Development of Enhanced Primer Sets for Detection of Norovirus

Table 3

The nucleotide sequences of NV GI (a) and NV GII (b) strains were compared with sequences of designed primer sets.

(a) GI

NKI primer set
Primer	NKI-F (forward)
	G	T	A	A	A	T	G	A	T	G	A	T	G	G	C	G	T	C	T	A	A
M87661 (GI)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF039732 (GI.1)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF306212 (GI.2)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN603244 (GI.3)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN603245 (GI.4)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JQ388274 (GI.6)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN183161 (GI.7)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF586507 (GI.9)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
Primer	NKI-R (reverse)
	A	C	C	C	A	D	C	C	A	T	T	R	T	A	C	A	T	Y	T	G
M87661 (GI)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF039732 (GI.1)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF306212 (GI.2)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN603244 (GI.3)	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1
JN603245 (GI.4)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JQ388274 (GI.6)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN183161 (GI.7)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF586507 (GI.9)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0

(b) GII

NKII primer set
Primer	NKII-F (forward)
	C	T	Y	A	G	G	C	A	R	A	T	G	T	A	C	T	G	G	A	C	Y
X86557 (GII)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN797508 (GII.1)	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	2
KF429769 (GII.2)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF306213 (GII.3)	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	2
JX459907 (GII.4)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KC464499 (GII.12)	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	2
KC597139 (GII.17)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN899245 (GII.21)	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1
Primer	NKII-R (reverse)
	T	C	G	A	C	G	C	C	A	T	C	T	T	C	A	T	T	C	A	C
X86557 (GII)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN797508 (GII.1)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF429769 (GII.2)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KF306213 (GII.3)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JX459907 (GII.4)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KC464499 (GII.12)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
KC597139 (GII.17)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0
JN899245 (GII.21)	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	0