Evaluation of Allele Frequency Estimation Using Pooled Sequencing Data Simulation

Table 1

Allele balance for 3 independent datasets.

Dataset	Sample	Min.	1st Qu.	Median	Mean	3rd Qu.	Max.	Mean 95% conf. lo.	Mean 95% conf. hi.
	1055QC0003	0.091	0.423	0.48	0.48	0.536	0.862	0.476	0.483
	1055QC0004	0.1	0.427	0.477	0.48	0.53	0.826	0.477	0.483
	1055QC0005	0.046	0.429	0.481	0.482	0.536	0.939	0.479	0.486
	1055QC0006	0.1	0.418	0.478	0.481	0.542	0.909	0.477	0.485
	1055QC0007	0.156	0.417	0.476	0.475	0.536	0.879	0.472	0.479
	1055QC0008	0.148	0.421	0.481	0.482	0.542	0.905	0.479	0.486
	1055QC0009	0.148	0.422	0.478	0.48	0.536	0.963	0.476	0.483
	1055QC0011	0.1	0.421	0.481	0.48	0.538	0.952	0.477	0.484
	1055QC0012	0.095	0.429	0.478	0.48	0.531	1	0.477	0.483
	1055QC0013	0.165	0.424	0.482	0.482	0.541	0.9	0.479	0.486
SureSelect	1055QC0014	0.103	0.429	0.481	0.483	0.538	0.818	0.48	0.487
	1055QC0016	0.13	0.425	0.48	0.482	0.54	0.909	0.478	0.485
	1055QC0017	0.136	0.422	0.481	0.48	0.536	0.9	0.477	0.483
	1055QC0018	0.182	0.424	0.48	0.48	0.537	0.987	0.477	0.483
	1055QC0020	0.2	0.432	0.483	0.485	0.536	0.815	0.482	0.488
	1055QC0021	0.12	0.429	0.481	0.484	0.538	1	0.48	0.487
	1055QC0022	0.091	0.424	0.478	0.479	0.533	0.905	0.476	0.482
	1055QC0024	0.077	0.422	0.478	0.478	0.535	0.857	0.474	0.481
	1055QC0025	0.13	0.429	0.481	0.484	0.54	0.897	0.481	0.488
	1055QC0026	0.13	0.42	0.478	0.479	0.539	0.793	0.476	0.482
	1055QC0028	0.039	0.419	0.477	0.476	0.531	0.938	0.472	0.479
	10009	0.044	0.447	0.5	0.499	0.55	1	0.496	0.501
	10244	0.091	0.444	0.5	0.497	0.55	0.909	0.495	0.499
TruSeq	10290	0.065	0.444	0.5	0.497	0.55	0.917	0.495	0.499
	20007	0.077	0.447	0.5	0.498	0.55	0.923	0.496	0.5
	20017	0.044	0.447	0.5	0.498	0.55	0.921	0.496	0.5
	20301	0.077	0.449	0.5	0.499	0.55	0.967	0.497	0.501
	ERR004043	0.04	0.376	0.44	0.447	0.511	0.986	0.44	0.453
	ERR004047	0.125	0.391	0.447	0.451	0.503	1	0.446	0.457
Array based	SRR013908	0.081	0.37	0.475	0.481	0.584	0.977	0.472	0.489
	SRR013909	0.071	0.372	0.476	0.484	0.591	0.95	0.476	0.492
	SRR015428	0.093	0.389	0.488	0.49	0.586	0.909	0.483	0.498
	SRR015429	0.1	0.426	0.496	0.497	0.564	0.913	0.491	0.503
All	Mean	0.103	0.421	0.482	0.483	0.543	0.919	0.479	0.487